了皮島海戰和鬆錦之戰。仁祖在此後儘可能順從清朝的意圖，對恥於向清朝稱臣的大臣則深惡痛絕。他認為所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“誤國”，並說：“此輩（斥和派）以國之存亡置之度外，謀佔美名，黨同伐異，竟使宗國覆沒，甚可惡也！”與之相應的是重用主和派和親清派，他在丙子胡亂後拜崔鳴吉為領議政，崔鳴吉因私通明朝被清朝抓走後又起用金自點。
仁祖政權的合法性在兩次 胡 亂 後 麵臨嚴重危機。由於仁祖反正的名義本身就是親明排金，因此仁祖向滿清屈膝自然使人們倍感失望。丙子 胡 亂 後，朝中掀起了辭職和隱退的風潮，士林中的士大夫對仁祖政權的形象一落千丈。另一方麵，自丁卯 胡 亂 後，叛亂陰謀層出不窮。天啟七年（1627年），李仁居起兵江原道；崇禎元年（1628年），柳孝立等欲立仁城君；崇禎五年（1632年），柳應泂謀逆；崇禎六年（1633年），李時說欲立錦原令李倬；崇禎八年（1635年），李基安謀逆；崇德四年（1639年），貞明公主及宮人的詛咒事件；崇德八年（1643年），李挺海叛國事件；順治元年（1644年），反正功臣沈器遠欲立懷恩君；順治三年（1646年），薑嬪詛咒事件和安益信謀逆。這些謀逆事件基本在未然之時便被仁祖扼殺，其中仁祖可能毒死了他的兒子昭顯世子，並不顧大部分大臣的反對，一意孤行，親自下令賜死兒媳薑氏（湣懷嬪），並將三個孫子（昭顯世子之子）通通流放濟州島，任其自生自滅。
仁祖後期自嘲為“傷弓之鳥”，臣下也批評他“一經大亂之後，無一分振作之氣，僥倖一日之無事”。他的最後幾年就是在內外交逼中努力保住自己王位的極度缺乏安全感的心理下度過的。順治六年（1649年）五月初八日，李倧這位歷經坎坷的朝鮮國王去世於昌德宮之大造殿，享年五十五歲。死後廟號初為烈祖，後來有人說這與南唐烈祖李昪的廟號衝突，不宜使用，故很快改為仁祖，謚號憲文烈武明肅純孝大王。大韓帝國時期在謚號前追上“開天肇運正紀宣德”八字。清朝賜謚“莊穆”，但朝鮮並不把清朝當作真正的上國，因此終朝鮮王朝之世，此謚號以及清朝賜予朝鮮各王的謚號，都不為朝鮮所用。仁祖初葬於坡州北雲川裡的長陵，後在英祖年間移葬交河。
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