不規範
進行所得稅征收管理，有些企業不能按照現行的會計製度規定合理設置會計科目，不能按照會計處理程序正確核算各項經濟業務，對各項成本費用列支沒有嚴格把關，審核力度不夠，亂攤成本、虛增虛列費用等現象總是出現。
有些企業對所得稅工作缺乏認識、不夠重視，在進行存貨管理時，沒有建立明確的管理製度，對各種存貨的收發和結存沒有完整的原始記錄和收發手續，總是物一堆、貨一堆。
有些新創企業的老板將自己使用過的房屋、設備、運輸工具等投資於企業，忽視了固定資產的核算要求，不能對固定資產進行正確計價，高估固定資產價值，多提折舊。
有些企業對所得稅政策掌握不全麵，界限劃分不清，不能按照權責發生製的原則，正確核算各項收入和費用。
為了調整納稅年度的應納稅所得額，有些企業把已經實現的收入人為地壓到下一年度入賬；為了少交所得稅或推延納稅，有些企業對應納稅所得額進行自我調節。
以上這些問題的存在，從根本上製約了所得稅工作的順利開展。
2.在建賬建製上，缺少必要的遵從意識和法律觀念
企業在履行正常的財務製度時，主要有三個方麵的不足。
（1）財務製度執行不嚴，不能按照財務製度的規定處理有關會計事項。比如，在資金流通環節，不能嚴格按照現金管理規定，控製庫存現金限額，出現了很多大額現金交易，致使部分收入通過現金流通渠道從企業賬麵上流失，造成了國家稅收收入的減少。
（2）對財務人員的管理不規範。有關部門對現行的會計執業資格缺少必要的監控和管理手段，部分會計從業人員不具備會計資格或沒有取得相應的會計資格證書，更有甚者借用他人的會計資格證書，對專業知識一知半解，賬簿記載模糊，成本、收入、費用等項目記錄不全麵、不完整，對正常的所得稅核算成果造成了負麵影響。
（3）法律觀念淡薄。個別企業的老板為了獲取不正當的利益，不惜以身試法，讓會計編製兩套賬或提供虛假記賬憑證或銷毀記賬憑證，掩蓋收入，隱匿企業所得稅。
3.行政事業單位應稅收入管控難
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根據現行所得稅法的有關規定，對行政事業單位的有關經營所得要依法征收所得稅。但是，就目前的狀況來看，稅務機關對行政事業單位征收所得稅還是有一定難度的。
（1）監控難。多數行政事業單位的經營所得在時間和空間上存在很大的不確定性，再加上納稅意識淡薄、行政手段乾預等因素，使得稅務機關很難掌握與生產經營有關的納稅資料。
（2）管理難。多數行政事業單位遊離於稅務機關的稅務登記管理，稅務機關實施稅務檢查的手段、方式等相對弱化；再加上行政事業單位對應稅所得的賬務記載不完整、不全麵，也造成了稅務機關管理難。
4.新創企業所得稅管理難
新創企業所得稅管理難，主要表現在兩個方麵，如表5-2所示：
表5-2 新創企業所得稅管理的難點
5.管理者業務水平不同，弱化了所得稅的管理
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