，朝廷任命他為揚州刺史、錄尚書事。由此，劉裕集軍政大權於一身，曾經取桓玄而代之的夢想終於實現了。
為了建立他的威望和鞏固他的權力，劉裕隨後進行了一係列重要的討伐。公元409年二月，南燕慕容超派兵攻破了東晉的宿豫，不久，又侵擾濟南。劉裕經過認真思考後決定征討南燕，因為如果勝利，他不僅可以獲得更多人的擁護，也可使自己的功名聲望越來越大，蓋過那些對自己有威脅的人。
也正如他劉裕估算，軍隊還未動，豫州刺史劉毅搬出“宰相遠行，易傾動國家的根本”這樣的理由來阻撓。但他絲毫不為所動，決意親自出征。這年四月，劉裕率水軍自建康出發，到達下邳後，改由陸路行軍。六月，即到達廣固。這時，南燕慕容超慌了，連忙向後秦求助，但是後秦姚興迫於劉裕大軍的實力，也不敢輕易出兵。最終，在劉裕的指揮下，北府軍順利攻下廣固，生擒慕容超送到建康，後來慕被斬首，南燕滅亡。勝利的結果也如劉裕事先預測，他的聲望得到很大的提高，超過了祖逖、桓溫等人，朝中沒有其他人壓過他。
消滅南燕後，劉裕又急忙回師迎戰盧循起義軍。在他到達建康之前，劉毅已經率軍兩萬阻擊盧循、徐道覆。但是，由於劉毅過於自大，指揮無方，導致大軍在桑落州大敗於盧軍，劉毅隻帶了幾百人狼狽地逃了回來。而此時回到建康的劉裕軍也由於此前不斷征戰，很多人受傷了，真正有戰鬥力了也隻有幾千人而已。因此，在朝廷中許多人都認定劉裕不可能取得勝利，紛紛勸說劉裕遷都。
不過，此時的盧循並不知道東晉的實況，他從被俘士兵口中得知劉裕回來的消息，心裡就害怕起來，一直在猶豫著要不要繼續進攻，這也就為劉裕布防贏得了關鍵的時間。後來，在徐道覆的強烈建議下，盧循才勉強同意進攻建康。但此時的建康城已經在劉裕的帶領下做好了防衛準備，盧循在城下進攻了無數次，都未能取得任何進展。兩個月時間很快就過去，盧循還是一無所獲，最終因兵疲糧缺，隻好退兵潯陽。
因以逸待勞地防守，劉裕的軍隊得到很好的休整，盧循撤退後，劉裕就親率大軍追擊，在破塚（今湖北江陵）、大雷（今安徽望縣）等地大敗盧循軍。取得幾次勝利後，劉裕便返回建康，派遣其他將領繼續追擊，最終盧循、徐道覆一個兵敗自殺、一人力戰而死，起義被鎮壓。劉裕的威望也因此得到進一步的提升，官升至太尉。
翦除異已掃清道路
在滅掉南燕、掃平盧循起義後，劉裕的威望達到了一個新的高點，但是此時的他如果稱帝自立，還麵臨著一些阻撓，那是就反對他的勢力。主要包括荊州刺史劉毅、豫州刺史計劃長民、譙王司馬休之父子等。
劉毅自桑落州遭遇慘敗後，威信掃地，本想率兵追擊盧循，挽回顏麵，但是劉裕不許，不讓他有立功機會。劉裕得勝回來時，下令遷劉毅為荊州刺史，劉毅對劉裕的怨恨之心更增一層。到了荊州之後，他就想利用荊州的軍事力量，與劉裕爭奪大權。
劉裕明知如此，但一開始他也不露出要對劉毅動武的意圖，而是暫時的忍讓，麻痹劉毅，在暗地裡則加緊做好討伐的準備。劉毅請求要兼督交、廣二州，劉裕十分痛快地答應了。不久，劉毅又要求與他關係很好的丹陽郗僧施為南蠻校尉後軍司馬，毛修之為南郡太守，劉裕雖然心中很不樂意，但是還是答應了劉毅的要求，但他也不放心，安插了自己的親信劉穆之任丹陽尹這一重要職務。劉毅到江陵赴任後，獨斷專行，安插親信，又擅自分割豫州文武、江州兵力達萬餘人作為自己的貼身部隊。劉裕見此，勃然大怒，剛好此時劉毅又上表請求讓他的堂弟劉藩擔任其副手，他覺得不能再忍下去了，是時候動手了。
於是，劉裕先捕殺劉藩、謝混等劉毅的同黨，接著又親率大軍討伐荊州劉毅，派手下兩員得力戰將王鎮惡、蒯恩為前鋒，火速前進。不到一個月時間，劉裕便拿下江陵城，劉毅兵敗後逃亡，最終因走投無路自殺身亡。由此，劉裕除掉了一個大的障礙。班師回朝之後，劉裕又找一由頭把反對他的諸葛長民殺掉。
劉毅身亡後，荊州刺史由司馬休之繼任，司馬休之在治理荊州時頗得民心，形成了自己的勢力。同時，他又不服劉裕，公元415年，司馬休之及其兒子司馬文思一起上書朝廷，指控劉裕罪狀，動員軍隊，起兵討伐劉裕。雍州刺史魯宗之與其兒子竟陵太守魯軌認為自己早晚也為劉裕所不容，因此，他們也起兵反對劉裕，響應荊州司馬父子。
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