申時行還在設法使他能第二次被召複職。
1587年又值京察之年，這是一個極好的機會可以宣揚他作為大政治家的誠意。京察每六年舉行一次，全部京官都將被考核。各地巡撫由於帶有都察院禦史的頭銜，所以也同於京官在考核之列。與他前任1581年的原則相反，申時行力主人事上的穩定。隨即消息傳來，政府讓大小官員各安其位，於是眾心欣慰。京察的結果，凡由進士出身的職官隻有三十三人降級或罷免，而且這三十三人，沒有一個出於吏部、都察院、六科和翰林院這些傳統上最富敏感的機關。057這種恕道穩定了文官集團的情緒，也穩定了首輔自己的地位，他獲得眾口交譽，被認為老成持重，有古君子之風。
他和萬曆之間的關係也越來越好，概言之，即已經由協調進而為親密。冊封萬曆的寵妃鄭氏為皇貴妃時，他被委為正使之一。申時行又奉派總攬大峪山今上陵寢的建築工程，並已到施工之處巡視多次，一次在嚴寒，一次在酷暑。1587年，他報告一切進行都很順利。萬曆龍顏大悅，特賞首輔申先生織有雙喜字的錦緞一匹，讓他製成新衣，以供閱陵時服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的勸說能力，委婉地請求今上放棄禁中內操，不在皇城中訓練以宦官編成的軍隊，並同意不再隨便出城巡閱，還同意管束職掌特務的宦官張鯨。這些事情，如果不是申時行采用恰當的方式調停，很可能造成皇帝與百官間的衝突，因為在這些地方，文官們有他們堅定強硬的看法，要是他們一定要以道德的名義在禦前諍諫，言語衝突之餘，萬曆一動反感，很可能導致一意孤行。申閣老防患於未然，確已儘到從中調濟的職責。
反對申時行的人則仍稱他為妥協者，一味隻顧目前適用，放棄原則。申時行當然有他的辦法答辯。他表示，要是不恢複百官間的彼此信賴，怎麼可以使他們大有作為，為皇上推行開明的政治？
管理我們這樣一個大帝國，在許多問題上一定是要生罅隙的。張居正以整飭紀律自居，而實際上他是強迫要求各人保證不生罅隙。申時行用恕道待人，又鼓勵誠信，就是期望各人自動地各儘其能地補救罅隙。申時行的立論並非沒有理由，但是從他四年內在文淵閣執政的紀錄上看，其成功的希望至為微小。
推廣誠意的方式是經常不斷地舉行禮儀，講解“四書”和其他經史，然而最近以來，申時行已經不能勸說萬曆皇帝出席他應該主持的禮儀，經筵也久被擱置。申先生內心明白，經過張居正事件之後，皇帝對各種告訐、爭論和答辯已經不感興趣，他對一切都取懷疑的態度。皇帝從小束發受教，就聽說“王者無戲言”，天子應對一切事物認真，更要在一句一語之間，相信親信人的話；而現在看來，每個人都是說管說，做管做，兩不相乾，這又何怪乎他懷疑一切？他之所謂“訕君賣直”，就表示他已經知道凡事都有其明暗陰陽。他對廷臣要求他為堯舜之君的說法不加反對，因為這是“四書”中的準則，又是祖先的訓示，不容置辯。可是以他的聰明敏感，誰又能夠保證他在內心深處，沒有把這種要求當成臣下為他設置的羈絆？
皇帝放棄誠意，使申時行至為不安。然而他沒有更好的辦法，隻好自己堅持信心，靜待時機的好轉。可是無情的時光，究竟還有多少讓申時行來安排和等待呢？1587年，即萬曆十五年的秋天，他作為首輔已四年有半，今後還有四年，他仍為文淵閣的首長。在他不知不覺地用儘了命運為他安排作首輔的全段時間，那麼太傅兼太子太師左柱國中極殿大學士申時行即想在文淵閣再多留一天，也是不能為時勢所容許的了。
注釋
001《神宗實錄》頁2、611。
002《穆宗實錄》頁1597～1598；《神宗實錄》頁153、927、1435、9877；《國朝獻征錄》卷17頁145。《明史》卷218及《明代名人傳》頁1118隻說明了申時行在翰林院的官職，而未提及他與萬曆間長期的師生關係。
003萬曆賞賜給申時行禮物，《神宗實錄》中屢有記載，如頁3458、3473、3549、3594、4399。
004《大明會典》卷52頁1～5；《春明夢餘錄》卷9頁1～22、卷32頁11～18。
005有關經筵的各種故事，可參看《春明夢餘錄》卷9。本文的敘述是關於經筵的一般情況，有的且發生在萬曆朝之後，如皇帝交膝即為崇禎的事情，當日講官為文震孟。另參看《明史》卷55。
006《春明夢餘錄》卷9頁8～10。
007《神宗實錄》頁336～337、342、3669；鄭曉著《今言》卷4頁14；《春明夢餘錄》卷9頁8～9；《倪文正公年譜》卷4頁25～26；de Bary，Self and Society in MingThought頁4 41。
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008正德對付講官的方法，見《繼世紀聞》卷1頁10。
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。8173頁》錄實宗神《210
。2753、0643、8233頁》錄實宗神《310
。6333～3333頁》錄實宗神《410
。1443、8143、6733頁》錄實宗神《510
閒賜《610
