題。在程序上講，發展中的步伐則須前後銜接，第一步沒有收到效果之前決不輕率采取第二步。而且出場交鋒的人物起先總是無名小卒，直到時機成熟才有大將出馬。這種方式，大凡久在政治圈子裡的人物，都已看透，他們可以從青蘋之末，預測大風暴的來臨。
而對著這布置周詳的攻擊，申時行險些垮台；再加上高啟愚一案，他更是被拖到了懸崖邊上。然而出人意料之外的乃是他頂住了這種攻擊。在這危機中搖而不墜，以後重又站穩了腳跟。這是申時行生活史上的一大勝利，使他的政治地位更趨鞏固。
高啟愚出身翰林院，曾任南京和北京的國子監祭酒，相當於國立大學校長。由於申時行的推薦，他以禮部右侍郎的身份充任皇帝的經筵講官。按照過去成例，他之被任為大學士已是指日間事。和申時行一樣，他還很可能為來日之首輔。隻是高啟愚命運乖違，正在官運亨通之際，忽然被人檢舉。幾年之前他主持應天府鄉試所出試題“舜亦以命禹”，這時被認為宣揚禪讓，即是恭維張居正有神禹疏鑿之功；在有德者則君臨天下的前提內，這也就是向張勸進。這一攻擊既陰險又毒辣，因為它正中了皇帝心理上的要害。攻擊者預料，高啟愚為申時行提拔，在這嚴重罪狀麵前，申必然要出麵為高辯護，於是就可以順水推舟地搞垮申時行。
果然計出如神，案件一發動，申時行出而為高啟愚辯護。攻擊者按照原定部署參劾申時行，又如預料申被參離職家居待勘，二輔許國代理閣務。許國又為申時行辯護，過幾天也被參劾，也同樣在家聽候處理。
隻是攻擊者沒有預料的，乃是這一場大風浪，使萬曆皇帝作了長時間上的考慮。他把種種跡象聯係起來，逐漸明白了這些檢舉參劾的真實用意。何以這群“保皇黨”當初在高啟愚出題勸進的時候一言不發，今日張居正已經倒台則又振振有辭？可見他們也另有其“陰”。他們好幾個組織者都是三輔王錫爵主持會試的門生，如果搞垮申時行和許國，即可以擁護王錫爵擔任首輔。事不湊巧，王錫爵表示了充分的明智和冷靜，他不接受這樣的擁戴，反而向萬曆皇帝上書稱讚首輔申時行“泊然處中，重國體，惜人才”。
於是聖意乃決，申時行和許國都被挽留。皇帝特遣的宦官到兩位閣老家裡央請他們出來視事。攻擊者因之不能再加置喙。但是為了保持文官間的平衡，也為了繼續鼓勵監察官儘忠報國，對攻擊首輔的人也不便過重處罰。直到數月之後風波平息，萬曆才把其中最激烈的分子各降三級，首先參劾高啟愚的禦史，也調到外省；至於高啟愚為生事之端，即便從輕處理，也不能認為全無過失，可以令之置身事外，乃以“出題謬妄”的罪名，被褫奪文官身分和以前恩賜的祖先誥命。
張居正一案的餘波，到此才完全結束。故太師的頭銜既然被褫，家產也已沒收，長子已死，其他兒子都被削籍為民，今後即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激動，自此朝廷內的文官還要互相攻擊，則必須另找新的題目來做文章，而不能再在張居正的驕奢無道或者窺竊神器上大加發揮了。
等到這一案完全結束之後，申時行才有機會平心靜氣地研究事情的真相。在所有反對他的人中，真正關心張居正的兒子如何進入翰林院以及皇帝陵墓風水好壞的恐怕很少，甚至借這個題目可以擁戴首輔以便自己升官的也不會太多。應當注意的仍是張居正本身是一個令人感情激動的題目。隻要一提起他的名字，就立刻引起很多人氣憤，因此反對者不一定要費很大的氣力，即可以利用各文官間對故太師的反感，排斥他所接近的人，如侍郎兼講官高啟愚、禮部尚書徐學謨和申時行自己。
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