冤案昭雪，他才被召回北京，任命為給事中，職司監察，穿上了繡有獬豸的袍服。到任不久，他又上書直接批評萬曆不能清心寡欲，並及親臣工、肅憲紀諸事。皇帝用朱筆在奏章上批“事關朕躬，知道了”幾個字，給他麵子，免予追究文句的唐突。然而鄒元標不識抬舉，過不多久，他二次上書，奏章上的用語更無忌諱，竟說萬曆扯謊，有過不改，而且引用“欲人勿聞，莫若勿為”的諺語，揭穿皇帝的裝腔作勢，說他沒有人君風度。這就不能不使萬曆勃然震怒，準備把這個不知感恩的諫官再次廷杖。038
一個從七品的下級文官，過去對朝廷的惟一貢獻隻是檢舉了張居正，今天居然具有這種道德上的權威，敢於直接指斥皇帝，其憑借者安在？萬曆的看法是，鄒元標和其他諍諫者並非對他儘忠，而是出於自私自利，即所謂“訕君賣直”。039這些人把正直當作商品，甚至不惜用誹謗訕議人君的方法作本錢，然後招搖販賣他們正直的聲望。
這種看法不無事實上的根據。有些文官熟讀詩書，深知百世流芳之說，他們可以找到一個題目，寧可在禦前犯不敬之罪，今日受刑，明日名揚史冊。這樣的做法，說明了忠臣烈士的名譽，確乎是一種高貴的商品。否則，何以有許多人願意付出這樣昂貴的代價，放棄經過千辛萬苦掙來的仕途，繼之以血肉甚至生命去追求？
既有這種人物具有這樣的看法，則內閣首輔雖然承認現實，卻又不能放棄理想。
申時行決心做和事佬，他的誠意得到了某些文官的尊重，但並不能為全部人士所諒解。他有時被批評為張居正的循吏，有時則被指責“首尾兩端”，即遇事左顧右盼，缺乏決心。040但是申時行卻並不因這些批評而改變作風。旁人處在他的地位上，可能采取比較直接了當的硬性辦法。申時行之“蘊藉”，半由天賦，另一半則因為在前任和後台那裡得到的教訓。張居正死後被參，家產籍沒，子弟流放，如果他仍然按照張的作風辦事，至少也是沒有頭腦。今日他端坐在文淵閣中張居正留下的公案後邊，當然不能忘懷張居正當年的神情氣概。這位烜赫一時的首輔，確乎把他申時行當作門生和屬吏。但也正因他申時行能夠虛心下氣，才有進步成長的機會，而終於成為張居正的繼任人。
申時行的前任和後台是一個聰明絕頂的人物，能夠記憶千頭萬緒的詳情末節，同時又極能了解各種人事的機微。在隆慶皇帝去世的時候，幾乎所有的廷臣都厭惡高拱，而對張居正卻表示好感。041甚至他為了獲取首輔的地位，不惜與大璫馮保周旋，並以此得慈聖太後的垂青種種情節，也得到同僚的諒解。1572年他開始為文淵閣主人，確實是一帆風順。然而在十年之後竟身敗名裂，成為曆史上一大悲劇的主角。申時行對這一悲劇的內容十分了然，張居正的根本錯誤在自信過度，不能謙虛謹慎，不肯對事實作必要的讓步。申時行生平不願宣揚別人的缺點，對於提拔自己的人，更不會妄加批判。他隻是從這悲劇的內幕中得到了教益。
張居正的十年新政，其重點在改變文官機構的作風。這一文官製度受各種環境之累，做事缺乏條理。張居正力圖振作，要求過於嚴厲，以致抗拒橫生。在他有生之日，他猶可利用權勢壓製他的批評者，可是一旦身故，他的心血事業也隨之付諸流水。
加強行政效率乃是一種手段，張居正的目的，在於富國強兵。理財本來也是他的專長，但就是在此專長之中，伏下了失敗的種子。這其中有很多複雜情況，是為外人所未能深悉的。
這種複雜性首先見於稅收。本朝一千一百多個縣，表麵上看來都是相等的行政單位，但實際每縣稅糧總數不僅不同，而且相去極遠。在多種情形下，總數一經規定，就因襲而不加修改。一個富裕的縣份，其稅糧總數可以是一個窮僻縣的三百倍到五百倍之間。042
當一個縣官詳細察看他的轄區時，他更可以發現很多難以置信的事實。這足以證明我們所稱為製度者，往往隻是一個理想。比如說，官方所用度量衡和民間所用的就有大小的不同。又比如，很多縣份的耕地幾個世紀都沒有作過係統的丈量，其間有的增加，有的減少，甚至該地區的地形都有了改變，過去所定稅糧數額，可能已與現在實際情形大相徑庭。至於土地的所有權，經過幾易其手的典押，有時也難認清誰是真正的地主。
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