日，萬曆自己必然會對這問題找到合理的解決，而施加壓力則於事無補。
日後事態的發展證明首輔的估計並不正確。時間並沒有成為有利因素。他在文淵閣八年半的任期中，接觸過各種複雜的人和事。他的“大事化小，小事化了”的辦事方針，並不能永遠做到弭患補闕，相反，有時造成的嚴重後果，竟會大大超出他的始料所及。
申時行在1583年擔任首輔。開頭的兩年，他的前任張居正一案得到解決。這個問題一天不弄得水落石出，萬曆和他的老師就一天不知道彼此的真正意圖。到了1585年，這一大案件才被徹底了結。於是此後有好幾個月太平無事。到了1586年初，常洵出生，鄭氏被冊為皇貴妃，立儲的爭執已經肇始。但就在這前後，萬曆已經發現他想做的事情統統不能做到，於是他想勵精圖治的念頭就一天天減退。隨之而來的是臣下的奏疏中指斥他荒怠的字眼也越來越無忌諱。有一本奏折上說，如果皇帝不接受他的意見，天下臣民必將視之為無道，而列祖列宗也必將痛哭於九泉。皇帝剛剛批示說此人語無倫次，應當降級外調；另一個人跟著奏上一本，內稱皇上的朱批不甚合適，那位進諫的人乃是忠臣，不但不應降級，而且應當表揚獎勵，以表現虛懷納諫的人君風度。這種“上下否鬲”的情形既已開端，至1587年就更加惡化。
申時行是一個敏感的人，他具有窺測旁人心情的能力。他辦事的原則基於對本朝政治製度的深刻了解。在這種特殊的製度之下，人君和人臣務必互相遷就互相讓步。倘不如是，一方麵堅持大義所在，絲毫不放鬆，則隻有逼使對方采取消極態度。臣僚可以請求辭職，首先由個人“乞骸骨”而延及集體，如果被革職，反倒被視為榮譽；皇帝不能讓位推賢，他所能采取的方式是怠工，即不出麵主持禮儀，不見群臣。1587年，當首輔申時行還隻是顧慮到有這種可能性時，萬曆的朝廷已經朝這個方向邁進了。
【𝗼𝗼𝗽.𝘁𝘄 無錯章節】
在這一年還未到歲暮之際，皇帝所使用監視內外的秘密警察遭到了攻擊。東廠多由司禮監秉筆太監掌管，其屬官則由錦衣衛官員充任，“隸役悉取給於衛”，所獲秘密情報為皇帝處理政務所不可或缺。情報的內容非常廣泛，包括市場上重要商品的價格、各個城門的進出人員和交通工具、北京城內火災的情形等等，其中又萬不可少的一部分，乃是從各處竊聽得來的談話。東廠之外，又有錦衣衛，“衛之法亦如廠”。這些情報機關在本朝已有兩百年的曆史，早已成了政治體係中之一環。平心而論，在本朝曆史上，萬曆皇帝不能算是過分地運用廠衛鉗製臣僚的君主。015然則對百官來說，特務機構總是無形的枷鎖；政治上的迫害先不說，即使“家人米鹽猥事，宮中或傳為笑謔”，016也大大地損害了他們的自尊心。他們早想動手製裁廠衛而苦於沒有找到恰當的機會。
其後衝突的導火線出人意外。北京城在本朝為大興、宛平兩縣所轄。是年在職的大興縣縣令，因為一件小事責打了太常寺供奉祭祀的樂舞生，而樂舞生有其不可侵犯的地方，責打他們，也就是蔑視祭祀大典。因之這個大興縣令被發交三法司審問。所謂三法司，即刑部、都察院和大理寺三個官署混合組成的法庭，通常隻受理複審。這次之所以破例，是由於太常寺提出了冒犯宗廟的重大罪狀。文官們雖然覺得這罪狀近於小題大做，但如果經過三法司這一機構審問，事情可以早日了結。017
事情又牽涉錦衣衛。錦衣衛下設北鎮撫司，凡屬觸犯皇帝的案件和牽涉官員們的刑事案件，這個鎮撫司同樣具有訊問以至拷打之權。當得知三法司已經受理大興縣令這一案，他們表示不再爭執審訊權，隻要求按皇上之命派出兩名校尉出席旁聽，以便把經過情況向皇帝報告。
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