充滿感激之情，他對曾國藩與曾國荃的一些做法也就開始不滿。話說當曾國荃要上疏參劾官文時，李鴻章就曾站出來極力反對。這正中清廷下懷，卻是曾國藩最不願意看到的結局。
當年曾國藩大刀闊斧裁撤湘軍，一個很大的原因就在於，李鴻章的淮軍已經成長起來。在當時的他看來，淮軍雖姓李，其實也姓曾，隻要有需要，他隨時可以調用。事實卻證明，鷹就是鷹，生來就抱有衝天飛去的夢想。李鴻章所懷的雄心大誌，決不會讓他心甘情願永遠匍匐在老師的翅膀之下。待他羽翼豐滿，他也會向往有一片屬於自己的天空。
這時候，曾國藩也隻能眼睜睜地看著他振翅高飛遠去。
那段時間，曾國藩無法抑製自己的壞脾氣。夜裡睡不著，偶爾睡一會兒，也會被一些稀奇古怪的夢驚醒。有一天晚上，他做了一個夢，竟然夢見自己乘舟登山。醒來後，思前想後，覺得那夢中情形實在正是自己眼下的處境。
彼時，曾國藩憂慮的不僅僅是自己進退維穀的艱難處境，也在為曾國荃和湘軍，還有湘軍的其他將領們擔心。曾國荃參劾官文之後，不光曾國藩受到牽連，其他很多湘軍將領也被清廷趁機拿了下來。曾國荃也連遭參劾，政治上極不得意。
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戰場上新湘軍又敗退連連。十二月初六，新湘軍郭鬆林部在湖北安陸府被東撚軍擊潰，郭鬆林重傷被俘，差點喪命，後被人救走。二十一日，淮軍張樹珊部在湖北德安府被殲，張樹珊戰死。
戰場上，撚軍在張宗禹和賴文光等人的領導之下，越戰越勇。而湘軍、淮軍卻連連暴露出種種缺點來——兩部不和，且各軍內部上下級之間也時有矛盾，使得指揮與行動不能統一。
剿撚戰場上頻頻失利，除卻軍隊內部不和等原因外，還有極為重要的一個原因，就是曾國藩查圩政策的失敗。這一舉措不但沒有遏製住民眾對撚軍的支持，因為查得過嚴過緊，讓一些無辜民眾受到傷害，倒把湘軍、淮軍推到了民眾的對立麵。很多民眾不惜冒著被砍頭株連的危險也要支持撚軍。這是曾國藩原先沒有料到的。
曾國藩剿撚一年多，不知不覺就走入這樣的險境，前麵有撚軍越戰越勇，後有清廷的步步緊逼。曾國藩現在是進退不得。
對於撚軍，清廷內部無人真正了解它與太平軍的不同，更沒有意識到它是一支比太平軍更擅長流動作戰的軍隊。他們的足跡蔓延幾個省，在廣袤的中原大地上來來往往，誰接下剿撚這個任務都不會輕鬆。當初的僧格林沁就在這種高壓之下猛追緊趕，最終斃命。可僧格林沁的失敗與死亡，並沒有讓清廷從中做出任何反思。讓曾國藩出來剿撚，清廷更加沒有耐心。稍有失利即嚴加斥責，最終還未等到見成效，就急急地換上了李鴻章。
這是曾國藩剿撚失敗的最根本原因，但他卻是有苦難言。
曾國藩此時對李鴻章的感情是極為複雜的。他一方麵對李鴻章取代他而覺得心裡酸楚，一方麵又在隱隱地替李鴻章擔憂。剿撚任務的複雜艱巨，他太清楚了。李鴻章到底能不能應付得了如此凶頑的敵人，曾國藩心中也無底。他甚至擔心，李鴻章最終也會同他或者同僧格林沁一樣，那樣的結果於他來說是無法接受的。
正如曾國藩所擔心的，李鴻章初接剿撚任務，也進行得非常不順利，戰場上連吃敗仗。同治六年（1867）正月，劉銘傳與鮑超在湖北尹隆河約期進攻撚軍，劉銘傳為先邀首功，不遵守事先規定，先期赴敵，幾乎被撚軍殲滅。鮑超率軍趕到將其救出，劉銘傳非但不感謝，還怪鮑超延誤約期。李鴻章偏袒劉銘傳，亦怪罪鮑超來遲。鮑超一氣之下離營，回籍養病去了。鮑超的霆字營就此解散，給了正需要兵力的湘軍、淮軍一記重擊。
曾國荃的新湘軍形勢也不樂觀。同治六年（1867）二月十八日，新湘軍彭毓橘部在湖北黃州被東撚軍殲滅，彭毓橘與多數營官斃命。曾國荃的新湘軍破產。
眼看自己的愛將弟子一個個在剿撚戰場上斃命，又眼睜睜看著弟子李鴻章和九弟連吃敗仗，曾國藩的痛心可想而知。他深恐他們二人重蹈自己的覆轍，勞而無功受到朝廷苛責，又擔心他們兩個脾性太烈做出過激之事。有次跟趙烈文說起這些，曾國藩甚至極悲愴地說：“自顧精力頹唐，亦非了此一局之人，唯祈速死為愈耳。”
麵對曾國藩的這番感慨，連趙烈文也無語黯然。
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