川、雲南等大一點地區，稱為甲種站，為160人；安徽、貴州、新疆等稱為乙種站，為110人；再小一點的地方稱為丙種站，為60人。甲種站除站長、副站長外，有一個書記、一個至兩個助理書記，一個情報編審、一兩個助編，兩個司書，一個譯電員以及主管人事、總務、會計、交通等人員。此外，還有一個專搞學生特務工作的學運指導員，和一個專搞工人特務工作的工運指導員，與幾個直屬省站的情報員。另有一個由局本部督察室派去的督察員，受督察室和站長的雙層領導。
省站一級，大都由局本部電訊處配置一個電訊支台，各組則設有組台，由支台直接和保密局總台聯係。這個支台是站的配屬單位，不受站長領導。支台一般有兩三部大型電機，組台都是小型的特工機。
保密局成立時，毛人鳳因為擔心對外勤人員控製不了，所以各省站的站長，用的大都是“軍統”臨澧特訓班的畢業生和提升起來的一些中級特務，有意不用資格老的人。但因為由“軍統”時期起便有一條規定“秘密領導公開”，而各省公開單位的負責人，又多是“軍統”的老特務，他們對那些年資淺的省站站長都不買賬，所以各站的工作也就推不動。等到毛人鳳把鄭介民擠了出去之後，一方麵已經大權在握，一方麵也感到再這樣下去實在不行了，才決定把一些將官級的人員調出去當站長。並在1948年春天，把新調任的站長和準備保留的一些老站長總共30人左右，在南京辦了一個站長講習班，由他自己親自主持，訓練了一個月。而把原有的一些資曆較淺的站長，降為副站長。
在站長講習班結束時，蔣介石還在黃埔路“官邸”接見了這些參加講習的站長。他對毛人鳳調整省站人事的辦法，極為讚許。又說各省的工作重點應擺在省站，並要各省站的負責人，對外勤特務必須加以調整。又說保密局的外勤人員必須社會化，每個人都要有一個公開的職業作為掩護，以便打入社會各階層去活動，特別要設法打入各民主黨派和進步團體，多多拉攏一些動搖分子參加特務工作。而最主要的是要千方百計、不惜任何代價地打入共產黨在各地方的組織去。他又吩咐，不稱職或身份已暴露的特務人員，應調到公開機關去安插。還要不斷吸收新人員參加。蔣介石說，各省站的負責人，除了管省站的工作外，還要親自去從事高一級的情報活動。並提出，省站站長可以用國防部專員的名義，在當地做公開活動，站長以下則要絕對秘密。
那些被戴笠視若至寶的特訓班學生對毛人鳳來說，卻是一個不小的累贅。因為戴笠死前招收的最後一批學生年齡尚小，培養起來還要好幾年，無論從費用、人力、時間來說，都需要大量投入，並且不知回報如何。所以毛人鳳決定中止這期特訓班，遣散學生。
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在由軍統變保密局的大裁軍過程中，為了保持軍統的本色不變，毛人鳳上報蔣委員長批準，采取汰弱留強的辦法。軍統特務按參加早晚，分為三種人：一、核心分子，指抗戰以前參加軍統的老特務；二、基本人員，多為抗戰期間軍統各個訓練班的畢業生；三、一般分子，主要包括抗戰期間從各公開機關吸收的特務，由私人介紹加入軍統的及由士兵提升轉化的特務。這次裁汰的標準，主要是保留核心分子、基本人員，對一般分子則根據表現予以遴選。被裁汰的人員怒氣衝天，保留下來的也憤憤不平：“我們是抗日反共的有功之臣，這樣做不是過河拆橋、卸磨殺驢是什麼？”戴笠在世時，參加軍統是隻準進不準出，特務們自以為加入了軍統就是捧上了鐵飯碗。現在鐵飯碗碎了，沒碎的了快變成了泥飯碗，特務們一個個都氣得破口大罵，不堪入耳。
毛人鳳想出了他自己的一套辦法來安撫人心。
他一方麵仍學戴笠的老辦法，每天中午，在局本部與副處長以上人員一起吃飯，一起談問題，以期增加效率。在和公開特務機關的聯係上，也保留軍統過去的成例，每月約集憲兵司令、中統局長、警察總署署長、國防部第二廳廳長等開會一次。
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