們憑著一張嘴巴，以古非今，蠱惑百姓。新的政令一出，他們就街頭巷尾，議論紛紛，拉幫結派，嘩眾取寵。如果讓他們這樣胡鬧下去，不隻降低了皇上的威信，而且也必將形成一股反對政府的勢力。”
秦始皇對此深有同感，徵詢道：“你認為要採取什麼措施？”
李斯說：“臣以為：除了秦國的史書，六國史官所記之簡冊，一律燒毀；除了博士，凡私家所藏《詩》《書》及百家語，也燒；有敢於交頭接耳談《詩》說《書》的，砍頭；以古非今的，滅族；官吏知而不報的，同罪；令下三十日後留書不燒的，臉上刺字後罰四年苦役，戍邊築城。隻有醫藥、占蔔、種植的書不燒。要學習法令的，以吏為師。”
秦始皇聞奏大喜，立即批準，在全國推行。
一場蔓延全國的焚書運動就這樣開始了！大量寫在竹簡上的古代文獻在熊熊的烈火中就這樣化為灰燼了。
又據司馬遷的《史記》記載：
秦始皇迷信神鬼，六國滅後，不斷地求神訪仙，尋找長生不死之葯。
秦始皇二十八年（公元前219年），嬴政封泰山，登琅邪台，齊國方士徐（福）上書，說海中有蓬萊、方丈、瀛洲三座神山，願帶童男童女去尋求仙藥。秦始皇答應了，派去了幾千童男童女。可是，徐一去就再也沒有回來。
秦始皇三十二年（公元前215年），嬴政東巡碣石，派燕國方士盧生出海尋找古仙人羨門、高誓，又派韓終、侯生、石生尋找長生不死之葯。
不久，盧生回來，談了許多神鬼之事，還帶來一本仙書，那書上說：“亡秦者，胡也。”於是始皇派將軍蒙恬帶30萬大軍去攻打北方的胡人（匈奴）。
到了秦始皇三十五年（公元前212年），盧生又勸秦始皇居處之地要保密，否則，“真人”（神仙）不會來，不死之葯也不可得。秦始皇也一一照辦。
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儘管如此折騰，不死之葯畢竟沒有得到。
這時候，侯生與盧生商量說：“秦始皇這個人，剛愎自用，並吞天下以後，意驕誌滿，自以為天下第一。親信獄吏，博士七十人不過是擺設而已。又好用刑殺，大臣們畏懼，隻得阿諛逢迎，不敢直諫。大小事都獨斷專行，甚至每天都要定量批閱一百多斤重量的竹簡文書，不完成決不休息。一個人貪戀權勢如此，怎麼可以求到仙藥呢？”
於是他們腳底抹油，溜之大吉了。
秦始皇獲悉後，龍顏大怒：“我前些時收聚天下書籍，把沒用的盡行燒毀。又召集了許多文學方術之士，想讓文學之士為我興太平，方術之士為我求仙藥。現在，韓終去而不返，徐耗費巨萬資財，也沒見仙藥送到。天天聽到的都是作奸謀利的消息。盧生等人，受我優厚的賞賜，竟敢誹謗我，誇大我的過失。對那些還留在鹹陽的諸生，我將派人查問，看看有沒有人還在妖言惑眾！”
於是秦始皇派禦史拘捕諸生，嚴加拷問。諸生互相攀連，共有460人違犯了禁令。秦始皇下令將他們全部活埋在鹹陽，並且詔告天下，以儆效尤。
隨後，又有一批人被流放於邊疆。
太子扶蘇進諫說：“天下剛剛平定，遠方的百姓還沒有完全順服。諸生都是研讀、效法孔子學說的，父皇都處以重刑，恐導緻天下不安。望父皇明察！”
秦始皇大怒，把扶蘇趕出皇城，讓他到上郡蒙恬的部隊去監軍。
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