相近的藥物常能與同一受體或酶結合，引起相似或相反的作用。如卡巴膽堿、乙酰膽堿、溴丙胺太林化學結構類似，前兩者為膽堿受體激動藥，而溴丙胺太林為膽堿受體阻斷藥。
化學結構完全相同的光學異構體，其作用不一定相同，可表現為量的差異；也可表現為質的差異。多數藥物的左旋體有藥理活性，如左旋多巴、氯黴素等。有的藥物兩種對映體的作用不同，如奎寧為左旋體有抗瘧作用；奎尼丁為右旋體有抗心律失常作用。
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