三征噶爾丹
在《尼布楚條約》簽訂後的第二年，沙俄政府不甘心失敗，又唆使準噶爾（蒙古族的一支）的首領噶爾丹向漠北蒙古進攻。
那時，蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古3個部分。除了漠南蒙古已歸屬清朝外，其他兩部也都向清朝臣服了。準噶爾部是漠西蒙古的一支，本來在伊犁一帶過著遊牧生活。自從噶爾丹統治準噶爾部以後，他先兼並了漠西蒙古的其他部落，又向東進攻漠北蒙古。漠北蒙古人逃到漠南，請求清朝政府保護。康熙帝派使者到噶爾丹那裡，叫他把侵佔的地方還給漠北蒙古。噶爾丹依仗沙俄撐腰，不但不肯退兵，還大舉進犯漠南。
康熙帝決定親征噶爾丹。1690年，康熙帝兵分兩路：左路由撫遠大將軍福全率領，從古北口出兵；右路由安北大將軍常寧率領，從喜峰口出兵，康熙帝親自帶兵在後麵坐鎮。七月十四日，康熙帝離開北京，不料途中忽患感冒，隻好取消親征計劃。
七月十五日，氣焰囂張的噶爾丹向清軍宣戰，屯兵於西巴爾台（今內蒙古克什克騰旗土河），然後又逐步南下，佔據了距京師僅有350千米的烏蘭布通。噶爾丹把幾萬騎兵集中在大紅山下，後麵有樹林掩護，前麵又有河流阻擋。他把上萬隻駱駝縛住四腳放倒在地，駝背上加上箱子，用濕氈毯裹住，擺成長長的一個駝城，叛軍就在那箱垛中間射箭放槍，阻止清軍進攻。
噶爾丹還派使者向清軍提出交出他們的仇人的要求。康熙帝命令福全反擊。八月一日，清軍向烏蘭布通推進，向噶爾丹大軍發起猛攻。清軍用火炮火槍對準駝城的一段集中轟擊。駝城被打開了缺口。清軍的步兵騎兵一起衝殺過去，福全又派兵繞出山後夾擊，把叛軍殺得七零八落，噶爾丹乘夜逃跑。
噶爾丹回到漠北，一麵佯裝向清朝政府表示屈服，一麵在暗地裡重新招兵買馬，圖謀東山再起。清康熙三十三年（1694年），康熙帝約噶爾丹會見，訂立盟約。噶爾丹不但不來，還派人到漠南煽動叛亂。
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清康熙三十四年（1695年），噶爾丹又燃叛亂戰火，率領騎兵3萬，向漠南大舉進攻。
清康熙三十五年（1696年），康熙帝決定再次禦駕親征，分3路出擊噶爾丹：黑龍江將軍薩布素從東路進兵；大將軍費揚古率陝西、甘肅軍兵，從西路出兵，攔截噶爾丹的後路；康熙帝親自帶中路軍，從獨石口迎擊噶爾丹大軍。
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康熙帝的中路軍到了科圖，遇到了敵軍前鋒，但東西兩路還沒有到達。這時候，有人傳言沙俄要出兵幫助噶爾丹。隨行的一些大臣害怕起來，勸康熙帝退兵。康熙帝氣憤地說：“我這次出征，還沒有見到叛賊就退兵，怎麼向天下人交代？再說，我中路一退，叛軍全力對付西路，西路不是更危險了嗎？”
康熙帝決心已定，繼續進兵克魯倫河，並且派使者去見噶爾丹，告訴他康熙帝親征的消息。噶爾丹在山頭望見清軍黃旗飄揚，軍容整齊，便連夜拔營逃走了。康熙帝一麵派兵追擊，一麵派快馬通知西路軍大將費揚古，讓他們在半路上截擊。
噶爾丹帶兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和國烏蘭巴托東南），正好與費揚古軍相遇。費揚古在樹林茂密的地方設下埋伏，然後派先鋒把叛軍引到預先埋伏的地方，叛軍一到，便前後夾擊。叛軍死的死，降的降。最後，噶爾丹隻帶了幾十名騎兵逃走了。清軍大獲全勝。
昭莫多之戰後，噶爾丹流竄於塔米爾河流域。為了徹底消滅噶爾丹的勢力，康熙帝採取收服降眾、斷絕噶爾丹外援的策略，徹底地孤立了噶爾丹。噶爾丹之侄策妄阿拉布坦也遣使入朝，接受了清朝的冊封，噶爾丹已處於四麵楚歌的境地，但他頑固不化，拒不接受清廷的招撫。
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