再者，他建立了特務政治。朱元璋生性猜疑，為加強對大臣的控製，設立特務組織錦衣衛。據說這些錦衣衛四處打探大臣的舉動，事無巨細，家長裡短，都報告給朱元璋。有一個非常有名的例子，可以看出當時的恐怖情景。錢宰被征編《孟子節文》，罷朝回家作了一首詩：“四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲。何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時。”第二天上朝時，朱元璋告訴他說，你昨天詩作得不錯，隻是“嫌”用得不好，我並沒有嫌你遲，不如改成“憂”字更好些。錢宰聽後大驚失色，嚇得直磕頭謝罪。類似的事例還有很多，所以大臣們都提心弔膽，就連李善長、徐達這樣的功臣也都人人自危。朱元璋的目的也正在於此，他要讓大臣對自己和大明江山忠心無二，要他們知道恐懼，不敢營私舞弊、結黨亂政。
朱元璋設立錦衣衛為明代特務政治開了一個惡劣的先例。後來明成祖朱棣在錦衣衛外，增設特務機關東廠（因設於東安門北而得名），明憲宗則又加設西廠。正德年間，權閹劉瑾奏設內行廠。有明一代，這些特務機構，成為維護皇權的重要手段，但更多的時候是被專權的太監如劉瑾、魏忠賢等人所利用，成為打擊報復大臣的有力武器，許多忠臣慘死其中。
可以看出，朱元璋的這三項舉措目的是相同的，即加強皇權。但是，在有明一代，正因為皇帝權力過大，又沒有相應的約束機製，到了中後期，皇帝為所欲為，極度腐朽，甚至數十年不上朝。因為不設宰相，皇帝需要批閱大量奏章，十分勞累，在能夠上馬打仗的朱元璋和明成祖朱棣來說，還能夠吃得消。但他們的後代哪裡吃得了這個苦，皇帝偷懶，便讓身邊的太監代為批閱。如此一來，宦官專權便成了整個明代的痼疾。後來，宦官專政與特務統治兩個痼疾又合二為一，更成為明代中後期政治腐敗的主因。明朝最終滅亡，也與此有關。有趣的是，朱元璋設計這些製度的初衷是使自己的子孫能夠更好地保有江山，結果卻恰恰因此葬送了江山。
其次，朱元璋的強勢還體現在他完全憑藉個人的意誌玩弄司法。朱元璋出身貧苦，從小飽受元朝貪官汙吏的敲詐勒索，他的父母及長兄就是死於殘酷剝削和瘟疫，他自己也被迫出家當和尚。所以，他在參加起義隊伍後發誓：一旦自己當上皇帝，先殺盡天下貪官。登基之後，他果然不食前言，在全國掀起轟轟烈烈的“反貪官”運動，矛頭直指中央到地方的各級貪官汙吏。殺貪官固然是好事，但是，朱元璋的做法完全拋開法令，全憑藉一己意誌施行過於嚴酷的刑罰。他乾脆在明朝政府頒布的《大明律》之外另立了一套更為嚴峻的法規《大明誥》。在罪行上，其中設有“遊食”“官吏下鄉”“寰中士夫不為君用（即有才能者不肯出來做官）”等明律中沒有的罪名。在刑罰上，對於同一罪名，《明大誥》比《大明律》要重得多，並且還設有斷手、刖足、閹割為奴等《大明律》中不存在的殘忍刑法。這些殘忍刑罰不僅針對犯有十惡不赦之罪的罪犯，而是在《明大誥》中明令用以懲罰各種一般性的犯罪，其中特別針對官員的貪汙行為。總體而言，《明大誥》提倡的是“對人極度蔑視”的封建強權主義和無節製的濫殺政策。其嚴重違背了“罰罪相當”的法律精神，是朱元璋根據自己好惡搞出來的一套惡法，可以說是中國法製的倒退。《明大誥》在明初一度是家家收藏、人人誦讀的禦製聖書。
最後，朱元璋的強勢還表現在對於中國科舉製度的破壞上。建立明朝後，朱元璋認識到，元朝之所以滅亡，除了統治者本身的素質以外，整個社會失之教化也是一個原因。因此，一登上皇位，他就採取了一係列強製措施，興建學校，選拔學官，並堅持把“教育工作”作為衡量地方官政績的重要指標。為了選拔能聽命於皇帝的官吏，明朝政府規定科舉考試隻許在四書五經範圍內命題，考生隻能根據指定的觀點答卷，不準發揮自己的見解。答卷的文體，必須分成八個部分，稱為“八股文”。從此，中國的科舉製度走入了僵化的八股取士階段。
總之，朱元璋的這些憑藉個人意誌所製定的製度和推行的舉措，有許多都是倒退和愚昧的。他的這些自以為是的變法，給國家和人民帶來了許多禍患。而相反，建文帝繼任後，曾對他的這些舉措進行了一定的糾正，比如他部分地恢復了中書省的功能，使得幾位儒家師傅在事實上行使宰相職權，分割了皇帝的權力。他還廢除了祖父朱元璋在《明大誥》中過於嚴酷的法律條例，使法律回到正常軌道上來。同時，他還在明太祖減稅的基礎上再次減稅，以減輕人民負擔。正是因為這些寬仁的舉措，建文帝受到了人民尤其是知識分子的擁護。可惜不久建文帝的叔叔燕王朱棣因為不服削藩而造反，通過戰爭手段奪了建文帝皇位。建文帝的政策也都基本被廢除了。但是，朱棣勝利後，為建文帝殉難的知識分子前赴後繼，而民間百姓也非常懷念這位皇帝，由此可見，建文帝是受到當時人民愛戴的。對比明太祖朱元璋和建文帝，朱元璋可以說是一個強勢追求有所作為，刻意彰顯自我生命力的人，而建文帝則是一個寬仁而恬淡自然的人。但建文帝更受人們愛戴，施政策略也更為合理一些。應該說，這其中體現了老子所說的“無以生為，賢於貴生”的道理。
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