江左士族早已在南方紮根，不願放棄安逸的生活，返回戰亂頻仍的中原。
朝廷的消極態度讓桓溫十分不滿，他意識到，僅憑軍事勝利無法撼動門閥政治的根基。
於是，他一方麵在洛陽留兵駐守，另一方麵返回江陵，繼續積蓄力量。
此次北伐，桓溫雖收複了洛陽，但未能實現遷都的目標，政治上的收獲遠不及軍事上的勝利。
而洛陽地處四戰之地，孤立無援，最終在興寧三年（365年）被前燕攻克，第二次北伐的成果化為烏有。
太和四年（369年），桓溫已經權傾朝野，他廢除了晉廢帝司馬奕，立司馬昱為帝（晉簡文帝），成為東晉的實際掌權者。
為了進一步鞏固權力，樹立權威，他發動了第三次北伐，目標是攻打前燕。
此次北伐，桓溫動用了五萬大軍，兵分兩路：一路由他親率，從兗州出發，攻打前燕的都城鄴城（今河北臨漳）；另一路由將領袁真率領，攻打譙郡（今安徽亳州）、梁國（今河南商丘），打通石門（今河南滎陽北），保障軍糧運輸。起初，晉軍進展順利，攻克壺關（今山西長治北）、枋頭（今河南浚縣西南）等地，直逼鄴城。
但就在關鍵時刻，戰局發生逆轉：袁真未能攻克石門，導致晉軍糧道被斷；前燕將領慕容垂率領大軍馳援鄴城，與晉軍在枋頭展開激戰；前秦也出兵相助前燕，切斷了晉軍的退路。
桓溫陷入進退兩難的境地，最終被迫撤軍。
在撤軍途中，晉軍遭到前燕軍隊的追擊，損失慘重，五萬大軍幾乎全軍覆沒。
枋頭慘敗是桓溫軍事生涯的轉折點，他的聲望一落千丈，政治地位也受到了嚴重動搖。
此次失敗，不僅讓他收複中原的夢想徹底破滅，更暴露了他軍事指揮上的缺陷——過於謹慎、優柔寡斷，且急於求成、忽視後勤保障。
而枋頭慘敗的背後，更反映了東晉內部的矛盾：門閥士族之間相互掣肘，朝廷對桓溫的北伐既支持又忌憚，最終導致北伐功敗垂成。
桓溫的崛起，始終伴隨著對權力的追逐。
早在第一次北伐後，他就開始乾預朝政，通過打擊異己、提拔親信，逐漸掌控了東晉的軍政大權。
永和十一年（355年），桓溫逼迫朝廷罷免了尚書令殷浩，從此“內外大權，一歸溫矣”。
興寧元年（363年），桓溫被任命為大司馬、都督中外諸軍事，正式成為東晉的最高軍事長官；興寧三年（365年），他又兼任揚州牧，掌控了東晉的經濟中心揚州，實現了“荊揚一體”的格局——荊州是軍事重鎮，揚州是政治經濟中心，桓溫掌控兩地，等於掌控了東晉的命脈。
此時的桓溫，已經不再滿足於做一個“權臣”，他開始覬覦皇位。
史載他曾多次撫枕歎息：“既不能流芳百世，不足複遺臭萬載邪！”
這句話直白地暴露了他的野心——要麼成為名垂青史的忠臣，要麼成為遺臭萬年的梟雄，絕不願平庸一生。
太和六年（371年），桓溫為了進一步鞏固權力，消除異己，發動了一場震驚朝野的政治政變——廢立皇帝。
他以晉廢帝司馬奕“不能生育”為由，逼迫褚太後下詔，廢除司馬奕的帝位，將其貶為海西公；隨後，他立丞相司馬昱為帝，即晉簡文帝。
廢立皇帝是封建王朝的大忌，桓溫的這一行為，遭到了部分士族的反對，如尚書仆射王彪之、吏部尚書謝安等，但由於桓溫手握重兵，反對者們隻能隱忍。
晉簡文帝即位後，形同傀儡，一切政務都由桓溫決斷。
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他曾多次對人說：“朕之廢立，非為己也，乃為社稷計耳。”
但實際上，廢立皇帝隻是他篡晉的第一步。
晉簡文帝在位僅八個月就病逝了，臨終前，他留下遺詔，讓桓溫“依周公居攝故事”，即效仿周公輔佐周成王，攝政當國。
但謝安、王彪之等大臣識破了桓溫的野心，他們修改了遺詔，改為“家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相故事”，將桓溫的地位限定為“輔政大臣”，而非“攝政大臣”。
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