等反對王敦叛亂的大臣，形成了統一的抗叛聯盟；另一方麵，王敦的叛亂行為已徹底暴露了其篡權奪位的野心，引起了廣大士族與百姓的不滿，叛軍失去了民心支持；此外，王敦病重的消息傳開後，叛軍內部軍心渙散，將領們各懷異心，缺乏統一的指揮與協作。
王導作為琅琊王氏的核心成員，始終以維護東晉朝廷穩定與家族利益為己任。
他對王敦的第一次叛亂雖未公開反對，但也並不讚同其獨斷專行；對於王敦的第二次叛亂，王導更是明確表示反對，因為他深知，若王敦篡權失敗，琅琊王氏將麵臨滅頂之災。
得知王敦病重起兵後，王導立即采取行動，公開宣稱王敦已死，偽造了王敦的死訊，號令天下討伐“偽帥王應”。
這一舉措極大地動搖了叛軍的軍心，叛軍士兵誤以為主帥已死，頓時士氣低落，人心惶惶。
同時，王導被晉明帝任命為大都督，率軍防守建康，他積極組織兵力，加固城防，聯絡各地勤王軍隊，形成了對叛軍的合圍之勢。
江東士族與各地將領見王導站在朝廷一邊，紛紛響應晉明帝的號召，率軍勤王。
叛軍在進攻建康的過程中，遭到了朝廷軍隊的頑強抵抗，多次進攻均以失敗告終。
錢鳳、沈充等將領雖拚死作戰，但由於軍心渙散、指揮失當，叛軍節節敗退，損失慘重。
太寧二年（324年）七月，王敦在武昌得知叛軍失利的消息後，病情急劇加重，最終病逝，享年五十九歲。
王敦死後，叛軍群龍無首，徹底陷入混亂。
王應等人無心戀戰，焚燒營壘，倉皇出逃，試圖投奔北方的後趙政權，卻在途中被朝廷軍隊擒獲斬殺。
錢鳳、沈充等親信將領也先後被誅殺，叛軍徹底潰敗。
晉明帝平定叛亂後，為了震懾天下，下令追討王敦的罪責。
他派人挖開王敦的墳墓，剖棺戮屍，將王敦的頭顱懸掛於朱雀橋示眾，曆時數日才取下；王敦的親信黨羽被儘數誅殺，琅琊王氏因此遭受重創，許多族人被牽連誅殺或流放，曾經權傾天下的琅琊王氏，權勢大不如前。
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“王與馬，共天下”的政治格局，隨著王敦的叛亂失敗而徹底終結。
晉明帝通過平定王敦叛亂，鞏固了皇權，加強了中央集權，東晉朝廷的統治逐漸穩定下來。
此後，東晉朝廷逐步推行平衡門閥勢力的政策，避免單一門閥獨大，維持了近百年的統治。
作為東晉的開國元勳，王敦的曆史功績不容忽視。
在西晉滅亡、天下大亂的危急時刻，他與王導攜手，擁戴司馬睿在江東建立東晉政權，為北方南遷士族與江南百姓提供了一個相對安定的庇護所，使得華夏文明在南方得以延續和發展。
若沒有王敦的軍事支持，司馬睿很難在江東立足，東晉政權也難以建立，華夏文明可能會在“五胡亂華”的浪潮中遭受更大的破壞。
在軍事上，王敦的才能極為卓越。
他平定江南的割據勢力與流民起義，統一了長江中上遊的軍事要地，建立起以長江為防線的軍事屏障，有效抵禦了北方少數民族政權的南侵，保障了江南地區的安定與發展。
他治軍嚴明，麾下軍隊戰鬥力強悍，成為東晉初年國防的核心力量，為江南地區的經濟恢複與文化繁榮創造了穩定的外部環境。
在政治上，王敦與王導共同締造的“王與馬，共天下”的政治格局，雖然帶有門閥政治的局限性，卻在特定的曆史時期起到了穩定政權的作用。
這一格局平衡了皇族與門閥士族的利益，使得東晉政權在建立初期能夠凝聚各方力量，渡過難關。
同時，王敦也重視人才選拔，提拔了一批有才能的寒門子弟與南遷士族，為東晉朝廷注入了新鮮血液。
然而，權力的腐蝕最終讓王敦迷失了方向，他的叛亂行為給東晉帶來了巨大的災難。
王敦的兩次叛亂，引發了大規模的戰亂，江南地區的社會經濟遭到嚴重破壞，百姓流離失所，民不聊生。
建康城在叛亂中被劫掠焚毀，許多文化典籍與曆史遺跡遭到破壞，對江南地區的文化傳承造成了不可挽回的損失。
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