崔浩對這一任務極為重視，組建了以中書侍郎高允為首的修史團隊，耗時十年搜集史料，從拓跋部早期的遊牧生活，到曆代首領的征戰曆程，再到北魏建國後的重大事件，均詳細記載。
崔浩的修史初衷，是想通過真實記錄北魏的發展曆程，將這個鮮卑政權融入華夏文明譜係，同時彰顯漢族士族在王朝建設中的核心作用。
但他卻忽略了一個關鍵問題：鮮卑族作為遊牧民族，其早期曆史充滿了部落紛爭、血親仇殺、“兄死妻嫂”等與華夏禮製相悖的“敏感內容”，這些內容對於極力想要塑造正統形象的拓跋氏皇室而言，是不願公之於眾的禁忌。
更致命的是，崔浩在修史過程中，始終以漢文化的視角評判鮮卑族的過往，字裡行間流露出士族階層的文化優越感，這深深刺痛了鮮卑貴族的民族情感。
修史完成後，崔浩又采納了著作令史閔湛、郗標的建議，將《國記》刊刻在石碑之上，立於平城郊外的天壇東側，方圓一百三十步，用工三百萬，供天下人閱覽。
這一舉動看似是為了彰顯北魏的文治武功，實則徹底觸碰了拓跋氏皇室的底線。
石碑上的“實錄”內容，暴露了皇室內部的殘酷鬥爭，甚至詳細記錄了拓跋燾祖父拓跋什翼犍被兒子拓跋珪所殺的宮廷秘聞，鮮卑貴族看到後無不憤怒，紛紛向拓跋燾告狀，指控崔浩“暴揚國惡，汙辱皇室”。
崔浩的漢化改革，還涉及宗教領域。
崔家世奉道教，崔浩本人更是篤信道教，師事著名道士寇謙之。
在崔浩的影響下，太武帝逐漸崇奉道教，疏遠佛教。
而崔浩之所以極力推崇道教、打壓佛教，除了個人信仰因素外，更有政治與經濟上的考量——南北朝時期，佛教盛行，大量寺廟道觀占據了巨額土地與財富，僧尼道士不事生產、不服徭役，成為社會經濟的沉重負擔，而打壓佛教可以增加國家的財政收入與勞動力。
在拓跋燾鎮壓蓋吳起義的過程中，崔浩曾親見寺僧藏匿武器，於是借機向拓跋燾進言，主張徹底廢佛。
拓跋燾采納了崔浩的建議，下令關閉長安沙門，焚燒寺院，搗毀佛像，史稱“三武滅佛”之一。
此次滅佛行動極為嚴厲，“一境之內，無複沙門”，朝野間怨聲載道。
道士寇謙之曾因殺僧過多，苦求崔浩停止滅佛，但崔浩並未聽從。
這場宗教之爭，進一步激化了崔浩與各方勢力的矛盾。
太子拓跋晃信奉佛教，曾多次勸阻太武帝滅佛，與崔浩產生了嚴重的分歧。
而廣大僧尼與信仰佛教的民眾對崔浩恨之入骨。
鮮卑貴族也借滅佛之事攻擊崔浩，認為他是在破壞“國俗”。
多重矛盾交織之下，崔浩的處境日益危險，正如中書侍郎高允所言：“崔公其不免乎！
苟遂其非而校勝於上，將何以堪之。”
太平真君十一年（450年）六月，北魏都城平城上演了一場震驚朝野的血腥慘案。
司徒崔浩被押赴刑場，衛士數十人“溲其上，呼聲嗷嗷，聞於行路”，其宗族無論遠近，連同姻親範陽盧氏、太原郭氏、河東柳氏三大北方士族，儘數被誅，史稱“國史之獄”。
這場慘案表麵上是因修史“暴揚國惡”引發的文字獄，實則是北魏王朝士族與皇權、漢文化與鮮卑傳統矛盾的總爆發，是崔浩漢化理想與現實碰撞的必然結果。
“國史之獄”的直接導火索，便是崔浩將《國記》刻石立碑、公之於眾的舉動。
拓跋燾起初命崔浩修史，本意是留給皇室後代閱覽，彰顯王朝正統，並未想公之於世。
但崔浩卻在閔湛、郗標的慫恿下，將這部“秉筆直書”的國史刻於石碑之上，立於通衢大路旁，供往來行人議論。
石碑上的內容，詳細記載了拓跋氏早期的“醜事”：部落時期的血親仇殺、汗位爭奪中的陰謀詭計、“兄死妻嫂”的原始婚俗，以及拓跋珪殺父、拓跋燾屠城等敏感事件，這些內容徹底激怒了鮮卑貴族。
鮮卑貴族聯名向拓跋燾告狀，稱崔浩“有意暴揚國惡，動搖國本”，“以漢製貶夷狄，意圖顛覆社稷”。
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