在朱載坖的詔書下達之後，科道的反對是極為激烈的，都察院禦史和給事中們交章上疏，認為李贄：“非聖無法，敢為異論，頗榮眾聽，遂使鄉塾陋儒，翕然尊信，至今為人心風俗之害。故其人可誅，其書可毀，好為驚世駭俗之論、務反宋儒道學之說，是名教之罪人也。”
針對於這些言官們的上疏，朱載坖命令吏部，將李贄製科以來的曆年的考核公布，同時還傳達了朱載坖的口諭：“若卿等能夠有李贄之治績，督撫部堂，可以自取之。”
從李贄到雲南任職以來，就一直在西南邊陲輾轉，但是李贄無論是在雲南還是在緬甸，處理政務，安撫土司，推動朝廷的改土歸流等事項上，做的都是極好的，李贄在雲南、緬甸等地廣興學校，教化當地的土司，同時設立州縣，開墾土地，現在緬甸已經成為大明糧秣的主要來源。
每年可以向大明轉運數以千萬石計算的糧食，同時雲南、緬甸等地的土司也基本平穩，多年未有叛亂之舉了，這點對於朝廷來說是極為重要的，朝廷在北方經年用兵，但是李贄能夠幫助朝廷穩住西南，同時向大明提供大量的糧食，這點對於朝廷來說是極為重要的。
在李贄的治理下，緬甸、雲南兩地的改土歸流雖然進展不快，但是確實大明境內最為和平的，幾乎沒有因為改土歸流而引發叛亂的，這點在各省的改土歸流之中都是極為罕見的，尤其是雲南、緬甸兩布政使司本來就是土司力量極為強大的地方，這就更加難能可貴了。
所以在朱載坖的上諭下達之後，這些科道言官都閉嘴了，對於朝廷來說，李贄這樣的官員確實是乾吏，同時他的很多看法也是和朱載坖一致的，更加重要的是，李贄在南方很有名望，不少人都認為他是當世大儒，在士林之中也是很有影響力的，連焦竑這樣的人也上疏認為自己的學問不如李贄。
除了同考官之外，在主考官之下，就是副主考和其他的考試官員的選拔的任命，其中比較重要的就是外簾官了，因為製科的初試是比照會試的製度來擬定的，試官入院，輒封鑰內外門戶。在外提調、監試等謂之外簾官，在內主考、同考謂之內簾官。
外簾官也是十分之重要的，監臨、監試官，專司糾察考場奸弊，從考生編號、內簾進入貢院到考試錄取每一環節都要督察，做到按章辦事，不得有誤，否則，將要受到嚴懲。
為了保證製科考試的公平性，朱載坖任命襄國公李成梁、錦衣親軍都指揮使嚴紹庭為監臨、監試官，負責製科考試的監察，都察院和諸科也要派出禦史和給事中加以監察。
而在本次製科之中，朱載坖要求應試答卷文理明白，不許程文、怪誕之論者，朱載坖明確下達上諭：“凡出題，或經或史，所問須要含蓄不顯，使答者自詳問意，以觀才識。凡對策須參詳題意，明白對答，如問錢糧即言錢糧，如問水利即言水利，熟得熟失，務在典實，不許敷衍繁文過當，遇當寫題處亦止曰雲雲，不許重述，凡作四書經義，破承之下，便入大講，不許重寫官題。作文須要純正通暢，不許用浮華險怪艱滯之詞，答策不許引用謬誤雜書，其陳及時，務須斟酌得宜，便於實用，不許泛為誇大及偏執私見，有乖醇厚之風。”
同時也明確了考試對於大明文風士風的引領作用：“除要遵守限字之法外，“務要平正爾雅，裁約就正。說理者必窺性命之蘊；論事者必通經濟之權；判必通律；策必稽古；非是者悉屏不錄。”
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朱載坖在上諭中也明確指出，自嘉靖以來，由於物力日漸繁盛，風氣也漸盛，物質追求日漸奢靡。多出現詭詞邪說，離經叛道之狀況，與程朱理學的宗旨相差甚遠。另一方麵儒學與佛、道學說融合，成為心學，並受到諸多文人的推崇，舉子應試之文風也不如從前質樸。這並非朝廷所希望看到的。
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