當然，在朱載坖向太子逐步移交軍事權力，使得太子能夠了解並且逐步控製官軍，加強在軍事上的權力，而朝廷的京察大計也在推動之中，這次對於首輔申時行來說，顯得尤為吃力，以往人們往往認為，申時行就是整個東南士紳或者說是東南集團的代理人，申時行在東南出身的官員中有極為崇高的威望。
但是現在看來，申時行在這些東南士紳之中並沒有那麼高的威望，申時行作為首輔，又是常年在朱載坖父子身邊的人，結合朱載坖最近的一係列舉動，申時行很清楚朱載坖是準備逐步放權給太子了，連軍務這樣之前從不讓太子插手的事情，現在都是逐步讓太子接手了，說明這次朱載坖在準備權力交接的事情了。
但是朝廷上的官員們不是這麼想的，他們認為這是一個很好的機會，往往在京察之中，確實是黨同伐異的大好機會，各派政治勢力都是極為積極的，儘管申時行希望讓這些官員們冷靜一點，不要在這次的大計中搞事情，否則話的朱載坖是絕對不會放過他們的，但是現在申時行對於整個東南出身的官員掌控能力已經大為下降。
尤其是浙江出身的官員，他們對於申時行早就不太信任的，主要是因為沈一貫的事情，沈一貫和沈鯉之間矛盾很深，這點是朝野共知的，兩人在翰林院的時候就不太對付，後來的矛盾更是極深，而兩人一起入閣之後，之前是以沈鯉督師南京，尚且能夠相處。
之前朱載坖要調沈鯉回京師，怎麼處理他和沈一貫之間的關係就是一個極為重要的事情，經過申時行的建議，將沈一貫調去修書，然後將沈鯉調回京師，這樣一來，看似解決了這個問題，實則對於沈一貫來說是無法接受的，監修國史雖然是清貴職務，但是對於閣臣來說，監修國史就等於被逐出了內閣的決策之外，成為了有名無實的閣臣了，沈一貫又不是陳於陛，和皇室有極為深厚的關係，能夠被朱載坖記住。
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這一監修國史，內閣自然是當沈一貫不存在了，這就使得沈一貫極為不滿了，沈一貫可不是一般人，他是現在朝廷中浙江官員的領頭羊，在這件事情上，沈一貫認為自己被申時行給騙了，原本申時行確實是答應沈一貫，儘快將沈一貫弄回來的。
但是沈鯉入閣之後，迅速和王家屏、陳於陛等人結成了政治同盟，穩固了自己的地位，再加上朱載坖對於沈鯉也是很滿意的，在這種情況之下，申時行自然是無法兌現當時的承諾了，而且申時行也有自己的打算，申時行認為沈一貫沈一貫為人陰險圓滑，手段強勢，如果將他留在內閣的話，日後對於王錫爵來說將會是一個極大的隱患，所以在這種情況之下，申時行果斷選擇放棄沈一貫，轉而拉攏、支援羅萬化。
但是羅萬化在浙江官員們的人脈是遠不如沈一貫的，而且沈一貫自然也是不甘心就這麼監修國史的，既然你申時行敢做初一，那我沈一貫就敢做十五，原本江浙官僚集團是比較團結的，而且也是大明朝廷之上一個極為有力量的官僚團體，因為浙江和南直兩省都是大明科舉重鎮，官員人數眾多，浙直抱團的話，力量是極為龐大的。
而傳統上，浙直兩派官員的利益比較接近，雙方往往結成正式同盟，關係是十分緊密的，但是這次在沈一貫的帶動下，大批的浙江官員開始和南直官員們決裂，同時準備倒申了，既然你申閣老想要我沈一貫下課，那我們就讓申閣老下課，浙江籍官員們紛紛上疏，彈劾南直出身的官員，準備剪除申時行的黨羽。
申時行能夠穩坐這麼多年的內閣首輔，自然也不是什麼善類，尤其是在南直出身的官員中，申時行的威信還是很高的，而且申時行也不光是會和稀泥，這麼多年以來，申時行在朝廷內部也還是有不少擁躉的，這下南直官員和浙江官員們互相攻訐，這倒是朝廷很少見的一件事情。
這也宣告南直和浙江的浙直聯盟徹底破裂，申時行認為，自己之前對於沈一貫的看法果然是沒錯，沈一貫就是個小人，而浙江官員們也認為申時行就是有意在朝廷上打擊浙江官員，南直和浙江官員們之間的相互攻訐，自然是現在朝廷最重要也最好笑的事情。
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在之前，東南僚集團主要就是以南直隸為中心，加上週邊的南方省份的員，所組的一勢力。這個勢力主要是跟北方員對立的，浙直就是其中最大的政治聯盟。
但是在開海之後，這種況就發生了變化，主要就是南直和浙江兩省在海上貿易上存在著極大的競爭關係，這兩省的商品門類大致相同，不可避免的產生競爭，但是南直有鬆江府這一優良港口，這點極大的刺激了南直在海上貿易上的優勢。
同時由於南京市留都，朝廷自然是更加重視，在各種投上都是有傾向的，雖然是向浙直投資，但是往往是南直多而浙江，長久以來，必然使得浙江員對於這種況極為不滿。
