而且在官場上，由於申時行等人擔任首輔或者是吏部要職，使得在在官員的任命上也是不可避免的傾向於南直出身的官員，而在趙誌皋署吏部事之後，原本浙江官員們認為自己好不容易能夠出頭了，但是實際上遠不是如此，由於趙誌皋性格比較溫和，申時行和王錫爵又都是比較強勢的閣臣，反而出現內閣力壓吏部的情況，這就使得浙江官員不能忍受的。
這次藉由京察大計，在沈一貫的暗中操作下，浙江官員們主動挑事，想要扳倒申時行，申時行對於這些事情自然是很清楚的，這次沈一貫在背後搞得這些小動作，申時行怎麼會知道，但是申時行選擇充耳不聞，原因主要有兩個，第一就是申時行很清楚朱載坖發起這次京察大計的目的，不是讓官員們鬥爭的，而是為了權力交接所做的準備。
這下中下級官員不諳事體，上疏搞事情朱載坖未必會計較，但是申時行這樣的內閣輔臣也參與進來的話，必然是會招致朱載坖的打擊的。
除此之外，申時行也萌生了去任的想法，申時行在內閣時間不短了，他很清楚，在內閣越久，積怨就越深，應該及早離開才是正道，所以申時行也有放任此事發酵，自己就坡下驢請求致仕的想法。
同時朝廷內部現在鬥爭也更加激烈了，申時行認為現在朝廷需要一個更加強勢的首輔才行，尤其是在可能出現的權力交接這個問題上，更加需要的是強勢的首輔才能夠穩定住局麵，這點是申時行很清楚的。
所以麵對這些官員的彈劾，申時行向朱載坖上疏請求致仕，朱載坖照例予以慰問，要求申時行視事，但是這次申時行堅辭不出，請求朱載坖批準致仕，朱載坖於是召申時行到西苑來。
朱載坖在無逸殿召見了申時行，朱載坖問道：“申閣老何以求去？”
申時行坦然說道：“陛下，閣臣重任，久之必遭怨恨，如不早退，誠恐為他人所笑也。”
對於最近朝廷上的這些事情，朱載坖自然是很清楚的，朱載坖也是在有意的放縱此事，浙江官員的跳反，對於朱載坖來說並不是一個壞事，反而是一件好事，原本實力強大的浙直官僚團體分崩離析，對於皇帝來說。這樣自然是有很大的好處的。
申時行誠懇的對朱載坖說道：“陛下，臣備位輔臣，已十年有餘，現今衰朽，不堪趨使，故而特乞骸骨。伏祈陛下恩準。”
對於申時行的這個要求，朱載坖並非不能同意，甚是擔任首輔確實是時間不短的，更易首輔，並非不是不可行的事情，對於朱載坖來說，更易首輔是可行的，但是怎麼樣保證朝廷在權力交接下的穩定，這點是一個極為重要的事情，所以朱載坖問道：“先生去後，誰可繼之？”
申時行趕緊說道：“王元馭老成純臣，可寄大任！”
申時行自然是藉此機會向朱載坖推薦王錫爵，對於申時行的推薦，朱載坖是毫不意外的，王錫爵和申時行關係親密，又同時蘇州老鄉，而且現在又是次輔，申時行在這個時候自然是要向朱載坖推薦王錫爵了，朱載坖也認為王錫爵還是極有能力的，尤其是和申時行的溫潤不同，王錫爵剛直，這點正是朱載坖所需要的。
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不過朱載坖也問道：“王元馭負氣剛直，恐需從旁輔助才行。”這點朱載坖是很清楚的，王錫爵這點，自視清高，脾氣極為不好，在朝廷的人緣尤其是在科道官之中的人緣是極為不好的，內閣還需要一個能夠在其中充當潤滑劑才行，這點是極為重要的。
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