所以葉向高認為，在此次部院和內閣的鬥爭之中，重點是都察院，都察院對於此事的反應確實是極為強烈的，因為都察院在京察大計中的權力沒有法令予以保障，始終存在的不穩定性。
都察院的參劾、拾遺等事項，畢竟是要經過吏部才能夠形成黜陟官員的命令，所以在京察之中，都察院的作用大小其實很大程度上取決於吏部是否采納都察院和吏科的意見，所以科道對於內閣的介入自然是極為反感的，因為吏部本身就對都察院構成了很大的製約。
要是內閣在介入到京察大計中來，科道的話語權將會進一步的降低，因為現在內閣本來就是強勢機關，連吏部都要在很多事情上聽內閣的命令，一旦當科道的意見和內閣的意見發生衝突的話，吏部聽誰的其實是一個不言而喻的事情，畢竟現在內閣的權力是遠遠高於科道的。
所以葉向高認為，要想平息此事，主要是在科道，而解決科道對於此事的反彈，重點就是要明確科道在京察當中所扮演的角色和權力的劃分，這點是一個極為重要的事情。
朱載坖對於葉向高的這個思路還是很讚同的，科道是大明朝廷重要的監察機關，朱載坖認為，科道必須有相當的權力才能夠履行在京察和大計中的監察職務，所以此事的重點是既要保障科道在京察大計中有效的履行監察職務，同時也要給科道的權力行使劃定界限。
這點是極為重要的事情，朱載坖禦極三十年以來，對於科道的態度是經曆的大的轉變的，朱載坖即位之初，對於科道采取了極為嚴厲的政策，嚴厲打擊科道言官，不許科道出位妄言，主要是因為當時在徐階的縱容之下，科道已經是非常之猖狂了，科道言官甚至能夠影響內閣的決策，這是朱載坖所絕對不能允許的。
所以在當時，朱載坖對於科道采取了嚴厲的抑製態度，因為當時朱載坖準備大刀闊斧的進行改革，而在這種情況下，朝廷必然是要求團結一致，排除一切的雜音，所以朱載坖嚴厲製止了科道，但是隨著改革和新政的推行，尤其是開海之後，朝廷的財政得以好轉之後，吏治就成為了大明朝廷最重要的事情。
為了整頓吏治，保障朝廷的行政效率，朱載坖必須依靠科道等監察機構，所以在改革之後，朱載坖反而放寬了對於科道的限製，大幅度的增加了都察院等監察機構的權力，加強了對於地方和朝廷各衙門的監察，最顯著的表現就是監察禦史和給事中的數量大幅度的上升，同時巡按禦史派出的數量和頻率都遠遠超過前朝。
不過現在在科道的權力擴張之後，朱載坖也感覺到了其中的弊端，就是監察權和行政權的混同，或者說是監察權的行政化，這點是朱載坖現在最擔憂的問題。
朱載坖和葉向高討論完了京察大計之後，也詢問了葉向高對於此事的看法，朱載坖問道：“葉科長（都給事中別稱），分天下以為三十六郡，郡置守、尉、監。又以刺史以六條問事繩之，夫秩卑而命之尊，官小而權之重，此大小相製，內外相維之意也。然刺史權重，淩駕州郡，此何以解之。”
朱載坖對於西漢刺史職權的擴大，顯然是十分的警惕的，以西漢為例，原本刺史是朝廷派駐地方的專職監察官，若常駐地方，雖便於嚴密審視郡政，卻有“地方化”的風險。
漢代設立刺史，要求刺史每年八月出巡地方，年底回京奏事。到東漢初，就不再回京奏事，完全“地方化”了。刺史監察地方雖然便利，但隨著刺史與地方政務的聯係日益緊密，朝廷對刺史的控製便隨之鬆弛。刺史部(州)最後發展成為郡以上的一級地方行政機構，正肇端於其地方化。
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葉向高當然知道朱載坖的意思，朱載坖問的不是漢武，而是大明，因為現在大明也出現了西漢的這個問題，在大明初年，地方就是三司，即都指揮使司、承宣布政使司和提刑按察使司，三司分權，消除了地方對於朝廷的威脅，但是很快新的問題就出現了。
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