內閣與科道大員在舉行會揖，商量有關京察大計的事情時，朱載坖也在和太子商量此事，涉及到京察大計，對於朝廷來說都是極為重要的事情，內閣自然要與科道、吏部詳細加以商量，而朱載坖父子則是要商量大明需要一個什麼樣的內閣和朝廷，這是父子兩人最關心的。
朱載坖問道：“外間對於內閣，可有什麼議論啊？”
太子說道：“外間所言，多以父皇放縱內閣，稱太祖罷中書省而設六部，惟恐其權不散，嚴分宜以來，內閣合六部而攬之，惟恐其權之不聚。散則互鈐，權臣不得行其私，國家之利也；聚則獨製，各人不得守其職，權臣之利也。”
朱載坖聽了之後，隻是冷笑一聲，並沒有說話，對於這些官員的看法，朱載坖不是不清楚，他們的想法是很簡單的，就是現在內閣的權力過大，使得部院都為之趨使，他們自然是不乾的。
其中這種現象從嘉靖以來就出現了，在嘉靖年間，主要是首輔的權勢得到了極大的增加，張璁、夏言、嚴嵩這三位猛人，內有嘉靖的信任，外有自己的黨羽，自然是在朝廷上無往而不利，頤指百僚，無敢與抗者，次輔、閣臣，在這些猛人們眼中，和小妾也沒什麼區別。
此時的內閣，主要是首輔集權專票，形成了所謂的宮府一體的情況，這些閣臣們在皇帝的支持和信任之下，可以推動自己的政策，對於部院行政，直接予以乾涉，根本不把部院大臣當人看，很多官員對此是極為不滿的，他們認為這些首輔是“廣布爪牙，要結近侍，是以閣臣而假天子之威福者也。”
在朱載坖即位之後，則是采取了另外一種措施，就是對於首輔專票之權予以分割，但是同時提高內閣作為專門輔弼皇帝的衙門的地位，將內閣從翰林院中獨立出來，成為在品級上都超越其他部院的從一品衙門，確立起了內閣在大明政治體係中的決策機關的地位。
在朱載坖的改革之後，軍機處和內閣分掌軍政，同為從一品衙門，皆隸屬於皇帝，內閣整體的地位自然是大幅度的提升了，但是相應的朱載坖也對於首輔的權力做了限製，其實從張居正等人去任之後，繼任的首輔也沒有他們的魄力了。
申時行性格溫和，同時長袖善舞，在朱載坖的命令之下實施了分票製，申時行在給朱載坖的奏疏中就說道：“臣實不敢以一人自專，遇事必計議而後請行，本下必商確而後擬票。又念先朝輔臣，師師有寅恭之幾中，熙熙成和平之治，而近年以來，始有操政柄以擅權，竊威福以亂政者，不知閣中之事，閣臣皆得而與之，孰為當事？孰為旁觀？科道以臣為蚊負，固當矣，而以臣位為代庖，則非也。”
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申時行比較小心謹慎，不願攬權，對於朱載坖所推行的各項政策，也能夠予以支持，所以在申時行的配合之下，內閣實施了分票製度，朱載坖問道：“太子以為，專票與分票哪個好啊？”
這個問題確實是一個很重要的問題，內閣是輔助皇帝行政的重要衙門，在隆慶之前，都是實施的所謂專票製度，也就是首輔秉筆製的，這種製度是有一定好處的，首輔秉筆製下，閣臣在名義上同進共退，內部達成意見一致後，形成內閣的集體意見，通過公揭上奏皇帝。憑此，內閣往往能夠一定程度上對皇帝施加政治壓力，並防止宦官借批紅之權專擅朝政。但是閣臣之間太過團結便易使君主產生威脅感，進而疏離內閣。
而分票製下，皇帝對於內閣是有更大的優勢的，在分票製下，首輔獨掌的秉筆權被眾輔分割，就意味著當皇帝或司禮監的意誌與首輔的意誌產生衝突時，可以直接轉向其他閣臣尋求支持。而閣臣隻要取得皇帝或者司禮監的支持，不必位居首輔就擁有了淩駕於同僚之上的條件。
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