祭由寡人，政則葛氏”。蜀漢的一切內外方針，無論大小，“政事無巨細，鹹決於亮”。
蜀漢一直以兩漢正統自居，其官職製度也大多繼承兩漢，而在兩漢的官製體係中，丞相的權力是非常大的。
章武元年（221），諸葛亮就已經被拜為丞相。劉備去世後，作為蜀漢的首輔大臣，諸葛亮“開府治事”，組建起了以丞相為首的“責任內閣”。
這個“責任內閣”，擁有獨立的行政僚屬機構，具備人事任免的權力，能夠依照皇帝的命令，獨立地行使職權。
僚屬們分別管理著各個部門，諸如蜀漢政權中的軍師祭酒、前後軍師、長史、司馬、主簿、參軍、行參軍、東曹掾、西曹掾、倉曹掾、令史、記室、門下督等，這些部門與機構，都與丞相府的職能緊密相連。
章武二年（建興二年），諸葛亮又兼任了空置數年的益州牧。說起來，蜀漢實際統治的地域，其實隻有益州之地，益州的漢郡與中央機構幾乎是重疊的。
劉備入蜀之後，曾自領益州牧，他稱帝之後，益州牧之職便一直空缺著。劉禪稱帝後，雖有李嚴為鎮東將軍（今甘肅一帶）牧、李恢領交州（今嶺南及越南北部）刺史之類的州職任命，但這些都隻是虛職遙領，並無實際的管轄權力。
而蜀漢政權實際統治的益州，其州級建製在很長一段時間裡卻是虛缺的。
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這背後的原因其實很簡單，皇帝自己不便再擔任一個屬於下屬的官銜（曆史上大約也隻有明成宗曾封自己為“鎮國公總戊軍務威武大將軍總兵官”）。
可要是將益州牧的職務交給其他人，又擔心其州職權重，容易出現“震主之虞”。
不過，在政治層麵上，不設置益州牧，也帶來了一些消極的影響。這很容易讓人產生一種感覺，仿佛蜀漢就是益州，益州就是蜀漢，給人一種偏安一隅、割據自保的印象，從而對興複漢室的偉大事業產生消極的影響。
諸葛亮恢複益州的州級建製，其深意就在於宣示：區區益州，不過是大漢帝國天下十三州郡中的一個罷了。以此來表明，蜀漢在巴蜀的統治，並非是割據一方，而是大漢正統的延續，是為了興複漢室而存在的。
諸葛亮以丞相的身份兼領益州牧，其背後有著深刻的道理。
這就如同日後東南朝的習尉，以輔政大臣的身份兼領揚州刺史一般，因為揚州是京畿所在，人口眾多、財賦集中。在三國時代，“牧”的權位又比“刺史”更重，擁有行政與軍政兩方麵的巨大權力。
諸葛亮身兼丞相與益州牧，蜀漢的權力自然就集中到了他一個人的手中。
換句話說，後主劉禪作為蜀漢政權名義上的君主，並不擁有對軍國大事的最終決策權，統治的決策與實施大權，實際上掌握在丞相諸葛亮的手中。
不僅如此，建興五年（227），諸葛亮在北伐的前夕，臨行之前呈上了《出師表》。在這篇流傳千古的表文中，諸葛亮對蜀漢的軍事事務做出了通盤的規劃，明確規定了後主劉禪不得乾預的職權界限。
在人事安排方麵，諸葛亮懇切地要求後主“親賢臣，遠小人”，不能因為自己是一國之君，就在京城為所欲為。當諸葛亮離開成都，前往北伐前線之後，他的權力並沒有移交給後主劉禪，而是由蔣琬等人接替。
諸葛亮還升董允為侍中，“領虎中郎將，統宿衛親兵”，並囑咐劉禪，“宮中之事，事無大小，悉以谘之”。
此外，諸葛亮在《出師表》裡還提到了一句至關重要的話：“宮中府中，俱為一體”。這句話的深意，在於希望通過宮（皇宮，代表皇帝及宮廷事務）與府（丞相府，代表政府及行政事務）之間的協調配合，來保證行政的順暢運行。
宮、府的分治，其根源可以追溯到漢武帝時期的內朝與外朝之分。漢宣帝曾以內朝淩駕於外朝之上，讓丞相如同仆從一般。
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