龍江關的勝利，其影響遠超一次工程的成功。它以一種無可辯駁的方式，向朝野上下宣告了“格物”之學的力量——並非僅僅是戰場上的殺人利器，更是能夠切實“利國惠民”的強國之道。淩雲的名字，連同“天工院”，不再是“奇技淫巧”的代名詞，而是與“效率”、“革新”、“實績”緊密相連。
順勢而為：格物院的崛起
朱棣龍心大悅，對淩雲的信任和支持達到了一個新的高度。借此東風，淩雲再次上奏，請求正式確立“皇家格物院”的規製、擴大規模，並賦予其獨立招生、授課、考核、授予“格物士”出身（一種類似科舉功名，但側重於技術的人才認定）的權力。
這一次，朝堂上的反對聲音雖然依舊存在，卻顯得虛弱了許多。
徐理再次出列，陳述“重工輕文，恐壞士林風氣”的老調，但語氣已不似以往那般斬釘截鐵。
周禦史之流雖仍以“背離聖學”攻訐，卻難以拿出有力的實證反駁漕運改良帶來的巨大效益。
朱棣乾綱獨斷：“淩雲所奏，乃為國儲才，興利除弊之要務。準！即著禮部、工部協理，擴建皇家格物院，準其依製招生授業。所出‘格物士’，經考核優異者，可入工部、將作監、乃至地方工房任職，視同科舉正途！”
這道旨意，無疑是在傳統科舉取士的壁壘上，硬生生鑿開了一道口子。雖然“格物士”的地位和前途遠不能與進士相比，但它畢竟為無數無法通過科舉，卻擁有技藝天賦的人才，提供了一條通往仕途和認可的嶄新路徑，意義非凡。
格物院的招生再次掀起熱潮。這一次，前來報名的不僅是工匠子弟和破落書生，更有不少中小地主、商賈之家，甚至是一些低級官吏的子弟，敏銳地嗅到了新的機遇。考核依舊嚴格，側重算學、格物原理和動手能力。
淩雲親自參與了部分麵試。
麵對一個對《九章算術》倒背如流，卻對杠杆原理一竅不通的年輕書生，他問道：“若欲移動千斤巨石，給你一根足夠長的硬木，你當如何？”
書生茫然。
淩雲耐心引導：“可曾留意鄉間撬動石碾？”
另一工坊學徒，雖識字不多，卻能迅速用木條和繩索搭建出穩固的支架，並清晰解釋其受力之理。
淩雲頷首：“格物之學，在於明理致用，手腦並重。爾等各有所長，入院後需互補短長。”
院內設立了“機械”、“算理”、“材工”、“化育”（初步涉及化學知識）等學齋。教材由淩雲主導，郭衡等人參與，加速編纂，內容深入淺出，強調實證與邏輯。授課方式也令學子們耳目一新：不僅有課堂講解，更有大量的實驗、工坊實習和小組課題。
然而，新舊思想的碰撞在格物院內部也異常激烈。文人子弟鄙薄工匠出身者“粗鄙無文”，工匠子弟則嘲笑對方“手無縛雞之力”，爭吵甚至鬥毆時有發生。更有甚者，一些抱有“學成手藝，升官發財”投機心理的學生，對艱苦的基礎學習和工坊實習叫苦不迭。
淩雲不得不耗費大量精力整飭學風。他親自訓話：“格物之道，首重求真務實！無論爾等出身如何，入院便需忘卻門戶之見！文人需放下身段，接觸斧鑿；匠人需勤學文字，明曉數理！手腦分離，空談誤國，亦誤自身！”他設立“互助學社”，強製不同背景的學生組成小組，共同完成項目，促進融合。同時，也讓馬三寶暗中清理了一批心術不正、背景可疑的“害群之馬”。
燎原之勢與灼傷之痛
就在格物院艱難步入正軌的同時，淩雲推動的另一項變革，引發了更直接、更劇烈的社會震蕩。
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他通過“大明實業總公司”（一個由勳貴、商人投資，天工院以技術入股的雛形股份製企業），開始向江寧、蘇州等地的民間織坊，推廣經過簡化、更適合小規模生產的新式水力紡紗機和飛梭織布機。
效率是驚人的。一台新式紡紗機的工作效率，可抵三十名熟練紡工！一架飛梭織布機的出布速度，是舊式織機的五倍以上！而且布匹質量更加均勻、緊密。
巨大的利益驅使下，一些有遠見（或敢於冒險）的商人和織坊主開始引進這些機器。然而，隨之而來的，是大量依靠手工紡紗織布為生的家庭織戶和小作坊，迅速失去了競爭力。
“機器一響，黃金萬兩；織機一停，餓殍遍野！”
憤怒的失業織戶和傳統行會成員，聚集在江寧織造衙門以及府衙前，抗議、請願，甚至發生了砸毀新式織坊的暴力事件。
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