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在此基礎上，他親自執筆，開始撰寫一篇名為《格物真源疏》的長篇奏章。文中，他極力避免使用過於離經叛道的詞彙，而是用“體察天工”、“窮究物理”、“利國惠民”、“強兵富國”等儒家能接受的語言，來闡述科學技術的重要性。他將電光解釋為“陰陽相搏之精微顯化”，將蒸汽動力解釋為“水火既濟之力巧馭”，將數學、物理視為“度量天地之準繩”，試圖在傳統的話語體係內，為科學爭取一席之地。
這是一次艱難的思想嫁接。他知道這並非長久之計，科學的思維方式終將與儒家傳統發生更激烈的衝突。但在羽翼未豐之前，他需要這層保護色。
奏章寫成，用快船送往京城。能否說服朱棣，或者至少暫時安撫住他，淩雲心中並無十足把握。
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就在奏章發出的第二天，“深淵應對特種艦隊”的訓練海域傳來緊急消息：他們在一次模擬對抗中，聲呐發現了多個高速、小體積目標集群，其運動模式與之前遭遇的變異體高度相似，但更加靈活，而且……似乎具備某種簡單的戰術配合！
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