附近鬨事，朝廷卻抓不住，這要是傳出去，周邊國家都會笑話我們。得找個能乾的京兆尹才行。”於是王鳳推薦了之前的高陵令王尊，皇帝把王尊召回來任諫大夫，代理京輔都尉，同時行使京兆尹的職權。沒想到，王尊到任才一個月，就把盜賊清理乾淨了，後來他正式被任命為京兆尹。
皇帝剛即位的時候，丞相匡衡上奏說：“射聲校尉陳湯以二千石官員的身份出使西域，卻在國外擅自做主，自己不以身作則，還私吞在康居繳獲的財物，還告誡下屬說‘在偏遠地區做事，朝廷不會追查’。雖然這些事發生在赦令之前，但他不適合再擔任官職。”陳湯因此被免職。後來陳湯又上書說“康居王送來的侍子不是真正的王子”，經過調查，那確實是王子。陳湯因此入獄，被判死刑。
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太中大夫穀永上書為陳湯求情：“我聽說，楚國因為有子玉得臣，晉文公坐立不安；趙國有廉頗、趙奢，強大的秦國不敢進犯井陘；本朝有郅都、魏尚，匈奴不敢南下侵犯。由此可見，能征善戰的將領是國家的棟梁，必須重視。君子聽到戰鼓的聲音，就會想起優秀的將領。我覺得關內侯陳湯，之前斬殺郅支單於，威名震懾周邊各國，戰功顯赫。自漢朝建立以來，出征塞外的將領，沒有能和他相比的。現在陳湯隻是因為言論不當，就被長期囚禁，案子拖了很久都沒判決，執法官員甚至想判他死刑。當年白起是秦國大將，向南攻占郢都，向北坑殺趙括，卻因為一點小過錯，被賜死在杜郵，秦國百姓都為他流淚。如今陳湯手持符節出征，在萬裡之外浴血奮戰，為國家立下大功，他的功績可以告慰祖廟、上報天帝，將士們沒有不敬佩他的。他隻是言語犯錯，並沒有大惡。《周書》說‘記住別人的功勞，忘掉別人的過錯，這樣才配做君主’。犬馬對人有功勞，人們尚且會用帷蓋厚葬，何況是國家的功臣呢？我擔心陛下忽視了戰鼓的意義，不明白《周書》的道理，忘了對功臣的優待，像對待平庸之臣那樣對待陳湯，最終聽從了官吏的判決，讓百姓像當年秦國百姓那樣痛心，這不利於激勵那些為國家出生入死的大臣啊！”
奏疏呈上後，皇帝赦免了陳湯，但剝奪了他的爵位，讓他成為普通士兵。恰逢西域都護段會宗被烏孫軍隊包圍，他派人快馬加鞭向朝廷求救，希望能征調西域各國和敦煌的軍隊救援。丞相王商、大將軍王鳳和百官討論了好幾天，都拿不定主意。王鳳說：“陳湯足智多謀，又熟悉西域事務，可以問問他的意見。”皇帝在宣室召見陳湯。陳湯當年攻打郅支單於時受了寒，兩臂殘疾無法屈伸，皇帝下詔免了他的跪拜之禮，並把段會宗的求救信給他看。陳湯說：“我覺得這事沒什麼可擔心的。”皇帝問：“為什麼這麼說？”陳湯解釋道：“胡人士兵五個才能抵得上一個漢兵，因為他們武器簡陋，弓弩也不精良。現在他們雖然學到了一些漢朝的技術，但也得三個才能抵一個漢兵。而且《兵法》說‘進攻方兵力得是防守方兩倍，才可能取勝’。現在包圍段會宗的敵軍人數不足以取勝。陛下不用擔心！況且輕裝行軍一天隻能走五十裡，重裝行軍一天隻能走三十裡，段會宗想征調西域各國和敦煌的軍隊，等軍隊趕到，黃花菜都涼了，這隻能算是事後報複，根本不是救急的辦法。”皇帝又問：“那怎麼辦？這圍困肯定能解除嗎？你估計什麼時候解圍？”陳湯知道烏孫軍隊隻是臨時拚湊，不可能長期攻城，按照以往經驗，用不了幾天就會結束，於是回答：“已經解圍了！”他掐指算了算說：“不出五天，就會有好消息傳來。”果然，過了四天，軍報就到了，說圍困已經解除。大將軍王鳳奏請讓陳湯擔任從事中郎，大將軍幕府的事務都由陳湯決斷。
河平元年（公元前28年）
春天，杜欽向王鳳推薦犍為人王延世，說他能治理黃河決口。王鳳就任命王延世為河堤使者。王延世用四丈長、九圍粗的竹籠，裝滿小石頭，用兩艘船夾著竹籠放入河中。經過三十六天，河堤終於修好。三月，皇帝下詔封王延世為光祿大夫，俸祿為中二千石，賜關內侯爵位，賞黃金百斤。
河平元年（公元前28年）
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