聚在一起爭功時，馮異總是獨自躲在樹下，所以大家都叫他“大樹將軍”。
護軍朱祜是宛城人，他跟劉秀說：如今長安那邊朝政混亂，您又有帝王之相，這是天命啊！劉秀開玩笑說：“趕緊叫刺奸將軍來把你抓起來！”劉秀這話嚇得朱祜再也不敢提這事。
這時候，更始帝看到王朗被劉秀剿滅，於是就派使者前去封劉秀為蕭王，還命令他解散所有的部隊，還讓劉秀和有功將領一起回長安接受賞賜。同時，更始帝又任命苗曾為幽州牧，韋順為上穀太守，蔡充為漁陽太守，讓他們去北方赴任。
當時劉秀住在邯鄲的趙王宮裡，有一天白天在溫明殿睡覺時，耿弇就直接闖進去，到床邊說要和他單獨聊聊。耿弇趁機說：“現在部隊傷亡很大，我想回上穀補充兵員。”劉秀不解的問：“王郎都滅了，河北也基本平定了，還補充兵力乾什麼？”耿弇卻說：“王郎雖然敗了，但天下的戰亂才剛剛開始。現在朝廷使者來讓部隊複員，可不能聽他的。銅馬、赤眉那些起義軍有幾十支，每支都有幾十萬人甚至上百萬人，戰鬥力超強，更始帝根本對付不了，早晚會垮台的。”
劉秀一聽，從床上坐起來說：“你這話說得大逆不道，信不信我殺了你！”耿弇趕緊說：“大王您像父親一樣待我，所以我才敢說實話。”劉秀這才笑著說：“跟你開玩笑呢，你為什麼這麼說？”耿弇解釋說：“王莽把百姓害苦了，大家才盼著漢朝複興，聽說漢軍起義，都高興壞了。可現在更始帝當政，崤山以東的將領不聽指揮，皇親國戚在長安胡作非為，百姓現在又開始懷念王莽那會兒了。所以我知道更始帝肯定會失敗。您威名遠揚，為正義而戰，隻要發一道命令，就能安定天下。這天下的皇位，您應該自己爭取，可別讓外人搶走了！”
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聽了耿弇這番話，劉秀就以河北還沒徹底平定為由，拒絕了更始帝的征召，從此開始就和更始帝決裂了。
當時，像銅馬、大彤、高湖等各路起義軍，各自帶著手下的人馬，在各地燒殺搶掠，這些人加起來足有幾百萬人。劉秀就打算收拾他們，於是就封吳漢、耿弇當大將軍，還讓他們拿著符節去幽州的十個郡調集騎兵。可是幽州牧苗曾知道這個消息後，就偷偷讓各郡別聽劉秀的調遣。吳漢帶著二十多個騎兵先趕到幽州無終縣，苗曾出城迎接，吳漢當場就把他抓起來殺了。耿弇到上穀後，也把太守韋順、蔡充殺了。這下北方各州郡都嚇壞了，乖乖派兵聽劉秀的指揮。
到了秋天，劉秀先去攻打銅馬軍。而吳漢就帶著騎兵到清陽和劉秀會合，劉秀的隊伍一下變得兵強馬壯。隨後，吳漢就把部隊花名冊交給了劉秀，若是需要物資就再申請，那是一點也不藏私，劉秀因此更加看重他了。劉秀又封沛人朱浮為大將軍兼幽州牧，把州府設在薊城。此時的銅馬軍沒糧食吃，就準備在夜裡逃跑，劉秀一直追到館陶，並把他們打得大敗。可還沒等收編完降兵，高湖、重連的部隊就從東南殺來了，他們和沒投降的銅馬殘兵合在一起。劉秀又在蒲陽和他們大戰一場，結果敵軍全部戰敗投降。隨後，劉秀就封這些敵軍首領為列侯，但自己的將領不信任這些降兵，降兵心裡也不踏實。劉秀明白他們的顧慮，就讓降兵回營整頓，自己隻帶少數隨從去巡視。降兵們一看，都說：“蕭王對我們這麼坦誠，我們怎能不儘心效力！”從此就真心歸附了劉秀。劉秀把降兵分給各將領，部隊一下子就擴充到了幾十萬。後來，赤眉軍的一支和青犢、上江等幾支隊伍，共十多萬人在射犬集結，劉秀又帶兵去攻打他們，結果還是大獲全勝，接著又向南拿下河內，河內太守韓歆看情況不對就投降了。
以前，謝躬和劉秀一起滅了王郎，但是兩人矛盾不斷，謝躬總想突襲劉秀，又怕劉秀兵力強勁，所以一直不敢動手。這時兩支軍隊雖然都在邯鄲，卻是分城駐紮，不過劉秀時不時去慰問謝躬的部隊。看到謝躬工作勤勉，劉秀就誇他：“謝尚書是個好官！”謝躬因此就放鬆了警惕。他妻子勸他說：“你和劉秀有仇，水火不容，你別信他的好話，不然要吃虧的。”但是謝躬不聽。後來，謝躬帶幾萬人回鄴城駐紮。劉秀向南攻打青犢時，就讓謝躬去隆慮山截擊尤來，結果謝躬吃了敗仗。劉秀則趁謝躬外出，派吳漢和岑彭攻占了鄴城。可憐的謝躬不知情，就帶著輕騎回城，結果被吳漢抓住殺了，他的部隊也全部投降了劉秀。
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