就打的是漢朝的旗號。我願意帶著您的旨意去勸他，憑著陛下的信用和誠意開導他，隗囂肯定會歸順陛下的。如果隗囂歸順了陛下，那公孫述就好對付了，陛下也就不用擔心了！”劉秀覺得這個建議可行，就派來歙去見隗囂。隗囂因為之前幫漢朝立過功，又接受了鄧禹封的爵位，而且他手下的謀士也大多勸他和朝廷建立聯係，於是隗囂就派人給朝廷送去奏章。劉秀對隗囂的使者特別客氣，說話也很恭敬，直接采用接待藩國的禮儀對待他，這簡直是讓他受寵若驚。
公元28年正月，劉秀下詔大赦天下。
二月，延岑再次入侵順陽，朝廷就派鄧禹率軍去迎擊，結果延岑被打的潰不成軍。最後孤身一人逃往漢中，他逃到漢中後，公孫述就任命延岑為大司馬，還把他封為汝寧王。
田戎聽說秦豐被打敗了，心裡感到很害怕，就打算投降朝廷。這時他的大舅哥辛臣畫了彭寵、張步、董憲、公孫述等人占領地盤的地圖，並拿給田戎看，還說：“洛陽那邊控製的地盤也就巴掌大，我們不如先按兵不動，看看形勢再說。”但是田戎說：“秦豐那麼厲害，都被征南將軍給圍住了，我還是投降吧！”於是田戎就留下辛臣鎮守夷陵，自己帶兵逆江而上，到黎丘駐紮。令人沒想到的是，辛臣偷了田戎的財寶，從小路出發，搶先一步投降了岑彭，還寫信勸田戎說：“你趕緊來投降，別按原來的計劃來了！”田戎懷疑辛臣出賣自己，就用燒魚占卜該不該投降，結果顯示不吉利，於是他又反叛了，跑去和秦豐聯手。結果岑彭把他們打敗了，田戎隻能灰溜溜的逃回夷陵。
夏天四月，劉秀到了鄴城；己巳日，又到了臨平，並派吳漢、陳俊、王梁在臨平打敗了五校軍。這時的鬲縣有五大家族，他們一起趕走了縣長，占領縣城造反。將領們都爭著要去攻打，吳漢卻說：“鬲縣造反，是縣長的過錯。誰要是敢貿然出兵，就砍了誰！”隨後，他就發了文書，還讓郡守把縣長抓起來，又派人到城裡道歉。結果城裡那五個家族都很高興，馬上就投降了。將領們這下都佩服吳漢的智慧，說：“不用打仗就能拿下城池，一般人可做不到！”
五月，劉秀到了元氏，辛巳日又到了盧奴，這次他打算親自去征討彭寵。看到劉秀打算親征，伏湛就勸他說：“現在兗州、豫州、青州、冀州這些中原的核心地區，都還沒平定呢，賊寇也時不時的就出來搗亂。漁陽這破地方又偏遠又窮，哪值得優先去打！陛下放著近處的事不管，卻去折騰遠處，挑難的不挑容易的，我實在想不明白！”劉秀聽了他的建議後，就率軍回去了。
劉秀回去之後，就派建義大將軍朱祜、建威大將軍耿弇、征虜將軍祭遵、驍騎將軍劉喜去涿郡攻打張豐。祭遵是最先趕到的，對著張豐就發動了猛攻，最後把他抓住了。原來張豐喜歡搞方術，有個道士就騙他說：“你能當皇帝。”還拿五彩袋子包了塊石頭，綁在張豐的胳膊上，說：“石頭裡有玉璽。”張豐信以為真就造反了。等到被砍頭的時候，他還嘴硬說：“胳膊上的石頭裡有玉璽！”聽了他的話，祭遵就讓人拿錘子砸開石頭，結果裡麵啥都沒有，張豐這才知道自己被騙了，於是就仰天長歎：“我死了也沒什麼好遺憾的！”接著，劉秀就下令讓耿弇去攻打彭寵。而耿弇因為父親耿況和彭寵以前都立過功，而且自家兄弟都不在京城，所以不敢單獨出兵，就請求回洛陽。麵對耿弇的請求，劉秀回複說：“你們全家都為國家效力，而且功勞那麼大，這有什麼好懷疑的，還要求調回，不準！”耿況聽說後，就派耿弇的弟弟耿國去京城侍奉劉秀。當時祭遵駐紮在良鄉，劉喜駐紮在陽鄉，彭寵帶著匈奴兵想去攻打他們。最終耿況派兒子耿舒前去偷襲匈奴兵，殺了兩個匈奴王，彭寵看到這種情況，就很無奈的撤兵了。
秋天七月，劉秀到了譙縣後，就派捕虜將軍馬武、騎都尉王霸在垂惠包圍劉紆和周建。董憲的手下賁休獻出蘭陵投降了朝廷；董憲知道後，親自從郯城趕來包圍了蘭陵。蓋延和平狄將軍龐萌當時在楚地，就請求去救援。可劉秀卻下令說：“你們直接去打郯城，蘭陵的困境自然就解了。”但是蓋延他們覺得賁休那邊情況緊急，就先去救蘭陵。看到蓋延等人來救援蘭陵，董憲就假裝戰敗撤退，等蓋延他們進城後，第二天突然發起總攻。蓋延他們害怕了，就趕緊突圍逃跑，轉頭去打郯城。劉秀得知他們違背了自己的命令後，就責備他們說：“一開始讓你們打郯城，要的就是出其不意。現在你們先去救援又撤退，等敵人的計謀得逞了，包困境怎麼可能解除！”等蓋延他們到了郯城後，果然沒有打下來；而董憲則是順利的拿下了蘭陵，還殺了賁休。
到了八月，劉秀前往壽春視察的同時，又派揚武將軍馬成率領誅虜將軍劉隆等三位將軍，調集會稽、丹楊、九江、六安四郡的兵力進攻李憲。到了九月，李憲就被圍困在了舒城。
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