伏隆死了之後，劉秀就派吳漢率領耿弇、蓋延在軹縣西麵去攻打青犢軍，此戰達到了預期效果，不僅打敗了青犢軍，還收編了剩餘部眾。
三月，劉秀就任命司直伏湛擔任大司徒。
劉秀剛任命完伏湛，涿郡太守張豐就反叛了，還稱自己是“天上大將軍”，他還和彭寵建立了聯盟。朱浮因為劉秀沒有親自征討彭寵，就給朝廷上疏請求救援。麵對朱浮的求救，劉秀回複說：“當年赤眉軍在長安橫行霸道，我就料到他們會因為糧食的問題向東撤，如今也正如我所料。現在這些反賊更加不堪一擊，朕估計過不了多久，他們必定會出現內部分裂的情況。再說了，現在我軍糧草嚴重不足，就算出兵也得等到麥收之後！”這時的朱浮因為城中沒吃的，都出現了人吃人的現象，還好耿況派了騎兵前來救援，朱浮這才得以幸免於難，薊城也落入了彭寵的手中。拿下薊城之後，彭寵就自稱是燕王，隨後又攻占了右北平、上穀等幾個縣，又派使者帶著金銀珠寶去賄賂匈奴，還向他們借兵助戰；又向南聯合張步及富平、獲索等地的賊寇，與他們建立了聯係。
這時的劉秀親自率軍征討鄧奉，大軍到達堵陽後，鄧奉就逃回了淯陽，董欣則是投降了漢軍。夏天四月，劉秀就帶兵追擊鄧奉，一直追到了小長安，雙方在這進行了一場戰鬥，結果鄧奉大敗。眼看大勢已去，鄧奉就袒露上身，通過朱祜來投降。劉秀覺得鄧奉在以前也是功臣，而且事情的起因是吳漢劫掠了他的家鄉，所以就想寬恕他。但是岑彭和耿弇就勸諫說：“鄧奉背叛陛下的恩德，又帶著部隊乾了好幾年打家劫舍的事，現在陛下親自前來征討，可他仍然不知悔改，直到兵敗後才想著投降；如果不誅殺鄧奉，就沒辦法懲處奸邪之事！”於是就斬殺了鄧奉，同時恢複了朱祜的職位。
延岑在打敗赤眉軍後，就馬上安排官員，想要占領關中地區。那會兒關中還有好多賊寇，延岑占據著藍田，王歆占據著下邽，芳丹占據著新豐，蔣震占據著霸陵，張邯占據著長安等，這些人少的有幾千人，多的有上萬人，還互相打來打去的。馮異則是一邊打仗一邊推進，最後駐紮在了上林苑。這時的延岑就拉著張邯、任良一起去打馮異，結果被馮異反殺，把他們打得大敗，原本跟著延岑的人都投降了馮異。延岑沒辦法，隻好從武關逃到南陽。那時候的老百姓都餓壞了，就連黃金都不值錢了，一斤黃金才能換五升豆子，路也不通，糧食運不過來，馮異的士兵就隻能摘野果子充饑。後來劉秀就派趙匡帶著兵、拉著錢糧去幫助馮異。馮異有了人馬和糧食後，就開始收拾那些不聽話的人，他獎勵那些投降的賊寇，然後把賊寇首領送到京城，並遣散他們的手下，還讓大家回家種地，這下關中大部分地方都被他平定了，隻有呂鮪、張邯、蔣震跑去投靠了蜀地的勢力。
另一邊，吳漢帶著杜茂等七個將軍把蘇茂包圍在了廣樂，周建又召集了十多萬人來救援蘇茂。吳漢跟他們打了一仗，但是沒打贏，還從馬上摔下來傷了膝蓋，就隻能回營休息。周建他們就趁機進了城。這時，手下將領們就跟吳漢說：“敵人來勢洶洶，您又受傷躺著，士兵們都害怕得不行！”吳漢聽了，就忍著傷痛起來，殺牛給士兵們加餐鼓勁，大家一下子又有了鬥誌。第二天，蘇茂、周建就出兵包圍了吳漢，吳漢帶人拚命反擊，最終把他們打得大敗，而蘇茂就逃到湖陵去了。這時候睢陽又有人造反，他們迎接劉永進城，蓋延就帶著人去圍攻睢陽。而吳漢則是留下杜茂、陳俊鎮守廣樂，自己帶兵去幫蓋延攻打睢陽。
就在吳漢等人打的火熱的時候，劉秀就從小長安率軍返回了洛陽，他還命令岑彭率領傅俊、臧宮、劉宏等三萬多人南下去攻打秦豐。五月，劉秀才回到宮中。
到了六月，因為出現日食，朝廷就宣布大赦天下。
延岑去攻打南陽，占領了好幾座城池。建威大將軍耿弇就在穰縣跟他打了一仗，結果把延岑打得大敗。延岑隻帶著幾個騎兵逃到了東陽，然後投奔了秦豐，秦豐還把女兒嫁給了他。就在這時，建義大將軍朱祜帶著祭遵等人就追到了東陽，結果又把延岑給打敗了，延岑隻能又跑回秦豐那兒。而朱祜在打完這仗之後，就南下和岑彭他們會合了。延岑手下有個護軍叫鄧仲況，帶著人占據了陰縣，劉歆和孫龔兩人就給他出主意。看到鄧仲況占據了陰縣，蘇竟就寫了封信勸鄧仲況投降，結果鄧仲況和孫龔還真的就投降了。蘇竟這人很低調，從來不炫耀勸降的功勞，就喜歡在家隱居，安安穩穩地過自己的日子。而秦豐則在鄧縣抵抗岑彭的進攻，到了七月，還是被岑彭給打敗了。緊接著，岑彭就把秦豐給包圍在了黎丘，還派積弩將軍傅俊帶兵去攻打江東，最後把揚州全打下來了。
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