公元32年的春季，來歙就率領兩千多人開山辟路，從番須、回中地區徑直前去襲擊略陽，並斬殺了隗囂的守將金梁。隗囂得到消息後，大驚道：“他們怎會如此神速！”劉秀聽說來歙已經攻占了略陽，就非常高興的說：“略陽可是隗囂的屏障，現在他的心腹已壞，那麼製服他的肢體就非常容易了！”吳漢等人聽說來歙占據了略陽，就爭相率軍趕去支援。這時的劉秀卻認為隗囂既然失去了屏障，又丟掉了重要的城池，接下來必定會出動全部的精銳力量來攻打我們；如果他們長期圍城而久攻不下，就會導致他們的士兵疲憊不堪，這時我們就可以乘危進攻了，於是就下令讓吳漢等人回來。隗囂果然派王元據守隴坻，行巡據守番須口，王孟據守雞頭道，牛邯據守瓦亭。而隗囂則是親自率領數萬大軍包圍了略陽，公孫述又派了將領李育、田弇前來助戰，他們劈山築堤，企圖蓄水灌城。來歙與將士們誓死堅守，箭用完了，就拆屋砍樹作為兵器。隗囂用儘精銳攻城，打了好幾個月都沒打下來。
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到了夏季，劉秀準備親自率軍征討隗囂，光祿勳郭憲就勸諫說：“現在東方剛剛平定，陛下實在不適合遠征。”於是就攔住車駕，拔出佩刀砍斷了車靷（套馬的皮帶）。但是劉秀不聽他的勸諫，率領大軍繼續前行，一直走到了漆縣的時候。軍中的大多將領就認為王師不宜深入險地，麵對將領們的勸諫，劉秀對於是否繼續進軍就變得猶豫了；麵對這種局麵，劉秀就召見馬援詢問他的意見。馬援分析說隗囂的將帥現在有土崩瓦解的勢頭，進軍的話必定能取勝；並在劉秀麵前用米堆成山穀的模型，指指畫畫的，向劉秀展示進軍路線，對方方的優勢分析得清晰明了。劉秀就說：“現在敵軍已在我掌握之中了！”第二天，劉秀就率領大軍來到了高平第一城。竇融則是率領著五郡太守及羌族、小月氏等步騎兵數萬人，輜重車五千餘輛，前來與劉秀的大軍會合。當時軍隊剛剛組建，眾將在朝會時展現出的禮儀也不是那麼嚴肅，竇融就先派從事請示朝會該使用的禮儀。劉秀得知後對他是非常的讚賞，並將此事通告百官，並設酒宴款待，以特殊禮遇對待竇融等人。於是雙方大軍就一起向前出發，大軍分了好幾路進攻隴山。這時劉秀就派王遵寫信招降牛邯，結果牛邯投降，最終被任命為太中大夫。隨後，隗囂的十三位大將、十。”可是隗囂始終不投降，於是劉秀就下令處死了他的兒子隗恂。然後派吳漢、岑彭包圍了西城，又派耿弇、蓋延包圍了上邽。這時，劉秀就封竇融為安豐侯，竇友為顯親侯，五郡太守也都被封為了列侯，還命令他們返回原來鎮守的地方。竇融因為長期專權一方，心中感到不安心，就多次上書請求派人接替他的位置。劉秀就下詔說：“我與將軍的關係就如同左右手一樣，如今你多次謙讓，怎麼就不明白我的心意呢！朕希望你能夠安撫士民，不要擅自離開部屬！”潁川地區的盜賊橫行，他們攻占了所屬地區的縣城，河東地區的守軍也叛變了，這些事直接就震動了京師。劉秀聽說後就歎道：“我後悔沒有聽從郭憲的勸告。”
秋季八月，劉秀就從上邽日夜兼程的回到了京師，他還寫信給岑彭等人說：“若是攻下了兩城，便可率軍南下攻打蜀地的敵人。人就是苦於不知足，既平定了隴地，又覬覦蜀地。現在每次發兵，我的頭發胡須都因此變白了！”
到了九月，劉秀才回到洛陽。他對執金吾寇恂說：“潁川的盜賊已經逼近京師了，應當及時平定。我思來想去，隻有你能平擔此重任，你從九卿之位再次出任地方官，就好好為國分憂吧！”寇恂回答說：“潁川地區的盜賊聽說陛下遠征隴、蜀，所以才趁機作亂。若是他們聽說陛下南征，必定會惶恐歸降，臣願率軍作為先鋒。”劉秀就采納了他的建議。庚申日這天，劉秀就率軍南征，結果潁川地區的盜賊望風而降。寇恂最終也沒有擔任太守，百姓就攔路請求說：“希望陛下能把寇君在借給我們一年。”於是劉秀就把寇恂留在了長社，安撫當地的官吏和百姓，並接納了剩下的投降者。東郡、濟陰地區也有盜賊出沒，劉秀就派李通、王常前去討伐。因為東光侯耿純曾經乾過東郡太守，而且在衛地的威信也非常的顯著，劉秀就派使者任命他為太中大夫，並讓他與大部隊在東郡會合。東郡的盜賊聽說耿純進入了境內，結果九千多人就都向他投降了，最終大軍不戰而還；劉秀就下詔再次任命耿純為東郡太守。
這時的安丘侯張步帶著妻兒逃往了臨淮，與弟弟張弘、張藍企圖召集舊部，乘船入海。琅邪太守陳俊率軍追擊討伐，並將其斬殺。
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