直追到了不韋這個地區，又斬殺了棟蠶的統帥，西南諸夷的叛亂這才被全部平定。
此時的烏桓跟匈奴、鮮卑聯手搞事情，一起來侵犯邊境。代郡東邊那一片被烏桓禍害得最慘。烏桓人住得離邊塞近，早上從帳篷出發，晚上就能打到城邊。代郡、雁門、上穀、漁陽、右北平這五個郡的老百姓，家家戶戶都遭了殃。好多郡縣被破壞得不成樣子，百姓為了活命就四處流亡。因此，邊境一帶變得冷冷清清，幾乎看不到人。
這年秋天八月，劉秀派馬援和謁者分別去修建防禦工事、邊塞堡壘，慢慢恢複了郡縣的正常秩序。有些地方的太守、縣令、縣長職位空缺著，就想辦法把流亡的百姓都招回來。當時，住在上穀塞外白山的烏桓部落又強又富，馬援就帶著三千騎兵去攻打他們，結果啥好處也沒撈著，隻能無功而返。
鮮卑有一萬多騎兵來侵犯遼東地區，遼東太守祭肜帶著幾千人迎戰，祭肜還穿上鎧甲帶頭衝鋒。這一仗打得鮮卑落花流水，掉到水裡淹死的人超過了一半。祭肜還追著他們一直打出邊塞。鮮卑人被嚇得不輕，慌不擇路的到處跑，好多人連兵器都扔了，光著身子逃命。從這以後，鮮卑人一聽到祭肜的名字就害怕，再也不敢打邊塞的主意了。
到了冬天，匈奴又來侵犯上穀和中山地區。
此時的莎車王賢越來越囂張，野心勃勃想吞並西域，所以就三番五次的攻打周邊的國家，還使勁地增加賦稅，把西域各國折騰得又發愁又害怕。車師前王、鄯善、焉耆等十八個國家沒辦法，隻好把自家的王子送到漢朝來當人質，還獻上各種珍寶。這些人見到劉秀的時候，就一邊哭一邊磕頭，求著漢朝能在西域設立都護府，以此來保護他們。劉秀覺得漢朝剛安定下來，北方邊境的匈奴還沒徹底收服，所以顧不過來西域的事，就把這些人質都送回去了，還給他們賞賜了不少東西。西域各國聽說漢朝不派都護，人質也都送回來了，就急得像熱鍋上的螞蟻一樣，趕緊給敦煌太守發去了文書，說：“希望能把我們的王子留在這兒，就跟莎車王說王子被扣下了，漢朝的都護馬上就來，讓莎車王先別打仗了。”敦煌太守裴遵把這事報告給了朝廷，朝廷同意了這個辦法。
公元46年的春天，劉秀前往長安視察情況；到了二月才返回雒陽。
夏天五月，發生了日食。
秋天九月，發生了地震。
冬天十月，大司空朱浮被免職。隨後就任命光祿勳杜林為大司空。
最開始，陳留人劉昆當了江陵縣令，縣裡突然發生了大火，劉昆就朝著大火磕頭，火居然一下子就滅了；後來他做弘農太守時，當地的老虎竟然都背著幼崽渡過黃河離開了。劉秀聽說這些事兒後，就覺得太神奇了，於是就把劉昆召來，讓他接替杜林當光祿勳。兩人見麵後，劉秀就問劉昆：“以前你在江陵，能讓風向反轉滅了大火，在弘農又讓老虎北渡黃河，你到底施行了啥好政策，才讓這些事發生？”劉昆老老實實回答說：“就是碰巧罷了。”旁邊的人聽了都忍不住笑，劉秀卻感歎說：“這才是實在人說的話！”還讓人把劉昆的話記錄下來。
這一年，青州又鬨起了蝗災，好多百姓都顆粒無收。
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