公元40年的春天二月，征側和她的妹妹征貳就造反了，九真、日南、合浦等地的蠻族也紛紛響應她們姐妹的號召，她們總共攻占了六十五座城池，隨後征側就自立為王，定都於麊泠。而交趾刺史和各郡太守隻能勉強自保，沒有一點反擊的餘力。
本年三月，又發生了日食。秋天九月，河南尹張汲以及十多位郡守因在丈量田畝時弄虛作假，被下獄處死。可是後來，劉秀卻從容地對虎賁中郎將馬援說：“我很後悔之前殺了那麼多太守和國相！”馬援回答說：“陛下無需後悔，他們是罪有應得，殺得並不多！隻是人死不能複生，我們的眼光還的往前看。”馬援這番話惹得劉秀哈哈大笑。
那會兒，各個郡國鬨起了盜賊，他們到處惹事生非。郡縣長官派官兵去討伐盜賊，等官兵一到，盜賊們就作鳥獸散；等官兵一走，盜賊又聚到一塊兒繼續搗亂。青州、徐州、幽州、冀州這四個州，情況最糟糕。
這年冬天十月，朝廷就派使者到各個郡國去宣布新政策：允許盜賊互相檢舉揭發，要是五個人一起殺了一個盜賊，這五個人都能免罪；就算官吏在抓盜賊這事上拖拖拉拉、躲躲閃閃，或者故意不管，也不追究他們的責任，隻看最後抓了多少盜賊來論功行賞。州牧、郡守、縣令這些官員，要是碰上了盜賊而不抓捕，或者因為害怕直接棄城跑了，也不處罰他們，同樣按抓盜賊的數量來評判好壞，隻有包庇盜賊的行為才會被治罪。這麼一來，各地官員都開始積極抓盜賊，盜賊也就慢慢散了。最後朝廷把那些盜賊頭頭都遷到別的郡，還給他們分田地，發糧食，讓他們能夠安穩過日子。從這以後，各郡國的治安就好起來了，老百姓家的牛馬在外麵隨便放著不用圈起來，城門晚上也不用關了。
這時的盧芳和閔堪在塞外混不下去了，就派使者來朝見皇上，還表示自己願意投降，劉秀也樂的自在，於是就封盧芳做代王，閔堪做代相，還賞了他們兩萬匹綢緞，讓他們去安撫匈奴。盧芳給劉秀寫奏折感謝皇恩，說自己特別想回朝廷；看他這麼可憐巴巴的，劉秀就下詔書，讓他第二年正月來京城朝見。剛開始，匈奴聽說漢朝懸賞抓捕盧芳，他們為了得到賞金，就把盧芳送回來投降。可後來盧芳卻把這事說成是自己主動回來的，不承認是匈奴送他回來的，匈奴單於也不好意思說自己是為了賞金才這麼乾，結果朝廷就沒給匈奴賞金。因為這事，匈奴人就特別生氣，接著就更加頻繁地侵犯漢朝邊境了。
馬援向劉秀提議恢複鑄造五銖錢，劉秀經過深思熟慮之後就同意了，這政策一經推行，全國老百姓都得了好處，對國家發展和提高百姓幸福指數的政策就應該大力推行。
轉眼就到了盧芳進京朝見的時候，等他走到昌平時，劉秀突然下詔書讓他先別走了，讓他改到下一年再來京城朝見，這還把盧芳給整的很懵逼。
公元41年的春天正月，趙孝公劉良去世。想當初，懷縣的大族李子春的兩個孫子殺了人，懷縣縣令趙熹就追查他們的罪行，最後兩個孫子自殺謝罪，李子春也被逮捕入獄。李子春入獄，京城中的數十位貴戚就為他求情，可是趙熹始終不答應。等劉良病重時，劉秀就去探望，問他有什麼遺願，劉良就說：“我向來與李子春交情深厚，如今他犯了罪，懷縣縣令趙熹要殺他，我希望陛下能饒他一命。”劉秀說：“官吏依法辦事，不能徇私枉法，你再說說別的願望吧。”可是劉良沒有再說什麼。等劉良去世後，劉秀很是思念他，就想起了他的遺願，最終赦免了李子春，並將趙熹升為平原太守。二月，又發生了日食。
夏天六月，臨淮懷公劉衡去世。
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就在這時，妖賊李廣攻陷了皖城，朝廷不能看著賊子作亂而袖手旁觀呀！就派虎賁中郎將馬援、驃騎將軍段誌去討伐他。到了秋天九月，馬援等人就攻破了皖城，斬殺了李廣。
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