這一年，遼西地區烏桓族的首領郝旦等人，帶著手下人歸順了漢朝。接著，劉秀就下詔書封了烏桓族八十一個人當侯、王、君長，還安排他們住在漢朝邊塞以內，把他們分散在邊境各個郡縣居住。朝廷給他們提供吃的穿的，還讓他們把其他族人也招來，同時讓他們幫忙刺探情報，跟著一起打匈奴和鮮卑。當時，司徒掾班彪向劉秀上書說：“烏桓人天生性子浮躁又狡猾，就喜歡乾搶劫的勾當。要是一直由著他們的性子胡來，又沒人管，他們肯定還會跑出來搶劫老百姓的。要是隻派負責招降的小官吏去管，那根本鎮不住他們。我覺得應該重新設立烏桓校尉這個官職，這樣既能把他們安頓好，還能減少邊疆的麻煩。”劉秀覺得班彪說得有道理，就同意了。隨後，漢朝就在上穀寧城重新設立了烏桓校尉這個官職，還在那裡建立了辦公和駐軍的地方。烏桓校尉不僅要管理烏桓族，還負責給鮮卑族發放賞賜、接收人質，以及每年組織雙方和漢朝進行貿易往來。
公元50年正月，劉秀下了道命令，準備給百官漲工資。不過這工資漲得有點不一樣，千石以上的大官，工資比西漢時候少了些；六百石以下的小官，工資比以前多了。
這一年，劉秀開始讓人給自己修建陵墓。他說：“以前的帝王，陵墓裡就拿陶俑、瓦器、木車、草紮的馬這些不值錢的東西陪葬，所以後來人都找不到他們的墓在哪裡。漢文帝明白生死是咋回事，漢景帝又孝順，後來天下亂成那樣，漢文帝的霸陵都沒被盜挖，這多好啊！我打算把陵墓就占個兩三頃地，不堆高大的封土，也不挖大水池，就弄點流水經過就行。等以後時間長了，我的陵墓看起來就跟土丘一樣。”
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隨後，劉秀就派中郎將段郴、副校尉王鬱去出使南匈奴，幫他們建立王庭，地點就在離五原西部邊塞八十裡的地方。到了宣讀詔書的時候，使者就讓南匈奴單於跪下接旨，單於猶豫了一下，才跪在地上聽旨。接完旨後，單於就通過翻譯跟使者說：“我現在剛當上單於，在手下人麵前還有點不好意思，希望使者大人以後別當著大夥的麵讓我下不來台。”劉秀又下令讓南單於搬到雲中去住，還專門設置了使匈奴中郎將這個官職，並派軍隊保護南單於。
到了夏天的時候，南單於抓來的北匈奴薁鞬左賢王，帶著手下還有南匈奴這邊五個骨都侯，總共三萬多人叛變了。他們跑到離北匈奴王庭三百多裡的地方，自立為單於。結果才一個多月，他們內部就開始火拚，五個骨都侯全死了，左賢王也自殺了，幾個骨都侯的兒子就各自帶著兵守著地盤。秋天的時候，南單於把兒子送到了漢朝，算是表示臣服。劉秀就賞賜給南單於帽子、腰帶、官印、車馬、金銀布帛、武器、日常用具等物品。還從河東調了兩萬五千斛米、三萬六千頭牛羊，給南匈奴送去。劉秀又讓中郎將帶著五十個免了刑罰的犯人，跟著單於駐紮在雲中，以幫助他們處理兩國人民的糾紛，還命令他們監視周邊國家的情況。從這以後，每年年底南單於都會派使者給朝廷送奏章，還把兒子送來當人質，漢朝就派謁者把之前的人質送回去，還會賜給單於、單於老婆、左右賢王這些人一萬匹彩色絲綢，年年如此。這樣一來，雲中、五原、朔方、北地、定襄、雁門、上穀、代這八個郡的百姓，就都能回老家了。朝廷還派謁者帶著免刑的犯人，回去修整城牆房屋，並把之前遷到內地的邊民也送回去，還給他們發錢，調撥糧食。可當時城郭都成了廢墟，一切都得從頭再來，劉秀這才後悔當初把邊民遷走的決定。
到了冬天，南匈奴那五個骨都侯的兒子，又帶著三千人跑回來歸附南單於。北單於看到這種情形，就派騎兵追了過來，最後把這些人全抓走了。南單於看到他們不把自己當人，就派兵抵抗，結果沒打贏。於是，劉秀就又下令讓南單於搬到西河美稷去居住，還讓段郴、王鬱留在西河幫忙。除此之外，劉秀還讓西河長史每年帶著兩千騎兵、五百個免刑犯人，協助中郎將保護南單於，讓他們冬天駐紮在那，夏天再撤回來，以後都這麼辦。南單於到西河後，就分封了各個部的王，讓他們幫助漢朝守著北地、朔方、五原、雲中、定襄、雁門、代郡這些地方，還讓他們各自帶著手下，幫漢朝的郡縣去放哨、偵察。這下北單於有點害怕了，就開始把以前搶走的漢朝百姓送回來示好。每次南下搶劫時，要是路過漢朝的哨所，就都會解釋說：“我們就是去追那些叛逃的人，不敢欺負漢朝的百姓。”
公元51年的四月，大司徒王況去世。
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