不準的事兒就用讖文來做決定。給事中桓譚上書勸諫說：“大家總喜歡忽視眼前的實事，卻選擇相信那些奇聞異事。看看古代帝王留下的曆史，都是以仁義正道為主，哪有這些怪力亂神的東西。連孔子他們都很少談到天道和性命這些玄之又玄的事兒，後世那些沒什麼真才實學的儒生，怎麼可能真的明白其中的意思呢？現在那些投機取巧的人，隨意篡改圖書裡的內容，還假稱是讖記，就是為了騙那些貪婪的人，還誤導聖明的陛下，您可不能相信這些啊！我聽說陛下之前識破了方士造假的煉金術，這多明智啊，可現在卻迷信讖記，這不對啊！就算讖記偶爾能說準，這就跟抽簽占卜一樣，不過是巧合罷了。陛下應該明辨是非，別聽這些小人胡說八道，應該多遵循《五經》裡的正道。”劉秀看了奏疏就很不高興。後來討論靈台建在哪的時候，劉秀就問桓譚：“我想用讖記來決定這個事，你覺得咋樣？”桓譚愣是半天沒說話，最後才說：“我從來不讀讖記。”劉秀問為啥，桓譚就又開始說讖記不符合經典之類的話。劉秀當場就火了，大聲喊道：“桓譚竟敢非議聖人，目無法紀，實在該殺！”桓譚嚇得拚命磕頭，一直磕得頭破血流，過了好一會兒，劉秀才下令饒了他一命。後來桓譚被貶為六安郡丞，結果在去上任的路上就病死了。
針對這事，範曄就說：桓譚因為不迷信讖記丟了命，鄭興因為說話小心謹慎才逃過一劫；賈逵擅長附和讖文，最後做了大官。皇帝就用這種標準來評判一個人的學問高低，真是太可悲了！
就在桓譚被貶的同時，匈奴南單於比去世了，他的弟弟左賢王莫繼位，成了丘浮尤鞮單於。劉秀就派使者帶著印璽、文書去冊封，還賞賜了他衣服和彩綢，從這以後漢朝對匈奴新單於繼位的賞賜就成了慣例。
公元57年春天正月，朝廷第一次在都城北郊修建祭壇，用來祭祀後土（土地神）。
到了二月，劉秀就在南宮前殿去世了，享年六十二歲。劉秀生前每天一大早就上朝了，一直忙到太陽偏西才結束。下朝後還經常召見公卿大臣、郎將，和他們討論儒家經典，常常聊到深夜才休息。皇太子看父親這麼拚命，就勸他說：“陛下像大禹、商湯一樣英明，卻沒像黃帝、老子那樣注重養生，希望您能多休息，保重身體。”劉秀卻說：“我做這些事感到很快樂，並不覺得累！”劉秀靠打仗打下了江山，待天下安定後，他就讓功臣們退居二線，開始重用文官。他把國家治理得井井有條，牢牢掌握大權，做事懂得審時度勢，所以能恢複漢朝往日的輝煌，讓國家呈現出一幅和諧的畫卷。
劉秀去世後，太尉趙熹負責操辦喪事。因為之前王莽篡權天下大亂時，很多舊的禮儀規矩都沒了。當時皇太子和各地王爺混在一起，各封國的官員也隨意進出皇宮，和朝廷百官沒什麼區別。趙熹就嚴肅地站在殿階上，手按寶劍，把王爺們都請下殿，明確了禮儀當中的尊卑秩序；他還上奏請求派謁者把封國官員安排到其他縣裡去，又讓王爺們都回到自己的王府，隻有朝見皇帝的時候才能進宮。趙熹重新整頓禮儀，加強宮門守衛，把皇宮內外管理得規規矩矩的。
之後，太子就登基做了皇帝，尊稱皇後為皇太後。
山陽王劉荊在劉秀的喪禮上沒有一點悲傷的樣子，他還寫了封匿名信，讓仆人冒充大鴻臚郭況，把信送給東海王劉強。信裡說劉強本來沒罪卻被廢了太子之位，還提到郭皇後被廢受辱的事，勸劉強回東方起兵奪取皇位，還說：“漢高祖劉邦從一個小小的亭長起家，當今陛下從白水起兵，大王您可是陛下的長子，以前還做過太子！做事要果斷，可別像籠子裡的羔羊那樣任人宰割。皇帝駕崩，連普通百姓都可能趁機鬨事，大王您難道不想有所作為嗎！”劉強收到信後被嚇得不輕，就馬上抓住送信的人，還把信交給了新皇帝。新皇帝明帝因為劉荊是自己的弟弟，就沒把這事公開，隻是把劉荊打發到了河南宮去居住。
到了三月，劉秀就被安葬在了原陵。
夏天四月，明帝下詔書說：“現在先帝剛去世，地方上又沒有得力的官吏，這就像要渡深潭卻沒有船一樣。治理國家責任重大，我現在年紀還小，考慮事情可能不周全，實在是需要賢能的人來輔佐我。高密侯鄧禹，是開國功臣裡功勞最大的；東平王劉蒼，為人寬厚，學問淵博，又有謀略。現在任命鄧禹為太傅，劉蒼為驃騎將軍。”劉蒼再三推辭，明帝卻不答應。明帝還下詔書，讓驃騎將軍可以設置長史、掾史等四十個屬官，地位比三公還高。劉蒼曾向朝廷推薦西曹掾、齊國人吳良，明帝說：“推薦賢才來幫助國家，這是宰相該做的事。當年蕭何推薦韓信，高祖直接設壇拜將，都沒再考試。朕現在就任命吳良為議郎。”
早些時候，燒當羌的首領滇良打敗了先零羌，並占領了他們的地盤。滇良死後，他的兒子滇吾繼位，部落是越來越強大。這年秋天，滇吾和弟弟滇岸就帶著人馬侵犯隴西地區，把隴西太守劉盱打得大敗而逃，守寨的羌族部落也跟著紛紛反叛。麵對異族的反叛，明帝就下詔書，派謁者張鴻率領各郡的軍隊前去討伐，雙方在允吾大戰了一場，結果張鴻的軍隊全軍覆沒。到了十一月，明帝又派中郎將竇固監督軍隊，捕虜將軍馬武做副將，帶著四萬人馬去征討羌族。
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