到了公元60年，朝廷的太尉趙熹和司徒李欣被罷免了官職。隨後，左馮翊郭丹被任命為司徒，南陽太守虞延當上了太尉。
就在這一年，明帝把貴人馬氏立為皇後，皇子劉炟被立為太子。馬皇後是馬援的女兒，在光武帝劉秀在位時就被選進了太子宮。她特別會來事兒，把陰皇後伺候得很好，和其他人相處也很融洽，所以一直很受寵。明帝即位後，她就被封為貴人。馬皇後自己沒有親生孩子，明帝就讓她撫養皇子劉炟，她把劉炟照顧得無微不至，劉炟也對她十分孝順。
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為了紀念那些幫著漢朝實現中興的功臣們，明帝就讓人在南宮雲台畫了二十八位將領的畫像，領頭的是鄧禹，其次是馬成、吳漢、王梁、賈複、陳俊、耿弇、杜茂、寇恂、傅俊、岑彭、堅鐔、馮異、王霸、朱祜、任光、祭遵、李忠、景丹、萬修、蓋延、邳肜、銚期、劉植、耿純、臧宮、馬武、劉隆，後來又加畫了王常、李通、竇融和卓茂，這樣算下來一共是三十二個人。不過，馬援因為是皇後的親戚，所以就沒被畫進去。
明帝還把皇子劉建封為千乘王，劉羨封為廣平王。
六月的時候，天空中出了異常，在天船星北麵出現了彗星。
當時的明帝正打算大張旗鼓地修建北宮。可偏偏趕上了大旱天氣，尚書仆射、會稽人鐘離意就跑到宮門口，把官帽一摘，就給明帝上書提意見：“以前商湯王遇到大旱災的時候，就用！”明帝看完詔書，就回複說：“商湯把錯都往自己身上攬，你鐘離意不用謝罪，把帽子鞋子穿戴好！”緊接著，明帝就下令負責工程的官員，把所有宮殿的修建工作都停了，還削減了那些不是急需的開支。他甚至還專門下詔書，向滿朝的文武大臣道歉。說來也巧，沒過多久，老天爺就降下了及時雨。後來，鐘離意向明帝推薦了全椒縣的縣令劉平，明帝就把劉平召進京城，封他做了議郎。劉平在全椒當縣令的時候，特別愛護百姓，當地的老百姓也很擁護他，有人就主動多交賦稅，還有上了年紀的人，寧願把自己年齡報小，也要去服勞役。刺史和太守到全椒巡查時，發現監獄裡一個犯人都沒有，老百姓日子過得很安穩，官員們都沒啥可查問的，隻能宣讀完詔書就走人了。
不過，漢明帝這個人性格有點小心眼，還總愛喜歡派人暗中監視大臣，覺得這樣能顯示自己的英明神武。他動不動就斥責公卿大臣，就連在身邊辦事的尚書等官員，犯錯了還會被他拉扯打罵。有一回，明帝因為一件事對郎官藥崧發火，抄起手杖就要打他。藥崧嚇得趕緊躲到床底下，明帝一看就更火了，大喊到：“快給我出來！”藥崧躲在床底下回嘴：“天子得有天子的威嚴，諸侯也得有諸侯的莊重，哪有皇帝動手打郎官的道理！”明帝一聽，這才饒了他。
那時候，朝廷裡的大臣每天都過得提心吊膽的，為了不被皇上責罰，他們就對下麵人管理得特別嚴苛。隻有鐘離意膽子大的很，敢跟明帝當麵提意見，明帝好幾次把覺得不合適的詔書直接退了回去。要是有大臣犯了錯，他還會幫著說情開脫。後來，天上接連出現異常現象，鐘離意又上書勸諫：“陛下一直敬奉鬼神，也挺關心老百姓的生活，可天氣還是不正常，這是因為大臣們沒把工作做好，反而把嚴苛的作風當成習慣。現在百官之間關係緊張，官和民之間的關係也不和睦，這就把天地間的和諧之氣都破壞了，所以才招來了天災。管理老百姓得用仁德去感化，靠武力根本不行。《鹿鳴》這首詩裡寫大家聚在一起喝酒歡樂，就是說人和神心意相通了，天氣才能風調雨順。陛下還是多施恩德，少用刑罰，順應天時讓陰陽平衡吧。”雖然明帝沒完全聽進去他的建議，但知道他是真心為朝廷好，所以也一直很看重他。
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