武官員，一概不予追究，希望你們不要有猜忌疑慮，以免自取滅亡。王敦的將士，跟隨王敦多年，遠離家室，朕非常憐憫他們。那些獨生子在軍中的，都遣送回家，終身不再征召；其餘的人都給予三年假期，假期結束後返回朝廷，將和宿衛一樣實行三番輪休製度。”
王敦見到詔書，十分憤怒，但病情卻更加嚴重了，不能親自領兵；他準備起兵攻打京師，就讓記室郭璞占卜，郭璞說：“不會成功。”王敦向來懷疑郭璞幫助溫嶠、庾亮，等到聽說占卜結果不吉利，就問郭璞說：“你再算算我的壽命有多長？”郭璞說：“根據剛才的卦象，您如果起兵，災禍不久就會降臨。如果留在武昌，壽命就難以估量了。”王敦大怒說：“你的壽命有多長？”郭璞說：“我的命儘在今天中午。”王敦於是逮捕了郭璞，並把他殺了。
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隨後，王敦派錢鳳及冠軍將軍鄧嶽、前將軍周撫等率領部眾向京師進軍。王含對王敦說：“這是我們自家的事，我應當親自前去。”於是任命王含為元帥。錢鳳等人問王敦：“事情成功的時候，對天子該怎麼處置？”王敦說：“他還沒有舉行南郊祭天儀式，怎麼能稱天子！隻管用儘你們的兵力，保護東海王和裴妃就行了。”於是王敦上疏，以誅殺奸臣溫嶠等為名起兵。秋季，七月，壬申朔日，王含等人率領五萬水陸大軍突然到達江寧南岸，人心惶恐不安。溫嶠轉移到北岸駐紮，燒毀朱雀桁來挫敗敵軍的銳氣，王含等人無法渡江。元帝想親自領兵攻打他們，聽說橋已被燒毀，大怒。溫嶠說：“現在宿衛兵力薄弱，征召的軍隊還沒到，如果賊軍像野豬一樣奔突進來，危及國家，祖宗宗廟恐怕都難以保全，何必吝惜一座橋呢！”
司徒王導給王含寫信說：“近來聽說大將軍病重，有人說已經去世了。不久得知錢鳳戒備森嚴，想要肆意作亂；我認為兄長應當抑製那些不法之徒，返回武昌藩地，現在你卻和那些犬羊之輩一起前來。兄長的這種舉動，難道能像大將軍往年那樣成功嗎？往年奸臣擾亂朝廷，人心不安，像我這樣的人，心裡也想向外尋求援助。現在卻不是這樣。大將軍屯駐於湖，漸漸失去人心，君子感到恐懼，百姓疲憊不堪。臨終的時候，把重任托付給安期（王應）；安期斷奶才幾天？又有什麼聲望，就能承襲宰相的職位呢？自從開天辟地以來，有過讓小孩子擔任宰相的嗎？凡是有耳朵的人，都知道將要進行禪讓取代，這不是臣子該做的事。先帝中興大業，留下的恩德在百姓心中；聖主聰明睿智，恩德遍及朝野。兄長卻想妄生叛逆之心，凡是做臣子的，誰不憤慨歎息！我王導一家大小深受國家厚恩，今天的事情，我將明目張膽地率領六軍，寧願做忠臣而死，也不做無賴苟活！”但王含沒有回信。
有人認為“王含、錢鳳兵力是我們的百倍，苑城狹小不堅固，應該趁他們軍勢未成，皇上親自出兵迎戰”。郗鑒說：“叛賊放縱不羈，勢頭不可阻擋，可以用計謀製服，難以憑武力對抗。況且王含等人號令不一，搶劫不斷，官吏百姓鑒於往年的暴虐掠奪，都會各自堅守。憑借順逆的形勢，何必擔心不能取勝！而且賊軍沒有長遠的謀劃，隻靠突然衝擊一戰；時間長了，必定會激發義士的鬥誌，讓有智有勇的人得以施展。現在用這樣弱小的兵力對抗強大的賊寇，在一個早上決定勝負，在一瞬間決定成敗。萬一失敗，即使有像申包胥那樣的人，仗義起兵，對已經發生的事又有什麼補救呢！”元帝於是停止了親征的想法。
明帝率領各路軍隊出城屯駐在南皇堂。癸酉夜，招募壯士，派遣將軍段秀、中軍司馬曹渾等率領一千名披甲士兵渡過秦淮河，趁敵軍沒有防備進行突襲。黎明時分，雙方在越城交戰，大敗敵軍，斬殺了他們的前鋒將領何康。段秀是段匹磾的弟弟。
王敦聽說王含戰敗，大怒說：“我的兄長，是個老婢！家族要衰敗了。大勢已去了！”回頭對參軍呂寶說：“我要親自出征。”於是掙紮著起身，但因身體困乏，又躺下了，就對他的舅舅少府羊鑒和王應說：“我死了，王應就即位，先設立朝廷百官，然後再辦理安葬事宜。”王敦不久就去世了，王應隱瞞喪事不公布，用席子裹住屍體，外麵塗上蠟，埋在廳堂裡，隨後和諸葛瑤等人日夜飲酒作樂。
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