，王公大概已經死了吧！”立刻去見他的哥哥周撫說：“王公已經死了，哥哥為什麼還要和錢鳳一起做亂賊！”眾人聽後都很驚愕。
丙申日，王含等人燒毀營帳連夜逃跑。丁酉日，明帝返回宮中，大赦天下，隻有王敦的黨羽不被赦免。隨後命令庾亮督察蘇峻等人到吳興追擊沈充，溫嶠督察劉遐等人到江寧追擊王含、錢鳳，分別命令眾將追擊他們的黨羽。劉遐的士兵多有擄掠行為，溫嶠責備他說：“天道幫助順應天意的人，所以王含被剿滅，你怎麼能趁亂作亂呢！”劉遐惶恐地道歉。
王含想逃奔荊州，王應說：“不如去江州。”王含說：“大將軍平時和江州刺史的關係怎麼樣，卻想要去投奔他？”王應說：“這正是應該去的原因。江州刺史在別人強盛的時候，能堅持不同的意見，這不是常人能比得上的，現在看到我們處境困厄，必定會有憐憫之心。荊州刺史遵守條文，怎麼會做出意料之外的事呢！”可王含不聽，於是逃奔荊州。王舒派兵迎接他們，把王含父子沉入江中。王彬聽說王應要來，就秘密準備船隻等候；但王應沒來，王彬深感遺憾。錢鳳逃到闔廬洲，周光殺了他，隨後帶著錢鳳的人頭到朝廷贖罪。沈充逃跑時迷了路，誤進了過去的部將吳儒家裡。吳儒引誘沈充進入夾牆中，趁機笑著對沈充說：“我要得到三千戶侯的爵位了！”沈充說：“你如果講道義保全我，我家必定會重重報答你。如果為了利益殺我，我死了，你也會被滅族。”吳儒最終殺了沈充，把他的首級送到建康。至此，王敦的黨羽全部被平定。沈充的兒子沈勁應當被處死，同鄉人錢舉把他藏了起來，這才得以幸免；後來沈勁最終滅了吳氏家族。
隨後，有關部門挖開王敦的墳墓，挖出屍體，燒毀他的衣帽，讓屍體跪著斬首。又把他的首級和沈充的首級一起懸掛在南桁。郗鑒對明帝說：“前朝誅殺楊駿等人，都是先施加官府的刑罰，然後聽憑私人安葬。我認為王法施加於上，私人道義實行於下，應該聽憑王敦的家人收葬，從道義上來說更為弘大。”明帝同意了。司徒王導等人都因討伐王敦的功勞受到封賞。
周撫和鄧嶽一起逃亡，周光想資助他的哥哥而抓住鄧嶽。周撫發怒說：“我和鄧嶽一起逃亡，為什麼不先殺我！”恰逢鄧嶽到來，周撫出門遠遠地對他說：“為什麼不趕快離開！現在親骨肉尚且想互相危害，何況是別人呢！”鄧嶽掉轉船頭逃跑，和周撫一起進入西陽蠻人中。第二年，詔令赦免王敦的黨羽，周撫、鄧嶽出來自首，得以免死但被禁錮。
前吳內史張茂的妻子陸氏，拿出全部家產，率領張茂的部曲作為先鋒討伐沈充，為她的丈夫報仇。沈充失敗後，陸氏到朝廷上書，為張茂未能打敗沈充而謝罪；詔令追贈張茂為太仆。
有關部門上奏說：“王彬等人是王敦的親族，都應當被除去名籍。”詔令說：“司徒王導以大義滅親，尚且要寬恕他百代子孫，何況王彬等人都是王導的近親呢！”全部不加追究。
詔令說：“王敦的主要屬官除去名籍，僚屬被禁錮。”溫嶠上疏說：“王敦剛愎自用、沒有仁愛之心，忍心施行殺戮，朝廷不能控製他，骨肉親人不能勸諫他；在他朝中任職的人，常常害怕危亡，所以人們閉口不言，在路上相遇隻用眼神示意，實在是賢人君子走投無路、順應時勢隱藏自己的時候。推究他們的私心，哪裡有空閒安享太平呢！像陸玩、劉胤、郭璞這類人常和我說起，我全都知道。如果他們確實幫助引導王敦做凶惡悖逆的事，自然應當用典刑懲處；如果是被冤枉陷入奸黨之中，我認為應該施加寬恕。我因為陸玩等人的忠誠，讓聖上知道了，應當受到和叛賊相同的責罰；如果沉默不言，實在是辜負了他們的心意，希望陛下仁慈聖明地裁決！”郗鑒認為先王確立君臣的教化，可貴之處在於堅守節操為義而死。王敦的僚屬，雖然多被逼迫，但進不能阻止他的叛逆陰謀，退不能脫身遠遠逃走，按照前代的教訓，應該加以道義上的責罰。明帝最終聽從了溫嶠的建議。
冬季，十月，任命司徒王導為太保，仍兼任司徒，賜予特殊的禮遇；西陽王司馬羕兼任太尉；應詹為江州刺史；劉遐為徐州刺史，代替王邃鎮守淮陰；蘇峻為曆陽內史；加授庾亮為護軍將軍，溫嶠為前將軍。王導堅決推辭，不接受任命。應詹到江州後，官吏百姓還未安定，他就加以安撫關懷，眾人沒有不心悅誠服的。
十二月，涼州將領辛晏占據枹罕，拒不服從命令，張駿準備討伐他。從事劉慶勸諫說：“稱霸天下的軍隊，必須要天時、人事相契合，然後才能行動。辛晏凶惡狂妄、殘忍無情，他的滅亡是必然的；但為什麼要在饑荒之年大舉出兵，在嚴寒之時攻打城池呢！”張駿於是停止了行動。張駿派遣參軍王騭到前趙聘問，前趙主劉曜對他說：“你們州真誠地與我們和好，你能保證做到嗎？”王騭說：“不能。”侍中徐邈說：“你前來締結友好關係，卻說出不能保證的話，為什麼呢？”王騭說：“齊桓公在貫澤會盟時，心懷戒懼，諸侯不請自來；到葵丘會盟時，自滿自大，結果有九個諸侯背叛。趙國的教化，如果能一直像今天這樣，自然可以保證和好；如果政治教化衰敗，連身邊的變化都不能察覺，又何況我們偏遠的涼州呢！”劉曜說：“這是涼州的君子啊，選擇使者可以說是選對人了！”於是以厚禮相待，送他回去。
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