秘逼迫新蔡王司馬晃到西堂叩頭自述，聲稱自己與司馬曦以及司馬曦的兒子司馬綜、著作郎殷涓、太宰長史庾倩、掾曹秀、舍人劉強、散騎常侍庾柔等人謀反；皇帝麵對這種情況淚流滿麵，桓溫把這些人全都逮捕，交給廷尉審理。庾倩、庾柔，都是庾蘊的弟弟。癸醜日，桓溫殺死東海王司馬奕的三個兒子以及他們的母親。甲寅日，禦史中丞譙王司馬恬秉承桓溫的旨意，請求按照法律誅殺武陵王司馬曦。皇帝下詔說：“這件事讓人悲痛惋惜、惶恐不安，我不忍心聽到，更何況談論呢！還是重新詳細商議吧！”司馬恬，是司馬承的孫子。乙卯日，桓溫再次上奏章堅決請求誅殺司馬曦，言辭非常嚴厲懇切。皇帝於是親手寫詔書給桓溫說：“如果晉朝的國運長久，明公就應當遵照之前的詔令行事；如果晉朝的國運已經衰竭，請允許我為賢能的人讓路。”桓溫看了詔書，嚇得流汗，臉色大變，於是奏請廢黜司馬曦和他的三個兒子，把他們的家屬都遷徙到新安郡。丙辰日，把新蔡王司馬晃貶為平民，遷徙到衡陽；殷涓、庾倩、曹秀、劉強、庾柔都被滅族，庾蘊服毒自殺。庾蘊的哥哥東陽太守庾友的兒媳，是桓豁的女兒，所以桓溫特別赦免了她。庾希聽到災禍的消息，和弟弟會稽王參軍庾邈以及兒子庾攸之逃到海陵的沼澤地帶。桓溫誅殺殷氏、庾氏家族後，威勢顯赫，侍中謝安見到桓溫時，在遠處就叩拜。桓溫驚訝地說：“安石，你為什麼要這樣做？”謝安說：“沒有君主在前麵叩拜，臣子在後麵作揖的道理。”
戊午日，東晉實行大赦，文武官員的職位都提升二等。
己未日，桓溫前往白石，上書請求返回姑孰。庚申日，皇帝下詔晉升桓溫為丞相，大司馬的職位依舊保留，讓他留在京城輔佐朝政；桓溫堅決推辭，仍然請求返回鎮守之地。辛酉日，桓溫從白石返回姑孰。
這時，前秦王苻堅聽說桓溫廢黜君主的事情，就對大臣們說：“桓溫之前在灞上戰敗，後來又在枋頭戰敗，不但不能反思過錯、自我貶責來向百姓謝罪，反而廢黜君主來為自己開脫，一個。”
前秦車騎大將軍王猛，因為都督六州的責任重大，向前秦王苻堅進言，請求改派親近賢能的人擔任這一職務；至於都督府中選拔官員的事務，他也已經停止辦理，另外請求讓自己擔任一個州的刺史來為國家效力。苻堅回複說：“朕和你，從道義上講是君臣，從感情上講勝過骨肉，即使是齊桓公、燕昭王擁有管仲、樂毅，劉備擁有諸葛亮，朕自認為超過他們。君主在尋求賢才時辛勞，得到賢才後就可以安逸。朕既然把六州委托給你，就沒有了向東邊的顧慮，這不是對你的優待尊崇，而是朕自己尋求安逸啊。奪取天下不容易，守住天下也困難，如果任用的人不合適，禍患就會超出預料，這不僅是朕的憂慮，也是你的責任，所以朕才讓朝廷中樞的職位空缺，而把鎮守一方的重任放在首位。你沒有理解朕的心意，實在辜負了朕平時對你的期望。新的政令等待人才去推行，應當儘快選拔補充官員；等東方的教化融洽和睦之後，你再穿著袞衣回到朝廷任職。”接著派遣侍中梁讜到鄴城傳達聖旨，王猛於是像以前一樣處理事務。
十二月，大司馬桓溫上奏說：“被廢黜流放的人，應當把他們安置在偏遠之地，不能讓他們接近百姓。東海王（司馬奕）應當依照昌邑王（劉賀，西漢被廢君主）的舊例，在吳郡修建宅第居住。”褚太後下詔說：“把他貶為平民，感情上實在不忍心，可以特別封他為王。”桓溫又上奏說：“可以封他為海西縣侯。”庚寅日，朝廷封司馬奕為海西縣公。
此時，桓溫的威勢震懾朝廷內外，晉簡文帝（司馬昱）雖然身處皇帝之位，卻隻能拱手沉默而已，還時常擔心被廢黜。在此之前，火星停留在太微垣的端門位置，過了一個月，海西公（司馬奕）就被廢黜。辛卯日，火星逆向運行進入太微垣，簡文帝對此非常厭惡。中書侍郎郗超當時在宮中當值，簡文帝對郗超說：“生命的長短，我本來就不放在心上，隻是還會再有最近發生的那種事（指廢立）嗎？”郗超說：“大司馬桓溫，正在對內穩固國家社稷，對外拓展疆域謀劃，像廢立那樣的非同尋常之事，我用全家百口人的性命擔保不會再發生。”後來郗超請假回家探望父親（郗愔），簡文帝對他說：“請代我向你父親致意，國家和家族的事情，竟然到了這個地步，是因為我不能用道義匡扶護衛皇室，內心的愧疚和歎息難以言說！”接著吟誦庾闡的詩：“誌士痛朝危，忠臣哀主辱（有誌之士為朝廷危難而痛心，忠誠之臣為君主受辱而哀傷）。”說完淚水沾濕了衣襟。簡文帝風度儀表優美，舉止得體，注重典籍研讀，即使書案上滿是灰塵，也依然沉浸在讀書中。他雖然神情恬淡舒暢，卻沒有挽救時局的遠大謀略，謝安認為他屬於晉惠帝（司馬衷，西晉昏庸君主）一類的人，隻是在清談（魏晉時期文人的玄談風尚）方麵比晉惠帝稍好一些。
郗超因為是桓溫的親信，朝中官員都畏懼他，不敢得罪。謝安曾經和左衛將軍王坦之一起去拜訪郗超，一直等到天色已晚還沒能見到他，王坦之想離開，謝安說：“難道就不能為了保全性命，再忍耐片刻嗎？”
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