太守楊秋駐守橫江，楊秋向桓玄軍隊投降。司馬尚之的部眾潰散，他逃到塗中，被桓玄抓獲。司馬休之出城迎戰失敗，棄城逃走。
劉牢之一向厭惡驃騎大將軍司馬元顯，擔心桓玄被消滅後，司馬元顯會更加驕橫，又怕自己功勞名望越來越大，不被司馬元顯容忍；況且他自恃勇武，擁有強兵，想借桓玄的力量除掉執政者，再等待桓玄的破綻奪取權力，所以不肯討伐桓玄。司馬元顯日夜沉迷飲酒，任命劉牢之為前鋒。劉牢之多次上門求見，都見不到他，直到安帝出城為司馬元顯餞行時，才在公眾場合與他相見。
劉牢之駐軍溧洲，參軍劉裕請求攻打桓玄，劉牢之不同意。桓玄派劉牢之的族舅何穆勸說他：“自古以來，手握震懾君主的威勢、身負難以封賞的功勞卻能保全自身的人，有誰呢？越國的文種、秦國的白起、漢朝的韓信，都侍奉明君、為他們儘力，功成之日仍不免被誅殺，何況是為凶狠愚蠢的人效力呢！您如今戰勝桓玄會滿門抄斬，戰敗也會全族覆滅，想靠這種處境求得安全，可能嗎？不如徹底改變主意，這樣就能長久保全富貴了。古人中，管仲曾射中齊桓公的衣帶鉤、寺人披曾斬斷晉文公的衣袖，後來仍能成為輔佐大臣，何況桓玄與您沒有舊怨呢！”當時譙王司馬尚之已戰敗，人心更加恐懼，劉牢之采納了何穆的不少建議，與桓玄暗中往來。東海中尉東海人何無忌是劉牢之的外甥，與劉裕極力勸諫，劉牢之不聽。他的兒子驃騎從事中郎劉敬宣勸諫說：“如今國家衰敗危急，天下的重任在您和桓玄手中。桓玄憑借父親、叔父的基業，占據整個楚地，割據晉國三分之二的領土，一旦放縱他侵犯朝廷，桓玄威望確立後，恐怕難以對付，董卓之亂的局麵，就要在今天重現了。”劉牢之發怒說：“我難道不知道這些！如今消滅桓玄易如反掌；但平定桓玄後，讓我怎麼對付驃騎大將軍（司馬元顯）呢！”三月乙巳朔（初一），劉牢之派劉敬宣到桓玄那裡請求投降。桓玄暗中想誅殺劉牢之，卻與劉敬宣設宴飲酒，展示名家書畫共同觀賞，來安撫取悅他；劉敬宣沒有察覺，桓玄的下屬官員們都相視以目，暗含嘲諷。桓玄任命劉敬宣為谘議參軍。
司馬元顯正要出發，聽說桓玄已到新亭，便棄船退駐國子學。辛未日，他在宣陽門外列陣。軍中突然騷動，傳言桓玄已到南桁（朱雀航），司馬元顯率軍想退回宮中。桓玄派人拔刀跟在後麵大喊：“放下武器！”士兵們全部潰散，司馬元顯騎馬逃入東府，隻有張法順一人騎馬跟隨。司馬元顯向司馬道子詢問計策，司馬道子隻能對著他哭泣。桓玄派太傅從事中郎毛泰抓獲司馬元顯，押送到新亭，把他綁在戰船前數落罪名。司馬元顯說：“我是被王誕、張法順耽誤了啊。”
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壬申日，朝廷恢複隆安年號，安帝派侍中到安樂渚慰勞桓玄。桓玄進入京師後，假傳詔書解除戒嚴，任命自己為總百揆、都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事、揚州牧，兼任徐、荊、江三州刺史，加授假黃鉞。桓玄任命桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左仆射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞範之為丹陽尹。
起初，桓玄起兵時，侍中王謐奉朝廷詔令去見桓玄，桓玄對他以禮相待。等到桓玄輔佐朝政，便任命王謐為中書令。王謐是王導的孫子。新安太守殷仲文是殷覬的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文聽說桓玄攻克京師，便放棄郡城投奔桓玄，桓玄任命他為谘議參軍。劉邁去見桓玄，桓玄說：“你不怕死，還敢來見我？”劉邁說：“管仲射中齊桓公衣帶鉤、寺人披斬斷晉文公衣袖，再加上我，就是三件寬容賢才的事了。”桓玄高興，任命他為參軍。
癸酉日，有關部門上奏稱會稽王司馬道子沉迷飲酒、放縱無度且不孝順，應當處以棄市之刑，安帝下詔將他遷徙到安成郡；在建康街市斬殺司馬元顯及東海王司馬彥璋、譙王司馬尚之、庾楷、張法順、毛泰等人。桓修為王誕極力求情，王誕得以被流放到嶺南。
桓玄任命劉牢之為會稽內史。劉牢之說：“剛投降就要剝奪我的兵權，災禍要來了！”劉敬宣請求回去勸說劉牢之，讓他接受任命，桓玄派他前往。劉敬宣勸說劉牢之襲擊桓玄，劉牢之猶豫不決，移駐班瀆，私下對劉裕說：“如今我要向北到廣陵投靠高雅之，起兵匡扶社稷，你能跟我一起去嗎？”劉裕說：“將軍率領幾萬精銳士兵，卻望風投降，桓玄剛得勢，威震天下，朝野上下人心都已歸附他，廣陵怎麼能到達呢！我會脫下軍服返回京口。”何無忌對劉裕說：“我該去哪裡？”劉裕說：“我看鎮北將軍（劉牢之）必定難逃災禍，你可以跟我回京口。桓玄如果恪守臣子本分，我們就侍奉他；如果不是，我們就想辦法對付他。”
於是劉牢之召集所有僚屬，商議占據長江以北討伐桓玄。參軍劉襲說：“最不可做的事就是謀反。將軍往年背叛王兗州（王恭），近日背叛司馬郎君（司馬元顯），如今又要背叛桓公（桓玄）；一個人三次謀反，怎麼能立足！”說完起身離去，下屬官吏大多四散逃走。劉牢之恐懼，派劉敬宣到京口接家人；劉敬宣超過約定時間還沒回來，劉牢之以為事情泄露，可能已被桓玄殺害，便率領部眾向北逃跑，到新洲時，自縊而死。劉敬宣趕到後，來不及哭泣，便立即渡過長江逃往廣陵。將領官吏一起收殮劉牢之的屍體，把靈柩送回丹徒。桓玄下令劈開棺材、砍下首級，將屍體暴露在街市上。
。亨大為號年改，下天赦大廷朝，後隨
。宰太為文德馬司王邪琅命任；政朝領總仍，史刺州豫任兼，牧州揚、事軍諸外中督都、尉太為他授改廷朝，職之史刺州三徐、江、荊及相丞讓辭玄桓
。帶一城彭在駐屯回返又，人千幾得招，兵士募招東關在們他讓，證憑節符們他給興姚王秦後。援救求請質人做秦後到弟子派自各，陽洛往逃都之雅高、宣敬劉、之休馬司
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