高雅之，也將其殺死。劉敬宣、司馬休之逃到淮河、泗水之間，聽說桓玄戰敗，就前來歸附東晉，劉裕任命劉敬宣為晉陵太守。
南燕君主慕容備德聽說桓玄戰敗，便命令北地王慕容鐘等人領兵準備奪取江南地區，恰逢慕容備德生病，此事才停止。
夏季四月己醜日，武陵王司馬遵進入東宮居住，朝廷內外都對他恭敬有加；任免百官的文書稱為“製書”，發布的指令稱為“令書”。任命司馬休之為監荊、益、梁、寧、秦、雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅日，桓玄挾持晉安帝到達江陵，桓石康接納了他們。桓玄重新任命百官，任命卞範之為尚書仆射。他自認為戰敗逃跑後，擔心政令無法推行，於是更加嚴苛地製定刑罰，眾人更加離散怨恨。殷仲文勸諫，桓玄發怒說：“現在因為眾將不遵守軍紀，天象也不吉利，所以才回到舊楚之地（江陵）；而這些小人紛紛胡亂提出異議！正該用嚴厲的手段糾正，不能施行寬縱的政策。”荊州、江州各郡聽說桓玄流亡，有人上奏表慰問他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地祝賀他遷都江陵。
起初，王謐是輔佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禪讓時，王謐親手解下晉安帝的璽綬；等到桓玄戰敗，眾人認為王謐應當被處死，劉裕卻特意保全了他。劉毅曾在朝會時，問王謐皇帝的璽綬在哪裡。王謐內心不安，逃到曲阿。劉裕寫信給武陵王司馬遵，請求迎接王謐回來恢複職位。
桓玄的侄子桓歆帶領氐族首領楊秋侵犯曆陽，魏詠之率領諸葛長民、劉敬宣、劉鐘一起打敗他們，在練固斬殺楊秋。
桓玄派武衛將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭率領幾千人到何澹之等人那裡，共同駐守湓口。何無忌、劉道規到達桑落洲，庚戌日，何澹之等人率領水軍迎戰。何澹之平時乘坐的戰船裝飾著羽毛儀仗和旗幟，十分顯眼，何無忌說：“賊寇首領肯定不在這艘船上，是想欺騙我們，應該儘快攻打它。”眾人說：“何澹之不在裡麵，攻下它也沒用。”何無忌說：“現在我們寡不敵眾，作戰不可能全勝，何澹之既然不在這艘船上，船上的士兵必定薄弱，我們用精銳兵力攻打，一定能攻下；攻下它，賊寇的氣勢就會受挫，我們的士氣就會倍增，趁機逼近他們，一定能打敗賊寇。”劉道規說：“好！”於是進軍攻打並占領了那艘船，隨即大聲呼喊：“已經抓住何澹之了！”何澹之的軍隊頓時就陷入了混亂。何無忌的部下也信以為真，乘勝進攻何澹之等人，最終大敗敵軍。
何無忌等人攻克湓口，進軍占據尋陽，派遣使者護送宗廟神主返回京城。朝廷加授劉裕都督江州諸軍事。
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桑落洲之戰中，胡籓乘坐的戰船被官軍燒毀，胡籓穿著全套鎧甲跳入水中，潛水三十多步，才得以登岸。當時去江陵的路已經斷絕，他就返回豫章。劉裕一向聽說胡籓為人忠誠正直，便征召他擔任參領軍軍事。
這時，桓玄收攏荊州的兵力，不到三十天，就聚集了兩萬人，戰船、武器裝備十分充足。甲寅日，桓玄再次率領各路軍隊挾持晉安帝向東進軍，任命苻宏為梁州刺史，擔任前鋒；又派散騎常侍徐放先行出發，勸說劉裕等人：“如果能撤軍解甲，我會與你們重新開始，各自授予官職，保證你們不失名分。”
劉裕任命諸葛長民為都督淮北諸軍事，鎮守山陽；任命劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗鬱久閭社侖的堂弟鬱久閭悅代大那謀劃殺死社侖，沒有成功，逃奔北魏。
後燕君主慕容熙在龍騰苑修建逍遙宮，房屋連在一起有幾百間，還開鑿了曲光海。當時正值盛夏，士兵得不到休息，中暑而死的人超過一半。
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