什麼人，敢殺天子！”馮遷說：“我殺的是弑君叛國的賊寇！”於是斬殺桓玄，又殺死桓石康、桓浚、庾賾之，活捉桓昇押送到江陵，在街市上斬首。晉安帝在江陵恢複帝位，任命毛修之為驍騎將軍。甲申日，朝廷宣布大赦，所有因畏懼逼迫而跟隨叛逆的人，一律不予追究。戊寅日，將晉朝祖先神主送入太廟。劉毅等人傳送桓玄的首級，懸掛在朱雀航上示眾。
劉毅等人戰勝後，認為大事已定，沒有緊急追擊桓玄殘部，又遇到大風，船隻無法前進，桓玄死後將近十天，各路軍隊還沒到達江陵。當時桓謙藏匿在沮中，揚武將軍桓振藏匿在華容浦，桓玄過去的部將王稚徽駐守巴陵，派人告訴桓振說“桓歆已經攻克京城，馮稚又攻克尋陽，劉毅等各路軍隊都已中途敗退”。桓振大喜，聚集二百名黨羽，襲擊江陵，桓謙也聚集部眾響應。閏五月己醜日，他們再次攻陷江陵，殺死王康產、王騰之。
桓振在行宮拜見晉安帝，騎馬提戈，徑直走到台階下，問桓昇在哪裡。得知桓昇已死，他怒目瞪著晉安帝說：“我桓氏家族哪裡對不起國家，竟被如此屠滅！”琅邪王司馬德文走下坐床說：“這哪裡是我們兄弟的本意啊！”桓振想殺晉安帝，桓謙苦苦勸阻，桓振才下馬，收斂怒容，行禮後退出。壬辰日，桓振為桓玄舉辦喪事，設立靈堂，追諡桓玄為武悼皇帝。
癸巳日，桓謙等人率領群臣向晉安帝進獻璽綬，說：“陛下（指桓玄）效仿堯禪讓給舜，如今楚朝國運不長，百姓之心又回歸晉朝了。”任命琅邪王司馬德文兼任徐州刺史，桓振為都督八州諸軍事、荊州刺史，桓謙恢複侍中、衛將軍之職，加授江、豫二州刺史，晉安帝身邊的侍從，都是桓振的親信。
桓振年輕時品行不端，桓玄不把他當作子侄看待。到這時，桓振感歎說：“桓公過去不早點任用我，才導致這樣的失敗。如果桓公還在，我擔任前鋒，平定天下不在話下。如今我獨自做這些事，能回到哪裡去呢？”於是放縱飲酒，沉迷美色，肆意殺人。桓謙勸說桓振領兵東下決戰，自己駐守江陵，桓振一向輕視桓謙，不聽他的建議。
劉毅到達巴陵，誅殺王稚徽。何無忌、劉道規分別在馬頭進攻桓謙，在龍泉進攻桓蔚，都打敗了對方。桓蔚是桓秘的兒子。
何無忌想乘勝直接進軍江陵，劉道規說：“兵法講究進退有度，不能冒進。桓氏家族世代居住在西楚，部下都會為他們儘力；桓振勇猛冠絕三軍，難以與他正麵抗衡。我們暫且停戰休整，養精蓄銳，再用計策牽製他，不愁不能攻克。”何無忌不聽。桓振在靈溪迎戰，馮該領兵與他會合，何無忌等人大敗，戰死一千多人，退回尋陽，與劉毅等人上書請罪。劉裕因劉毅負責統領各路軍隊，免去他的青州刺史職務。桓振任命桓蔚為雍州刺史，鎮守襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聽說桓玄已死，從白帝進軍，到達枝江時，得知何無忌等人在靈溪戰敗，也領兵撤退。不久，羅述、甄季之都生病去世，柳約之到桓振那裡假裝投降，想謀劃襲擊桓振，事情泄露，被桓振殺死。柳約之的司馬時延祖、涪陵太守文處茂收攏殘餘部眾，駐守涪陵。
六月，毛璩派遣將領攻打漢中，斬殺桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇後何氏去世。
後燕苻昭儀生病，龍城人王榮自稱能治好她。苻昭儀去世後，慕容熙把王榮綁在公車門，將他肢解後焚燒。
八月癸酉日，朝廷將穆章皇後安葬在永平陵。
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北魏設置六謁官，仿照古代的六卿官職。
九月，刁騁謀反，被處死，刁氏家族就此覆滅。刁氏一向富裕，家奴門客橫行霸道，獨占山林湖澤，是京口的禍患。劉裕分散刁氏的財產積蓄，讓百姓根據自己的力氣去拿，一整天都沒拿完。當時各州郡遭遇饑荒，百姓依靠這些財物得以渡過難關。
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德能才有薦推，疏親族宗別辨責負，官師立設別分也郡州各，師小、師大立設）國八（落部個八，師宗立設室宗令命，宮西往前珪跋拓，月一十。宮西建修，賜天為號年改，赦大布宣魏北，日巳辛
