呂忠肅僅孤身逃脫。陳朝信州刺史顧覺駐守安蜀城，棄城而逃。陳慧紀駐守公安，燒毀全部儲備物資，率領軍隊東下，從此巴陵以東再無堅守的城池。陳慧紀率領三萬將士、一千餘艘樓船，沿長江東下，想要入援建康，卻被秦王楊俊阻攔，無法前進。此時，陳朝晉熙王陳叔文被罷免湘州刺史之職，返回建康途中到達巴州，陳慧紀推舉他為盟主。但陳叔文已經率領巴州刺史畢寶等人送信給楊俊請求投降，楊俊派遣使者迎接慰問。恰逢建康平定，晉王楊廣命令陳叔寶親筆寫信招降上遊各位將領，派樊毅前往周羅睺軍中，派陳慧紀的兒子陳正業到陳慧紀軍中傳達旨意。當時各城守軍都已放下武器，周羅睺於是與各位將領大規模哭吊三天，遣散士兵，然後前往楊俊軍中投降，陳慧紀也隨之投降，長江上遊全部平定。楊素率軍抵達漢口，與楊俊會師。王世積在蘄口，聽說陳朝已經滅亡，便寫信曉諭江南各郡，於是江州司馬黃偲棄城逃走，豫章等郡的太守都前往王世積軍中投降。
癸巳日，隋文帝下詔派遣使者巡視安撫陳朝各州郡。二月乙未日，撤銷淮南行台省。蘇威上奏請求每五百家設置一名鄉正，負責治理百姓、裁決訴訟。李德林認為：“當初廢除鄉官裁決事務，是因為他們與鄉裡百姓關係親近熟悉，容易判決不公，如今讓鄉正專門管理五百家，恐怕危害更甚。況且偏遠狹小的縣城，有的不足五百家，難道要讓兩個縣共管一個鄉嗎！”隋文帝不聽。丙申日，朝廷頒布製度：“五百家為一鄉，設置鄉正一人；一百家為一裡，設置裡長一人。”
陳朝吳州刺史蕭瓛深得民心，陳朝滅亡後，吳地百姓推舉他為首領，右衛大將軍武川人宇文述率領行軍總管元契、張默言等人前往討伐。落叢公燕榮率領水軍從東海趕到。陳朝永新侯陳君範從晉陵投奔蕭瓛，合軍抵抗宇文述。宇文述的軍隊即將抵達晉陵，蕭瓛在晉陵城東設置營柵，留下士兵抵抗，派遣部將王褒駐守吳州，自己從義興進入太湖，想要襲擊宇文述的後方。宇文述進軍攻破營柵，回兵攻擊蕭瓛，大敗敵軍；又派遣士兵分路襲擊吳州，王褒穿著道士服裝棄城逃走。蕭瓛率領殘餘士兵退守包山，燕榮率軍擊敗了他。蕭瓛帶著身邊數人躲藏在百姓家中，被人抓獲。宇文述進軍到奉公埭，陳朝東揚州刺史蕭岩獻出會稽投降，蕭岩與蕭瓛都被押送到長安斬首。
楊素攻下荊門後，派遣部將龐暉率軍攻城略地，向南抵達湘州，城中將士毫無堅守之誌。湘州刺史嶽陽王陳叔慎，年僅十八歲，設置酒宴召集文武官員。酒酣之際，陳叔慎歎息道：“君臣大義，難道就此終結了嗎！”長史謝基伏在地上流淚。湘州助防遂興侯陳正理在座，起身說道：“君主受辱，臣子該死，各位難道不是陳國的臣子嗎！如今天下危難，正是為國捐軀的時候。即使不能成功，也能彰顯臣子氣節。青門之外（指代投降），我絕不苟活！今日之機，不容猶豫，後響應者斬首！”眾人都答應了。於是殺牲結盟，又派人假裝向龐暉獻上降書。龐暉相信了，約定日期進城，陳叔慎埋伏士兵等待。龐暉一到，就被抓獲示眾，其部下也全部被斬首。陳叔慎坐在射堂，招集士兵，幾天之內聚集了五千人。衡陽太守樊通、武州刺史鄔居業都請求出兵相助。隋朝所任命的湘州刺史薛胄率軍恰好趕到，與行軍總管劉仁恩合力進攻；陳叔慎派遣部將陳正理與樊通迎戰，兵敗。薛胄乘勝入城，擒獲陳叔慎。劉仁恩在橫橋擊敗鄔居業，也將其擒獲。兩人都被押送到秦王楊俊處，在漢口斬首。
嶺南地區尚未歸附，幾個郡共同推舉高涼郡太夫人冼氏為首領，號稱聖母，保衛境內，抵抗隋軍。隋文帝下詔派遣柱國韋洸等人安撫嶺南，陳朝豫章太守徐璒占據南康抵抗，韋洸等人無法前進。晉王楊廣派遣陳叔寶親筆寫信給冼夫人，告知陳朝滅亡的消息，讓她歸附隋朝。冼夫人召集數千名部落首領，痛哭了一整天，派遣孫子馮魂率領部眾迎接韋洸。韋洸率軍擊敗徐璒並將其斬首，進入嶺南，抵達廣州，曉諭嶺南各州，全部平定；上表朝廷任命馮魂為儀同三司，冊封冼夫人為宋康郡夫人。韋洸是韋夐的兒子。
衡州司馬任鑲勸說都督王勇占據嶺南，尋找陳氏子孫擁立為帝；王勇沒有采納，率領部下投降隋朝，任鑲棄官而去。任鑲是任忠的侄子。
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至此，陳國全境平定，共得到三十個州、一百個郡、四百個縣。隋文帝下詔將建康的城邑宮室全部拆毀開墾為耕地，在石頭城設置蔣州。
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