各位藩王都在庭院中流淚謝罪。隋文帝說：“不久前秦王楊俊浪費財物，我用父親的道理教導他。如今楊秀殘害百姓，應當用君主的道理來製裁他。”於是將楊秀交給執法官員處理。開府儀同三司慶整勸諫說：“庶人楊勇已經被廢黜，秦王楊俊已經去世，陛下的兒子不多了，何必做到這個地步！蜀王性格非常耿直，如今受到重責，恐怕無法保全自己。”隋文帝大怒，想要割掉慶整的舌頭，並且對群臣說：“應當將楊秀在鬨市斬首，來向百姓謝罪。”於是命令楊素等人審理楊秀的案件。
太子楊廣暗中製作了一個木偶人，捆住了它的雙手，並在胸口釘上釘子，還給他戴上枷鎖鐐銬，上麵寫著隋文帝和漢王楊諒的名字，還寫著“請求西嶽慈父聖母派神兵收走楊堅、楊諒的魂魄，讓他們像這樣不得安寧”。然後秘密將木偶人埋在華山下，楊素派人挖了出來；又說楊秀胡亂編造圖讖預言，聲稱京城有妖異之事，還偽造蜀地的吉祥征兆；另外還寫了一篇檄文，上麵寫著“指日問罪”，將其放在楊秀的文書中，並將這些都上報給隋文帝。隋文帝說：“天下難道有這樣的事情！”十二月癸巳日，下詔廢黜楊秀為庶人，將他囚禁在內侍省，不許他和妻子兒女見麵，隻派兩名獠人婢女侍奉他，受牽連被治罪的有一百多人。楊秀上奏表懺悔謝罪說：“希望陛下施以慈恩，給予憐憫，在我殘命未儘之時，希望能和兒子瓜子見麵；請求賜我一塊墓地，讓我的骸骨有地方安葬。”瓜子是楊秀的愛子。隋文帝於是下詔列舉楊秀的十條罪狀，並且說：“我現在不知道楊堅、楊諒是你的什麼親人？”後來才允許楊秀和他的兒子住在一起。
起初，楊素曾經因為一點小過失被隋文帝下令送到南台，命令治書侍禦史柳彧審理他。楊素依仗自己的尊貴地位，坐在柳彧的坐床上。柳彧從外麵進來看到後，在台階下手持笏板，整理好衣冠，對楊素說：“奉陛下的命令審理您的罪過！”楊素連忙下床。柳彧坐在案前，讓楊素站在庭院中，盤問案件情況。楊素因此對柳彧懷恨在心。蜀王楊秀曾經向柳彧索要李文博撰寫的《治道集》，柳彧給了他；楊秀送給柳彧十名奴婢。等到楊秀獲罪，楊素上奏說柳彧作為內臣結交諸侯，應當將柳彧削職為民，發配到懷遠鎮戍邊。
隋文帝派司農卿趙仲卿前往益州徹底追查楊秀的案件，楊秀的賓客所經過的地方，趙仲卿必定刻意羅織罪名，加以法辦，受牽連被治罪的州縣長官超過一半。隋文帝認為趙仲卿有能力，對他的賞賜非常豐厚。
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過了很久，貝州長史裴肅派遣使者上書，說：“高熲憑借天生的傑出才能，作為開國元勳輔佐陛下，被眾人嫉妒，以至於被廢棄不用；希望陛下記住他的大功，忘記他的小過。另外，兩名庶人（楊勇、楊秀）獲罪已經很久了，難道沒有悔改之心嗎？希望陛下弘揚君主和父親的慈愛，顧念父子天性的道義，給他們各自封一個小國，觀察他們的所作所為：如果能夠向善，再逐漸增加他們的封地；如果仍然不知悔改，再貶削也不晚。如今他們改過自新的道路永遠斷絕，愧疚後悔的心情無法顯現，難道不令人悲哀嗎！”奏章呈上後，隋文帝對楊素說：“裴肅關心我家的事情，這也是出於至誠。”於是征召裴肅入朝。太子楊廣聽說後，對左庶子張衡說：“陛下讓楊勇改過自新，是想要做什麼？”張衡說：“觀察裴肅的意思，是想讓楊勇像吳太伯、漢朝的東海王劉強那樣（主動讓賢）。”裴肅到達京城後，隋文帝當麵告訴他楊勇已經無法挽回的意思，然後讓他回去了。裴肅是裴俠的兒子。
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