章呈上後，隋文帝大怒，下詔將梁毘逮捕入獄，並親自審問他。梁毘極力陳述“楊素憑借寵信玩弄權術，率領軍隊的時候，殺戮無道。另外，太子楊勇、蜀王楊秀被廢黜治罪的時候，文武百官沒有不震驚恐懼的，隻有楊素眉飛色舞、揮動手臂，麵露喜悅之色，把國家的禍事當作自己的幸運。”隋文帝無法讓梁毘屈服，於是釋放了他。
此後，隋文帝也逐漸疏遠猜忌楊素，於是下詔書說：“仆射是國家的宰相，不能親自處理瑣碎的事務，隻需每隔三五天到尚書省一次，評論重大事務即可。”表麵上表示優待尊崇，實際上是剝奪他的權力。楊素因此在仁壽末年，不再參與尚書省的事務決策。朝廷將楊約調出京城，擔任伊州刺史。
楊素被疏遠後，吏部尚書柳述更加受重用，代理兵部尚書，參與掌管機密事務；楊素因此憎恨柳述。
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太子楊廣問賀若弼說：“楊素、韓擒虎、史萬歲都被稱為良將，他們的優劣如何？”賀若弼說：“楊素是猛將，不是謀將；韓擒虎是鬥將，不是領將；史萬歲是騎將，不是大將。”太子說：“那麼誰是大將呢？”賀若弼下拜說：“隻有殿下您選擇的人！”賀若弼的意思是自己可以擔任大將。
交州俚人首領李佛子發動叛亂，占據越王故城，派遣他哥哥的兒子李大權占據龍編城，他的別部首領李普鼎占據烏延城。楊素舉薦瓜州刺史、長安人劉方有將帥的謀略，隋文帝下詔任命劉方為交州道行軍總管，統領二十七營軍隊進軍討伐。劉方軍令嚴肅，有觸犯軍令的人必定斬首；但他愛護士兵，士兵有生病的，他親自前往安撫慰問，士兵們也因此真心歸附他。劉方的軍隊到達都隆嶺，遇到叛軍，將其擊敗。進軍逼近李佛子的營地，先向他陳述禍福。李佛子感到害怕，於是請求投降，劉方將他押送到長安。
到了公元603年秋季，八月壬申日，隋文帝賜幽州總管燕榮自儘。燕榮性格嚴酷，隨意鞭打身邊的人，動輒達到上千下。他曾經看到路邊的一叢荊棘，認為可以用來做刑杖，於是命令手下人將其取來，就用它來試探打人。有人自我陳述無罪，燕榮說：“以後你有罪的時候，就赦免你。”不久後這個人犯了罪，燕榮準備鞭打他，這個人說：“前幾天我被鞭打，使君您答應我如果有罪就赦免我。”燕榮說：“無罪尚且要鞭打，何況有罪呢！”仍然像往常一樣鞭打他。
觀州長史元弘嗣調任幽州長史，擔心被燕榮侮辱，於是堅決推辭。隋文帝下詔給燕榮說：“元弘嗣犯了應當鞭打十下以上的罪過，都必須上奏給我。”燕榮憤怒地說：“這個小子竟敢戲弄我！”於是派元弘嗣監管糧倉的糧食收納，隻要揚穀時發現一粒米糠或一粒癟穀，都要處罰他。每次鞭打雖然不滿十下，但一天之中，有時會達到三四次。這樣過了幾年，兩人之間的怨恨越來越深。燕榮於是將元弘嗣逮捕入獄，斷絕他的糧食，元弘嗣抽出衣服裡的棉絮，混雜著水咽下去充饑。他的妻子前往皇宮喊冤，隋文帝派遣使者調查核實，使者上奏說燕榮暴虐無道，貪汙受賄，聲名狼藉；隋文帝將燕榮征召回京，賜他自儘。元弘嗣代替燕榮執政，他的殘酷比燕榮還要嚴重。
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