圉師杖責許自然一百下，卻沒有上報朝廷。田主到司憲衙門告狀，司憲大夫楊德裔不予審理。西台舍人袁公瑜派人改名換姓上奏告發此事，皇帝說：“許圉師身為宰相，欺淩百姓，隱瞞不報，難道不是作威作福！”許圉師謝罪說：“我位居宰相，以正直侍奉陛下，未能完全滿足眾人之心，所以被人攻擊揭發。至於作威作福的人，要麼手握重兵，要麼身居重鎮；我作為文官，侍奉聖明君主，隻知閉門自守，怎敢作威作福！”皇帝發怒說：“你怨恨自己沒有兵權嗎！”許敬宗說：“臣子如此狂妄，罪該萬死。”當即下令將許圉師帶出去。下詔特免其死罪，罷官免職。癸酉日，冊立皇子李旭輪為殷王。
十二月戊申日，下詔因正討伐高麗、百濟，河北百姓苦於征役，停止封禪泰山和前往東都的計劃。
風海道總管蘇海政奉命討伐龜茲，朝廷敕令興昔亡、繼往絕二可汗發兵協同作戰。抵達興昔亡可汗領地時，繼往絕素來與興昔亡有怨恨，秘密對蘇海政說：“阿史那彌射（興昔亡可汗）謀反，請誅殺他。”當時蘇海政兵力僅有數千，召集軍吏商議：“如果彌射謀反，我們都會死無葬身之地，不如先下手殺了他。”於是假傳聖旨，讓大總管攜帶數萬段絲帛賞賜可汗及各酋長，興昔亡率領部下前來受賞時，蘇海政將他們全部逮捕斬首。鼠尼施、拔塞乾兩部逃走，蘇海政與繼往絕追擊，平定了這兩部。軍隊返回途中，到疏勒以南時，弓月部又帶領吐蕃兵前來，想與唐軍交戰；蘇海政因軍隊疲憊不敢迎戰，用軍用物資賄賂吐蕃，結盟後返回。從此西突厥各部落都認為興昔亡可汗冤枉，各自產生離心。繼往絕不久去世，十姓部落失去首領，阿史那都支及李遮匐收攏殘餘部眾歸附吐蕃。
這一年，西突厥侵犯庭州，刺史來濟領兵抵禦，對部下說：“我早就該死了，有幸承蒙保全到今日，應當以身報國！”於是不解鎧甲，衝入敵陣戰死。
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龍朔三年，公元663年春季正月，左武衛將軍鄭仁泰討伐鐵勒反叛殘餘勢力，全部平定。乙酉日，任命李義府為右相，仍掌管選官事務。
二月，將燕然都護府遷至回紇境內，改名為瀚海都護府；將原瀚海都護府遷至雲中古城，改名為雲中都護府。以沙漠為界，沙漠以北的州府都隸屬於瀚海都護府，沙漠以南的隸屬於雲中都護府。
三月，許圉師再次被貶為虔州刺史，楊德裔因結黨徇私流放庭州，許圉師的兒子許文思、許自然都被免官。
右相河間郡公李義府掌管選官事務，依仗武後勢力，專以賣官鬻爵為業，選官毫無章法，民怨沸騰，皇帝也有所耳聞，從容對李義府說：“你的兒子和女婿很不謹慎，常做非法之事。我還為你遮掩，你應當嚴加管教！”李義府勃然變色，脖頸、臉頰漲得通紅，說：“誰告訴陛下的？”皇帝說：“隻我說情況如此，何必追問我消息來源！”李義府毫無悔意，緩步離去。皇帝從此對他不滿。
望氣者杜元紀說李義府的住宅有監獄之氣，應積聚二十萬緡錢來鎮壓，李義府深信不疑，搜刮錢財更加急切。李義府為母親守喪期間，初一、十五朝廷給哭喪假期，他總是穿便服與杜元紀出城向東，登上古墳觀望氣色，有人告發李義府窺探災異，暗中有異謀。又有人告發他的兒子右司議郎李津召見長孫無忌的孫子長孫延，收受七百緡錢，任命長孫延為司津監，右金吾倉曹參軍楊行穎告發了此事。夏季四月乙醜日，將李義府下獄，派司刑太常伯劉祥道與禦史、詳刑官員共同審訊，又命司空李積監督。經查證事情屬實。戊子日，下詔將李義府削除官籍，流放巂州；李津削除官籍，流放振州；諸子及女婿都被削籍，流放庭州。朝野上下無不稱慶。
有人撰寫《河間道行軍元帥劉祥道破銅山大賊李義府露布》，張貼在交通要道。李義府掠奪了很多奴婢，敗落後奴婢各自逃回自家，所以露布中說：“混雜奴婢而隨意釋放，各自認出家門爭相湧入。”乙未日，在新羅國設置雞林大都督府，任命金法敏為大都督。
丙午日，蓬萊宮含元殿建成，皇帝開始遷移儀仗居住，將原來的宮殿改名為西內。戊申日，皇帝首次親臨紫宸殿處理朝政。
五月壬午日，柳州蠻酋長吳君解反叛；朝廷派冀州長史劉伯英、右武衛將軍馮士翽征發嶺南兵討伐。
。許允不都帝皇；軍援求請來前番輪，非是論爭表上者使派自各，打攻相互渾穀吐與蕃吐
。渾穀吐援支，隊軍路各度調，使大集安為方定蘇軍將大衛武左命任又，日申戊月六。蕃吐備防，州二鄯、涼駐屯別分等陵文辛、雲卿狐獨軍將衛武右領率，管總大軍行道海青為泰仁鄭督都州涼命任帝皇。地內到徙遷求請，州涼往逃國棄帳千數領率主公化弘與缽曷汗可渾穀吐，軍敵破大，渾穀吐攻進兵發蕃吐，實虛的渾穀吐知告細詳，蕃吐奔逃，罪有貴和素臣大渾穀吐
。讚東祿責斥書璽發頒，蕃吐使出祥文劉將郎衛左派，許允不帝皇。親和求請且並，行罪的渾穀吐述陳表上，見覲朝入琮仲論者使派，海青兵屯讚東祿蕃吐
。孫曾的毅竇是玄德竇。吏官降升核考，苦疾姓百問慰，道十往前別分等玄德竇伯常太元司派，程工船造的州六十三止停詔下，多眾者死溺、死戰兵士，調征於苦姓百，兵用年連區地東海因帝皇，日申戊月八季秋
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船糧及軍水領率隆餘撫、爽杜將別與軌仁劉，軍進軍陸領率敏法金王羅新與願仁劉、師仁孫是於”。降投會然自池城他其，留周克攻若，城留周打攻先當應，根除必務惡除，地之集聚凶群，穴巢軍敵是城留周。日時延拖則攻緩，兵士亡傷會攻急，固堅要險城林加“：說軌仁劉，它打攻先想，衝要陸水是城林加為認將諸。振大勢聲，後兵合軌仁劉、願仁劉與師仁孫。軍唐禦抵隊軍國倭結勾南向豐王濟百。援增海渡兵領師仁孫詔下廷朝，後城峴真克攻軌仁劉、願仁劉，初起
