（低級軍官可酌情）、過往戰功，結合現職，綜合評定。意在優勝劣汰，拔擢真才。”
朱棟深以為然：“吳尚書所言極是。高級軍銜尤須慎之又慎，寧缺毋濫。可設‘過渡期’，如原衛所指揮使改遊擊府，考核合格授中校遊擊副將，優異者可授上校遊擊將軍或新設參將府上校副參將；原都指揮使改鎮總兵府，考核合格授少將副總兵，優異者可授予中將總兵或中將副總冰官。另原衛所指揮使考核成績排名優異者可任命新設參將府，大校參將。未通過者，或降銜，或轉閒職、預備役，或優撫致仕，務必安置妥當。”
常遇春更關注基層：“士官與軍士長，乃軍中之膽！非老行伍不能帶好兵！選拔務求公正，晉升考核要看年限，更要看帶兵本事、手上功夫！不能讓老實人吃虧！”
晉升流程細則明確規定：士兵至士官，由百戶所、千戶所層層考核推薦，遊擊府核準；士官至準尉，需通過戰區“士官晉升軍官考核”或立顯赫軍功，並經軍事學院短期培訓；軍官晉升，少尉至上校，由戰區依年度考核（德、能、勤、績、廉）與軍功決定，報兵部備案，軍事委員會核準簽字，報皇帝知曉；大校及以上，由軍委會嚴格考核提名，附詳細考語戰功，呈請皇帝朱筆禦批。
同時，《大明軍隊人員考核暫行條例》頒布，將標準量化、透明化，力求最大程度減少人為操縱。
新舊軍餉轉換與後勤保障體係建設，李文忠掌舵的後勤與審計組壓力如山。提高軍餉意味巨額開支，垂直後勤更是對舊有貪腐鏈條的斬草除根。
戶部尚書麵帶難色，奏報聲近乎哀鳴：“陛下，曹國公，吳王殿下！初步核算，僅神策軍、北部戰區（左軍都督府改）、中部戰區（中軍都督府改）三處試點，若按新餉足額發放，歲增餉銀逾四百萬貫大明寶鈔，祿米八十萬石！
尚未計改製、安置、裝備之靡費。國庫……國庫雖因新政稍裕，然百業待興，實難堪此重負啊！”
朱棟成竹在胸，提出“分級兌現，以戰養戰”之策：“試點部隊，新餉全額發放，所需錢糧，由國庫優先保障。同時，暫借吳王府瑞恒昌商號及海貿利潤百萬貫，以解燃眉，日後由改革收益償還。
待衛所轉置，冗員精簡，加之‘戰利品審計司’運作，國庫壓力自可緩解。更有一支虎狼之師，可速定邊患，廣開商路，其長遠之利，豈是眼前銀錢可衡量？”
關於垂直後勤，細則規定：兵部下設“總後勤司”，戰區、總兵府設“後勤分局\/處”，直管倉庫、輜重。指揮官依定額與計劃申領物資，無權乾預采購、運輸、倉儲。建立嚴格物資登記、盤點、審計製度，引入數算學院新式記賬法，嚴防貪墨。
“戰利品審計司”的人選成為焦點。朱棟力陳：“審計官必求獨立！由軍委會與兵部共選忠誠可靠、精通數算、不畏強權之文吏擔任，授以軍銜，直屬中央。其薪俸升遷，皆與駐地無涉，方能鐵麵無私，大膽履職！”此議確保了審計的鋒芒與威懾。
原衛所人員轉置分流，最為錯綜複雜，牽動社稷安穩。朱棟與吳琳、劉基等人嘔心瀝血，設計“多路並進”之策：
擇優入新軍：衛所官兵皆可參選，合格者按新製授銜定崗，享新餉。此為主渠，吸納舊軍精華。
轉隸預備役：年齡體能尚可未入常備軍者，轉入預備役。按地編組，農時生產，閒時訓練（歲不少於兩月），戰時征調。發基礎津貼（約常備軍同階三分之一），享部分稅賦減免。由兵部預備役司主理，地方協辦。
轉任地方：識文斷字、有管理之能者，經考可轉任巡捕、衙役、稅吏、倉管等。體健者可入官辦礦場、工坊、築路隊。朝廷提供崗位，協調安置。
邊地屯田：鼓勵舉家遷往遼東、嶺北、漠南等新設布政使司軍屯，朝廷分予土地、種子農具、減免賦稅，予安家費。既可實邊，亦消化人員。
技能培訓與致仕：年輕願學者，由神策提舉司或地方官辦工坊授以技藝，助其轉業。年老體弱、不願遷移者，依軍齡戰功，發一次性遣散費或按月撫恤，保其生計。
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