需冊立皇後，此時王政君作為皇子劉驁的生母，本應順理成章成為皇後，但漢元帝心中仍對司馬良娣念念不忘，對王政君並無多少感情，遲遲不願冊立她為後。朝中大臣們紛紛上書勸諫，認為“母以子貴”，皇子劉驁已被立為太子，其生母理應成為皇後，以正後宮名分。
皇後之爭在漢元帝即位初期持續了數月之久。元帝寵信的傅昭儀（即後來的定陶太後）也覬覦後位，多次在元帝麵前吹風，稱王政君出身低微、性情柔弱，不堪為後。麵對朝野壓力和後宮爭鬥，漢元帝左右為難。最終，在權臣史高和太子太傅蕭望之的堅持下，元帝於公元前48年正式冊立王政君為皇後，同時封其父王禁為陽平侯。
成為皇後的王政君深知元帝對自己並無愛意，行事更加謹慎低調，將全部精力都放在撫養太子和處理後宮事務上，儘量避免卷入政治紛爭。成為皇後的王政君並沒有過上安穩的生活，相反，她在元帝朝的皇後生涯充滿了危機與挑戰。漢元帝對她始終保持著距離，轉而寵愛年輕貌美的傅昭儀和馮昭儀。尤其是傅昭儀，不僅容貌出眾，而且心機深沉，善於籠絡人心，很快就成了元帝身邊最受寵的女人。傅昭儀生下兒子劉康後，更是恃寵而驕，屢次挑戰王政君的皇後權威，一場圍繞後位和太子之位的明爭暗鬥悄然展開。
漢元帝是一位喜好儒學、性格優柔寡斷的君主，他對政事缺乏興趣，卻對音樂、書法等藝術有著濃厚的愛好。太子劉驁自幼在祖父漢宣帝身邊長大，養成了喜好宴飲遊樂的性格，這讓崇尚儒雅的元帝十分不滿。相比之下，傅昭儀所生的兒子劉康卻聰明伶俐，擅長音律，與元帝有著共同的愛好，深得元帝喜愛。
太子廢立的危機在元帝晚年愈發明顯。元帝多次在公開場合稱讚劉康的才乾，甚至在宮廷宴會上讓劉康與太子一同出席，享受同等禮遇。傅昭儀趁機不斷在元帝耳邊進言，稱太子沉迷酒色、荒廢學業，不如定陶王（劉康封號）賢明，暗示應當更換太子。朝中大臣們敏銳地察覺到了風向變化，分成了兩派：一派以太子太傅蕭望之為首，堅決支持太子劉驁；另一派則依附傅昭儀，主張立劉康為太子。
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麵對日益嚴峻的局勢，王政君深知自己性格柔弱，缺乏政治手腕，便將希望寄托在娘家人身上。她的父親王禁已經去世，兄長王鳳繼承了陽平侯的爵位，在朝中擔任衛尉一職。王政君悄悄聯絡兄長，讓他聯合朝中支持太子的大臣，共同抵製更換太子的提議。王鳳為人謹慎，深知此事關係重大，便聯合了大司馬史高、光祿大夫周堪等重臣，多次在元帝麵前力保太子，稱“太子乃先帝所立，賢德之名聞於天下，不可輕易更換”。
公元前33年，元帝病重，自知時日無多，更換太子的想法愈發強烈。他召來寵臣史丹（大司馬史高之子），屏退左右後問道：“定陶王劉康才藝出眾，朕欲立他為太子，你以為如何？”史丹是太子劉驁的支持者，當即伏在地上痛哭流涕：“太子仁孝，天下皆知，先帝曾親手將太子抱在膝上，囑咐陛下好好培養。如今陛下若要更換太子，臣願以死相諫！”元帝看著忠心耿耿的史丹，又想起父親漢宣帝對劉驁的疼愛，終究沒有下定決心廢黜太子。
在這場持續數年的太子之爭中，王政君雖然沒有直接參與爭鬥，卻展現出了非凡的隱忍與智慧。她深知元帝對自己無情，便刻意保持低調，從不與傅昭儀正麵衝突；她約束外戚，不讓兄長王鳳過於張揚；她悉心教導太子，讓劉驁在公開場合表現得仁孝有禮，儘量消除元帝的不滿。這種以退為進的策略，最終幫助她度過了最危險的時期。
除了太子之爭，王政君在元帝朝還麵臨著後宮管理的挑戰。元帝後宮妃嬪眾多，派係林立，傅昭儀憑借寵信屢次逾越禮製，乾涉後宮事務。王政君作為皇後，既要維持後宮秩序，又不能得罪元帝寵妃，處境十分艱難。她采取了“寬柔待下”的策略，對妃嬪們的小過失多加包容，對傅昭儀的挑釁則儘量忍讓，同時嚴格約束自己的言行，以身作則。
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