妃急得團團轉，每日跪在宮門前求情，膝蓋都跪出了血泡。李太後得知後，親自來到景陽宮，對著萬曆怒斥道：“你也是從宮女所生的兒子，如今怎能如此對待自己的長子？”
原來，萬曆的生母李太後也曾是宮女，靠著生下萬曆才一步步成為太後。這句話戳中了萬曆的痛處，他沉默良久，最終下令徹查此事，才還了朱常洛清白。經此一事，王恭妃更加明白，在這後宮之中，唯有兒子立穩腳跟，自己才能真正安全。她開始教導朱常洛隱忍，無論遇到多大的委屈，都要沉住氣，等待時機。
萬曆二十九年，在李太後和大臣們的反複催促下，萬曆終於鬆口，冊立朱常洛為太子。消息傳到景陽宮時，王恭妃正在為朱常洛縫補衣物，聽到消息後，手中的針線“啪嗒”一聲掉在地上，她捂住臉，淚水從指縫中洶湧而出。這一天，她等了十九年。
本以為兒子成為太子後，自己的日子能好過一些，可王恭妃沒想到，萬曆對她的態度依舊冰冷，鄭貴妃的刁難更是變本加厲。萬曆甚至下令，不許王恭妃與朱常洛隨意見麵，除非有他的旨意。朱常洛雖為太子，卻過得如履薄冰，每日不僅要麵對繁重的學業，還要提防鄭貴妃的陷害，連身邊的太監宮女都不敢輕易信任。
萬曆三十三年，發生了著名的“妖書案”。有人匿名刊印了一本《續憂危竑議》，書中以問答的形式，影射鄭貴妃意圖謀害太子，立自己的兒子朱常洵為太子。此事在京城引起軒然大波，萬曆下令徹查，一時間人人自危。鄭貴妃趁機將矛頭指向王恭妃和朱常洛，說此事是他們母子為了爭奪皇位故意策劃的。
王恭妃得知後，嚇得整日以淚洗麵，她知道，這次若是被鄭貴妃抓住把柄，他們母子就真的萬劫不複了。好在負責徹查此案的錦衣衛指揮使王之楨是個正直之人，經過多方調查，最終認定妖書是由一個名叫皦生光的無賴所寫，與王恭妃母子無關。這場風波雖然平息了，卻讓王恭妃的身體受到了極大的打擊，她的眼睛開始變得模糊，視力越來越差。
萬曆三十七年，王恭妃的眼疾愈發嚴重，幾乎完全失明。朱常洛得知後，心急如焚，多次向萬曆請求探望母親，卻都被萬曆拒絕。直到萬曆三十九年九月，王恭妃已病入膏肓，水米不進，萬曆才勉強同意朱常洛去景陽宮探望。
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朱常洛一路狂奔到景陽宮，推開殿門的那一刻，他再也控製不住自己的情緒，跪倒在母親的床前，失聲痛哭。“娘，兒子來看您了！”王恭妃聽到兒子的聲音，渾濁的眼睛裡流下兩行淚水，她伸出枯瘦的手，在空氣中摸索著，“洛兒……是你嗎？”
朱常洛緊緊握住母親的手，哽咽著說：“是兒子，娘，您摸摸，是兒子。”王恭妃的手指在兒子的臉上輕輕摩挲著，從額頭到下巴，仿佛要將兒子的模樣刻進心裡。“洛兒，你長大了……娘沒用，沒能好好護著你……”
“娘，您別這麼說，是兒子不孝，讓您受了這麼多苦。”朱常洛泣不成聲。
王恭妃喘了口氣，緩緩說道：“洛兒，娘知道你在宮裡過得難，可你是太子，是將來的天子，無論遇到多大的困難，都要堅持下去……記住，要做一個好皇帝，別像你父皇一樣……”她的聲音越來越輕，“娘走了以後，你要好好照顧自己……”
.話未說完，王恭妃的手便無力地垂了下去，眼睛永遠地閉上了。朱常洛抱著母親的屍體，哭得肝腸寸斷，那哭聲穿過冰冷的宮牆，回蕩在寂靜的紫禁城上空，卻沒能引來萬曆半分的動容。
王恭妃死後，萬曆竟不願按照妃嬪的禮製為她舉辦葬禮，隻打算草草下葬。大臣們紛紛上書抗議，說王恭妃是太子的生母，理應按照皇貴妃的禮製下葬。萬曆在大臣們的壓力下，才勉強追封王恭妃為皇貴妃，將她葬在天壽山的一處偏陵。
可即便如此，王恭妃的身後事依舊寒酸。她的陵墓不僅規模狹小，陪葬品更是少得可憐，連一些普通官員的陵墓都比不上。朱常洛看在眼裡，痛在心裡，卻無能為力，隻能在私下裡為母親設立靈位，每日祭拜。
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