各國事務衙門，成為慈禧的重要盟友。
不過，慈禧並未完全信任奕欣。她深知奕欣才華出眾，勢力龐大，是自己未來掌權的潛在威脅。因此，在垂簾聽政初期，她一方麵依靠奕欣穩定朝局，推行洋務運動；另一方麵，又暗中培養自己的勢力，處處製衡奕欣。這種微妙的權力平衡，在同治年間維持了十多年，也為後來的權力鬥爭埋下了伏筆。
同治初年，清朝麵臨著內憂外患的嚴峻局麵。內部，太平天國運動雖已被鎮壓，但撚軍、回亂等起義仍在繼續；外部，西方列強憑借不平等條約，不斷擴大在華利益。為了維護清朝的統治，慈禧采納了奕欣、曾國藩、李鴻章、張之洞等洋務派的建議，推行了一場以“自強”“求富”為口號的洋務運動。
慈禧對洋務運動的態度，一直是複雜而矛盾的。她支持洋務運動，並非真心想要改革，而是希望通過洋務派的力量鎮壓農民起義，抵禦西方列強的侵略，鞏固自己的權力。因此，她對洋務運動的支持是“有限的”，一旦洋務派的勢力威脅到自己的統治，她就會毫不猶豫地加以打壓。
洋務運動初期，慈禧給予了洋務派很大的支持。她批準曾國藩、李鴻章創辦江南製造總局、金陵機器局等軍事工業，又支持張之洞創辦漢陽鐵廠、湖北織布局等民用工業。同時，她還批準設立總理各國事務衙門，專門處理外交事務，這是清朝第一個近代化的外交機構。在慈禧的支持下，洋務運動取得了一定的成效，清朝的軍事實力有所增強，創辦了北洋水師等近代海軍，還培養了一批近代化的人才。
但隨著洋務運動的推進，洋務派的勢力逐漸壯大，慈禧開始感到不安。尤其是恭親王奕欣，作為洋務運動的主要推動者，權力越來越大，在朝中的威望也越來越高。同治四年（1865年），慈禧借口奕欣“目無君上，驕橫跋扈”，免去了他的議政王職務，雖然不久後又恢複了他的軍機大臣職務，但也大大削弱了他的權力。
除了製衡奕欣，慈禧還利用洋務派與保守派之間的矛盾，坐收漁利。保守派以倭仁、徐桐等人為代表，堅決反對洋務運動，認為“祖宗之法不可變”，攻擊洋務派“師事夷人，背叛祖宗”。慈禧對保守派的態度，時而打壓，時而縱容，以此來牽製洋務派。例如，在修建鐵路的問題上，保守派以“破壞風水”為由堅決反對，慈禧便故意拖延，直到多年後才批準修建第一條鐵路。
在洋務運動期間，慈禧還暗中培養自己的親信勢力。她重用太監安德海、李蓮英等人，通過他們掌控宮廷內部的權力；同時，她還提拔了一批出身低微但對自己忠心耿耿的官員，如榮祿、剛毅等，讓他們擔任重要職務，形成了以自己為核心的權力集團。
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同治十三年（1874年），年僅十九歲的同治帝病逝。由於同治帝沒有子嗣，慈禧為了繼續垂簾聽政，不顧朝臣的反對，立自己的侄子、醇親王奕譞的兒子載湉為帝，改年號為光緒。載湉當時年僅四歲，無法親政，慈禧再次垂簾聽政，權力進一步鞏固。
光緒初年，洋務運動進入了鼎盛時期。北洋水師正式成立，擁有軍艦二十五艘，實力在亞洲排名第一。但此時的慈禧，對洋務運動的熱情卻逐漸減退。她開始大興土木，修建頤和園，耗費了大量的財力物力。為了修建頤和園，她甚至挪用了北洋水師的軍費，導致北洋水師的裝備更新停滯不前。這也為後來甲午戰爭的失敗埋下了隱患。
自辛酉政變後，慈禧與慈安兩宮太後共同垂簾聽政，表麵上姐妹情深，實則暗流湧動。慈安太後雖然性情溫和，但並非毫無主見。她作為鹹豐帝的正宮皇後，擁有“禦賞”印，在朝政上擁有一定的話語權。尤其是在一些重大問題上，慈安的態度往往能起到決定性的作用。
例如，在安德海被殺一案中，就體現了慈安與慈禧的權力衝突。安德海是慈禧的親信太監，依仗慈禧的權勢，飛揚跋扈，胡作非為。同治八年（1869年），安德海以“采辦龍袍”為由，擅自出宮，沿途騷擾百姓，收受賄賂。山東巡撫丁寶楨將此事上報朝廷，請求嚴懲安德海。
慈禧得知後，想包庇安德海，但慈安卻堅決主張嚴懲。慈安認為，安德海違反了“太監不得出宮”的祖製，必須依法處置。在慈安的堅持下，慈禧不得不批準丁寶楨的奏折，將安德海就地正法。此事讓慈禧顏麵儘失，也讓她意識到，慈安雖然不擅朝政，但在朝中仍有一定的威望，是自己掌權的障礙。
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