權，成為清朝實際上的最高統治者。此後，慈禧的權力更加鞏固，她的決策也直接影響了清朝的命運。
光緒二十年（1894年），甲午戰爭爆發。這場戰爭是日本蓄意挑起的，目的是奪取中國的朝鮮半島和台灣島等領土，擴大自己的勢力範圍。戰前，清朝的北洋水師實力雄厚，被認為是亞洲第一、世界第九的海軍艦隊。但誰也沒有想到，這場戰爭最終以清朝的慘敗告終。
甲午戰爭的失敗，與慈禧的決策有著密切的關係。當時，正值慈禧的六十大壽，她為了舉辦盛大的壽宴，耗費了大量的財力物力。為了修建頤和園，她挪用了北洋水師的軍費高達數千萬兩白銀，導致北洋水師的軍艦無法更新裝備，彈藥也嚴重不足。在戰爭期間，慈禧仍然忙於籌備壽宴，對戰爭的進展漠不關心。甚至有傳言說，慈禧曾說過“寧與洋人，不與家奴”“量中華之物力，結與國之歡心”這樣的話，雖然這些傳言的真實性有待考證，但也反映了她對戰爭的消極態度。
此外，慈禧還在戰爭中掣肘李鴻章等主戰派官員。李鴻章是北洋水師的創始人，主張積極備戰，但慈禧卻擔心李鴻章的勢力過大，處處限製他的行動。例如，在黃海海戰中，北洋水師本來有機會擊敗日本艦隊，但由於慈禧的牽製，導致北洋水師錯失戰機，最終慘敗。
甲午戰爭失敗後，清朝被迫與日本簽訂了《馬關條約》。根據條約，清朝割讓遼東半島、台灣島及其附屬各島嶼、澎湖列島給日本，賠償日本軍費白銀二億兩。《馬關條約》的簽訂，大大加深了中國社會半殖民地化的程度，也讓清朝的統治陷入了嚴重的危機。
甲午戰爭的慘敗，讓慈禧的統治受到了嚴重的衝擊。朝野上下一片嘩然，紛紛指責慈禧的腐朽統治。一些開明的官員和知識分子開始認識到，清朝的製度已經腐朽不堪，必須進行改革才能挽救危局。在這種背景下，光緒帝也開始積極主張改革，希望通過變法來實現國家的富強。
但慈禧對改革的態度卻極為消極。她擔心改革會觸動自己的權力和利益，因此對光緒帝的改革主張處處阻撓。光緒二十四年（1898年），光緒帝在康有為、梁啟超等維新派的支持下，發動了“戊戌變法”。變法期間，光緒帝頒布了一係列改革詔書，涉及政治、經濟、軍事、文化等各個方麵。但由於慈禧的阻撓和維新派的軟弱無力，戊戌變法僅持續了一百零三天就宣告失敗，史稱“百日維新”。
戊戌變法失敗後，慈禧將光緒帝軟禁在中南海瀛台，重新垂簾聽政。她大肆捕殺維新派官員，康有為、梁啟超被迫流亡海外，譚嗣同等“戊戌六君子”被殺害。慈禧的倒行逆施，進一步激化了社會矛盾，也讓清朝的統治更加搖搖欲墜。
戊戌變法失敗後，慈禧試圖廢黜光緒帝，另立端郡王載漪的兒子溥儁為帝，但遭到了西方列強的反對。慈禧因此對西方列強心懷怨恨，認為西方列強乾涉了清朝的內政。此時，義和團運動在北方興起，義和團以“扶清滅洋”為口號，反對西方列強的侵略和不平等條約。慈禧看到了義和團的力量，便想利用義和團來對抗西方列強。
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光緒二十六年（1900年），慈禧不顧朝臣的反對，毅然決定與西方列強開戰。她以光緒帝的名義發布詔書，向英、法、德、俄、美、日、意、奧八國宣戰。但慈禧的這一決策，無疑是極其錯誤的。義和團雖然英勇善戰，但缺乏統一的組織和訓練，武器裝備也極為落後，根本無法與西方列強的近代軍隊相抗衡。
戰爭爆發後，八國聯軍迅速攻占了天津、北京等地。慈禧帶著光緒帝和一批親信大臣，倉皇逃往西安。在逃亡途中，慈禧下令鎮壓義和團，試圖以此向西方列強求和。八國聯軍攻占北京後，燒殺搶掠，無惡不作，圓明園再次遭到洗劫，大量的珍貴文物被掠奪一空。
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