格物院的籌建，如同在堅冰上開鑿河道，雖得朝廷明旨，具體施行卻步步維艱。選址的皇家別苑多年荒廢，殿宇傾頹，雜草叢生，首要的修繕便是一筆巨大的開銷。戶部的撥款流程繁瑣，層層盤剝克扣，實際到位的資金往往捉襟見肘。少府監派來的工匠，多是些混跡官場的老油條，對陳默提出的許多“古怪”要求（如特定尺寸的琉璃窗、堅固平整的水泥地麵、通風良好的實驗室布局）陽奉陰違，進度緩慢。
陳默不得不將大量精力投入這些庶務之中。他親自監督賬目，與戶部官員周旋，甚至不得不動用刑部尚書的權威，彈劾了幾名貪墨太過、辦事不力的胥吏，才勉強保證了工程款項和材料的供應。對於工匠，他采取恩威並施的策略，一方麵提高酬勞，明確賞罰，另一方麵，讓墨衡等懂行的人參與監督，以其精湛的技藝和樸實的作風，逐漸贏得了部分老實工匠的認可。
“沒想到，這建院子，比破案還難。”趙虎看著日漸成型的院舍，忍不住感慨。他如今負責格物院外圍的安保，也見識了不少官場齷齪。
陳默揉了揉發脹的太陽穴，苦笑道：“破案隻需找出真凶，而建設，卻要麵對無數看得見和看不見的阻礙。但這第一步，必須走穩。”
與此同時，人才的招募也非一帆風順。儘管有朝廷征召的名義，但“格物”一詞對大多數讀書人而言，仍是奇技淫巧的代名詞。真正前來應征的，多是像墨衡一樣，有實學卻無科舉出身、或家境貧寒的寒門士子、工匠、醫師，數量稀少，且水平參差不齊。
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陳默深知根基的重要性，他並不急於求成。他親自麵試每一位應征者，不看重八股文章，隻考察其動手能力、邏輯思維和對自然萬物的好奇心。他定下了格物院的初步規矩：不分貴賤，隻論才學；注重實證，不尚空談。
儘管困難重重，格物院的第一批“星火”終究還是點燃了。
在初步修繕完成的“算學館”內，陳默將基礎的阿拉伯數字、簡易方程和幾何原理，以更易於理解的方式傳授給首批入選的十餘名學子。起初，這些習慣了籌算和文言表述的年輕人感到極大的不適與困惑，但在陳默耐心引導和實際應用的演示（如計算田畝、丈量房屋）下，漸漸有人開了竅，眼中閃爍出發現新大陸般的光芒。
“力學工坊”在墨衡的主持下，最先取得了突破。他們依據陳默提供的杠杆、滑輪原理草圖，結合自身經驗，成功製造出了省力數倍的複合滑輪組和改進型的起重桔槔。當看到需要數名壯漢才能抬起的石料，被一名少年輕鬆利用滑輪組吊起時，圍觀工匠和學子們發出了陣陣驚歎。實踐的成功，遠比任何說教都更有說服力。
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